cnvkit 설치 방법

간만에 프로그램 설치 기록 하나 남겨 봅니다.

설치할 tool은 Copy Number Variant 탐지에 대명사 중 하나인 CNVKit입니다.

참조할 사이트는 당연히 공식 cnvkit github고요 

첫번째 방법은 conda를 이용한 방법!

$ conda config --add channels defaults 
(conda를 설치해서 사용하시는 분들은 굳이 defaults는 안하셔도 됩니다.)

$ conda config --add channels conda-forge
$ conda config --add channels bioconda
$ conda install psutil
$ conda create -n cnvkit cnvkit
라고 명령어를 입력하면 엄청 많은 패키지들을 설치하겠다고 나옵니다.

$ source activate cnvkit

(cnvkit)$ python cnvkit.py -h

numpy가 없다고 나와서 다음과 같이 가상 환경 안에서 numpy 설치

(cnvkit)$ conda install numpy

그러나 conda를 이용한 방법은 제대로 작동을 안해서...

$ source deactivate

이유는 꼭 알아야 할까요? 다른 방법으로 설치하면되지요!

그래서 걍 github에서 소스 파일 다운 받아서 pip를 사용하여 설치!!

$ git clone https://github.com/etal/cnvkit

$ cd cnvkit/

$ pip install -e .

$ ~/Python-2.7.12/bin/python cnvkit.py -h

기본 pip를 사용했기 때문에 python-2.7.12에 설치가 되었고, 만약 pip3를 사용하여 설치하였다면... python3을 이용하면 되었을 것으로 예상됩니다.

그래서 오늘은 conda와 pip를 이용한 설치 방법에 대해서 알아보았습니다.

다음에 또 유익한 정보를 가지고 찾아오도록 하겠습니다.

출처: @candyz_hyojung

pip를 이용한 패키지 설치 그리고 삭제

하도 잘 까먹어서....

python3 -m pip install --user <package name>

python3 -m pip uninstall <package name>

그렇다고 합니다.

ps. 요즘에 cutadapt를 잘 안써서 이번에 알았는데 cutadapt 설치시 ubuntu에서는 apt사용해서 설치 가능하다능...

출처 @ye._.vely618

Long Read Assembler 설치 작업 로그

오랜만에 작업 로그용 글입니다. :)

Long Read(aka Nanopore)를 위한 assembler의 설치에 대한 로그로... 모 그렇게 자주 사용 될일이 없을것 같지만.. 그래도..

root권한 또는 sudo권한이 없는 상황을 가정하고 설치하는게...
나중에 편합니다. root권한 있으면 편하지만 나같은 쩌리한테 호기롭게 root권한이나 sudo를 부여할 이유가 있겠습니까? 그냥 없으면 없는대로 사는법도 알고 있어야... :)


canu (https://github.com/marbl/canu/releases)

$ wget https://github.com/marbl/canu/releases/download/v2.0/canu-2.0.Linux-amd64.tar.xz

$ tar -xvf canu-2.0.Linux-amd64.tar.xz

또는

$ git clone https://github.com/marbl/canu.git

$ cd canu/src

$ make -j <number of threads>


wtdbg2 (https://github.com/ruanjue/wtdbg2)

$ git clone https://github.com/ruanjue/wtdbg2

$ cd wtdbg2 && make


Raven (https://github.com/lbcb-sci/raven)

$ git clone --recursive https://github.com/lbcb-sci/raven.git raven

$ cd raven && mkdir build && cd build

$cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release .. && make

$ ./bin/raven

단, raven은 cmakr 3.9이상이 필요합니다. cmake 설치는 아래에 따로..


Racon (https://github.com/lbcb-sci/racon)

$ git clone --recursive https://github.com/lbcb-sci/racon.git racon

$ cd racon

$ mkdir build

$ cd build

$ cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release ..

$ make

racon의 경우 raven이 아닌 miniasm_and_minipolish.sh 작업시 racon을 찾아 해매서 racon 설치도 진행하였습니다.


flye (https://github.com/fenderglass/Flye)

$ git clone https://github.com/fenderglass/Flye

$ cd Flye

$ python setup.py install --prefix=/path/to/install/

또는

$ python setup.py install --user

※ --user 라는 옵션이 갱장히 편합니다. 대신 나만 됩니다.





cmake (https://cmake.org/)

$ wget https://cmake.org/files/v3.10/cmake-3.10.3.tar.gz

$ /bootstrap --prefix=/path/to/install/

$ make

$ make install

※ prefix를 설정하지 않으면 /usr/bin 모 이런데에 설치 되므로 설치가 제대로 되지 않기 떄문에 prefix를 설정하는것이 정신건강에 이롭습니다. :)

출처: @sana_twice.09

qiime2 설치편

지난번 qiime2 파헤치기에 이어
이번에는 설치편!!
WSL을 이용하여 우분투 18.04 LTS에 설치하는것처럼 흉내를 내보겠습니다.

윈도우 10에서 WSL을 활성화시키고 Ubuntu를 설치하면 되겠습니다.
자세한 내용은 >여기< 를 참고해주시면 될것 같습니다.
(저도 이분의 블로그를 보고 WSL 셋팅하고 ubuntu 설치했습니다. :) )

위에서 우분투 설치후 apt-get update와 build-essential같은 패키지 설치해 주시면 다음 작업에 크게 문제가 생길일은 없으니 설치하라고 하시는거 다 설치해주시면됩니다만 생정보도구중에 특이하게 요구하는 패키지를 사용하는 프로그램 쓰시는 분이라면 알아서 하실만하리라고 봅니다. :)

여튼 ubuntu 업데이트까지 되고 나면

qiime2를 설치하기 위해 conda를 설치하시면됩니다.

conda는 miniconda2를 사용하였고 자세한 설치 화면은
>여기< 를 참고하시면되겠습니다.

$wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
$sh Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

miniconda2를 설치한 이후에는 qiime2의 설치 안내 페이지에 나와 있는대로
진행해주시면됩니다. 자세한 내용은 >여기< 에 나와있습니다.

$conda update conda
$conda install wget
$wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2019.10-py36-linux-conda.yml
$conda env create -n qiime2-2019.10 --file qiime2-2019.10-py36-linux-conda.yml

conda에 설치된 qiime2를 사용하려면 qiime2가 설치된 conda환경인 qiime2-2019.10을 활성화 시켜주면됩니다.

$conda activate qiime2-2019.10

활성화된 환경을 비활성화 하려면 다음과 같이..

$conda deactivate

일단 설치는 했습니다.

다음에 사용해보아요~ :) 제발~

출처: @sana_twice.09

Velvet과 Oases 설치

Velvet 다운로드

$tar zxf velvet_1.2.03.tgz
$cd velvet_1.2.03
$make

default 설정으로 설치하는 경우 그냥 make하면 되지만..
K-mer값을 큰 값으로 사용하고자 하는 경우나 multi-thread를 사용하고자 하는 경우
옵션값을 조절해줘야 한다.
아니면 make할 때 옵션을 설정해 주어도 가능하다. :)

$vi Makefile
...
MAXKMERLENGTH=99
CATEGORIES=16
...
OPENMP=1
LONGSEQUENCES=1
...


$make 

Oases 다운로드

$tar zxf oases_0.2.06.tgz
$cd oases_0.2.06
$make


Oases 또한 Velvet과 마찬가지로 default 설정으로 설치하고자 하는 경우에는 make를 해주면 되지만, velvet경로도 내부 서버 상황에 맞게 설정 해야 하는 경우 가 있으므로, 다음과 같이 Makefile을 수정 후 make를 하면된다. :)

$vi Makefile
...
MAXKMERLENGTH=99
CATEGORIES=16
...
OPENMP=1
LONGSEQUENCES=1
VELVET_DIR=../velvet_1.2.03
...


$make 

Eclipse Plugin 설치

(지금은 또 어떻게 얼마나 많이 변했을지 모르는 Eclipse.... ;; )


Eclipse 사용시 사용하고자 하는 plugin을 설치할 일이 있을 것이다

웬만하면 [HELP] - [Software Updates]에서 해결 가능하다.
그러나 가끔씩 맘에 안들게 이 메뉴로 해결이 불가능 할 때가 있다.

그럴때에는 manual하게 설치를 해줘야 한다.
-모 그냥 심심풀이로 사용하고자 하는 경우에는 굳이
 스트레스 받으면서 할 필요 없다.

3.4버전 Eclipse인 Ganymede는 Europa와 달리
Plugin폴더에 파일만 복사하면 plugin이 설치가 안된다.
-그래서 조낸 힘들었다.. ㅠ.ㅜ
-Europa도 안써봤었는데.. 제길..
앞으로 만날 Maven, Ant가 무섭다.. xml 설정 같은거 지랄같이 못하는데..

여하튼... Ganymede에서 수동으로 plugin을 설치하려면
두개의 설정 파일과 두개의 폴더에 관련 파일들을 복사해 주어야
Ganymede가 기분좋게 인식해준다.
-[HELP]-[Software Updates]에서 의존성 문제로 설치안되던 녀석들도
너무 깔끔하게 설치된다는 사실.. 제길...

일단 수정되어야 할 파일
eclipse/artifacts.xml
eclipse/configuration/org.eclipse.equinox.simpleconfigurator/bundles.info

그리고 수동으로 설치 할 plugin관련 파일들을 저장할 폴더 두곳
eclipse/features/
eclipse/plugins/

그런데 문제는 각 파일과 폴더를 들여다 보면 막막할것이다.
파일안에 어떻게 내용을 넣어줘야하며, 폴더에는 어떤 파일들을 넣어줘야 하는지..

그래서 본좌는 개발용으로 사용하는 eclipse외에 버전별로(왜 버전별인지 플러그인 설치하다가 당해보면 알것이다.) 다운로드 받아놨다. ^^

그래서 원하는 plugin을 설치가 되는 eclipse에 설치 된 후,
그 eclipse에 저장된 폴더들과 파일의 관련 부분만을 긇어서 원래 개발용
eclipse에 첨가시켜주면 OK!!
젠장.. 이거 깨닫는데 한달 걸렸다..;;;