Velvet과 Oases 설치

Velvet 다운로드

$tar zxf velvet_1.2.03.tgz
$cd velvet_1.2.03
$make

default 설정으로 설치하는 경우 그냥 make하면 되지만..
K-mer값을 큰 값으로 사용하고자 하는 경우나 multi-thread를 사용하고자 하는 경우
옵션값을 조절해줘야 한다.
아니면 make할 때 옵션을 설정해 주어도 가능하다. :)

$vi Makefile
...
MAXKMERLENGTH=99
CATEGORIES=16
...
OPENMP=1
LONGSEQUENCES=1
...


$make 

Oases 다운로드

$tar zxf oases_0.2.06.tgz
$cd oases_0.2.06
$make


Oases 또한 Velvet과 마찬가지로 default 설정으로 설치하고자 하는 경우에는 make를 해주면 되지만, velvet경로도 내부 서버 상황에 맞게 설정 해야 하는 경우 가 있으므로, 다음과 같이 Makefile을 수정 후 make를 하면된다. :)

$vi Makefile
...
MAXKMERLENGTH=99
CATEGORIES=16
...
OPENMP=1
LONGSEQUENCES=1
VELVET_DIR=../velvet_1.2.03
...


$make 

tabix vs intersectBed

tab으로 구분되어 있는 txt 파일 처리하는 tabix에서 대해서
혜식 형님께 조언을 구하는데 대량으로 처리하려면
tabix보단 intersectBed가 더 좋다는 정보 획득!! ㅎㅎ

intersectBed 홈페이지

COUNTIF 함수

아... 어제 작업하면서 이런 기능 엑셀에 이런기능이 설마 없을까?
했는데... 역시 있었다. 착한 놈들 ㅎㅎㅎㅎ

이름도 기특하다 ! COUNTIF !
cell을 세는데 특정 조건에 맞는 셀 개수를 세는 함수

모 사용방법은 그렇듯이 항상 간단하다

=COUNTIF(범위, 조건)
범위는 우리가 자주 쓰는 A2:A30
조건은 개수를 세려는 셀의 조건이나 문자열 등등등..
내 경우 0.01보다 작은것이 몇개나 있는지 확인하기 위해서 이녀석을 찾았다.

그러므로 내가 사용한것은 =COUNTIF(A1:A10000, "<0.01")