isPcr 사용법

내가 디자인한 (아마도 업체나 primer3에서 디자인된..) 프라미어 서열이 진짜 잘 작동할까? 궁금하신 분들이 있겠죠..

그래서 이것 저것 컴퓨터 하는 애들이 얘기하는 ncbi에 들어가서 blast라는 것도 한번 돌려보고 ucsc에 blat이라는 것도 있다던데 그것도 한번 돌려서 확인해보라는데... 

그래서 kent옹께서 우리들과 같은 꼬꼬마들을 위해서 만들어 놓은 사이트가 바로

UCSC In-silico PCR 되겠습니다.

물론 사이트에서 하나씩 할 수도 있고 

당근 local 서버에 다운받아서도 할 수 있습니다.

다운로드는 >여기< 로

다운로드 받은 isPcr.zip 파일을 압축 푼 후 

>chmod 755 isPcr 

>./isPcr

하면 내 컴퓨터(운영체제가 윈도우라고는 안했다)에서 실행 가능합니다.

>isPcr <database> <query> < output>

database: 그냥 fasta파일의 human genome넣어주면되고

query: primer서열이 들어있는 파일인데 3개 컬럼으로 이뤄진 파일이 input으로 사용됩니다.

name, forward primer, reverse primer 컬럼 구분은 space나 tab으로 구분해주면되는데..
어떤건지 정확히는 다시 해봐야 알겠네요.. :)

@ye._.vely618

Mac OS에 Redmine 설치하기

오늘은 레드마인 설치기를....

처음에는 맥북에서 Bitnami가 제공하는 redmine을 사용하여 일감정리를 하고 있었는데 우리 Big Sur가 중간에 업데이트를 하면서 Bitnami redmine stack이 먹통이 되면서(중간 일감도 덤으로 요단강을 건넜다는...) 

결국 꼼수쓰지 않고 손수 설치를 강행했다는...

근데 워낙에 잘 정리된 문서가 있어서 생각보다 어렵지는 않았음

중간에 문제가 있을만한 것은 대부분

xcode-select --install

로 해결되는 문제였고

위의 정리된 문서나 블로그 한번 탐독 후 설치 진행하면 에러없이 잘 사용 할수 있다는 사실

마지막에 redmine 실행 시킬때는

bundle exec rails server webrick -e production -b 0.0.0.0

이렇게 하면 같은 네트웍대에 있는 사용자들은 내 레드마인에 접근 가능하다는..

현재 맥북 환경은 Big Sur (11.5.2, 한영키잘먹히는 개선 버전)으로 전혀 문제 없이 레드마인을 운영하고 있다는...

대신 다른 문서를 복붙할때 이모티콘이 있는 경우 저장이 안되는 문제가 있는데 이건 아마 redmine만의 문제가 아니라 mysql의 utf8사용시 utf8mb4을 사용하면 문제가 해결 된다는 얘기가 있는데.. 아직 안해봐서..... 어차피 일감 정리할때 이모티콘은 안쓰니...

출처: @candyz_hyojung

liftOver

liftover는 여러버전의 reference간의 위치를 정렬/보정해주는 작업을 뜻합니다.

Liftover작업하는 참고하는 site로 개인적으로 ucsc사이트를 가장 빈번히 사용하고있고 ucsc에서 사용하는 liftover 명령어는 여기서 다운받을 수 있으니 로컬에서 사용하시면되겠습니다.

다만 로컬에서 사용하려는 경우 변환하고자 하는 reference간 정보를 가지고 있는 chain 파일이 별도로 필요합니다. (아래 링크가 바로 그 chain 파일)

hg19>hg38

hg38>hg19

모든 genome이 가능한것은 아니고 일단 human과 mouse는 가능하고 chain 파일있다면 가능합니다. ucsc사이트를 보니 다른 기타 reference를 Human(hg38), Mm10과 비교할 수 있도록 chain 파일을 제공하고 있긴하네요..

cat같은 경우 Cat9toCat5, Cat9toCat8은 있는데 Cat5toCat8 또는 Cat8toCat5이 없는거 보니 5버전과 8버전은 좀 많이 다른 genome인가 봅니다.

여튼 liftover는 (별일 없으면 동일종이나 assembly 버전이 좀 다른) genome끼리 position을 정렬/보정해주는 작업이라고 생각하면되고 liftover라는 프로그램을 사용하시면 편안하고 안전하게 정렬/보정할 수 있습니다. (물론 이따금씩 잘 안되는 부위도 존재합니다.

사용법:

>liftOver oldFile map.chain newFile unMapped

oldFile: 원본 파일
map.chain: 위에서 언급한 chain 파일
newFile: 내가 원하는 버전의 genome으로 변환된 위치를 가지고 있는 파일
unMapped: 변환 중에 newFile로 변환되지 않은 부위를 저장하는 파일

출처: @jihoa_f

Long-read sequencing identified a causal structural variant in an exome-negative case and enabled preimplantation genetic diagnosis

아니.. 2018년도에 이런 논문을 블로그에 keep놓고 그냥 놀고 있었다니..

여하튼 눈에 띄어서 한편 사브작 하나 올려봅니다.

역시 일이 많을때 딴짓은 국룰이라는 명제를 증명하듯......

Long-read sequencing identified a causal structural variant in an exome-negative case and enabled preimplantation genetic diagnosis

https://doi.org/10.1186/s41065-018-0069-1

WGS(Whole Genome Sequencing)이 아무리 저렴해졌다고하나 내 genome에 이상이 있는지 진단을 위해서 시퀀싱하는 비용이 억대에서 천만원 정도로 떨어진거지 아직은 WGS가지고 일반인이 무엇을 하기에는.... 물론 Private Premium Platinum Gold Special Society 같은 수식어의 멤버 라면... 할려면 할수는 있겠다만..

여튼 현재 아직까지는 유전체 진단에서 가장 현실적이고 합리적인 방법은 WES이나.. 짧은 read들을 가지고는 structural variant를 탐지하기에는 무리가 좀 있으니 long read로 해야하지 않겠냐라고 얘기하는 2018년도 논문되겠습니다.

해당 논문에서 언급하는 환자는 G6PC 유전자에 돌연변이가 생겨 간비대, 신장비대를 초래하는 recessive inheritance 질환으로 긴 지역에 deletion이 있었으나 WES만으로 진단하였을 때는 확인하지 못했고 nanopore (long read seq)를 사용하여 확인하였을 때에는 정확히 긴 길이의 SV를 확인 할 수 있어다 라는게 주제되겠습니다. 지금까지 short read만으로 시퀀싱하여 진단되지 않거나 오진되는 환자들의 돌연변이를 정확하게 확인 할 수 있는 도구가 임상 진단에서 하나더 생겼고 그로 인해 정확한 진단을 할 수 있게 되었다는 자화자찬의 평을 내면서 논문을 마무리하였습니다.

사례를 통해 short read만으로는 진단에 한계가 있다는것을 확인하였고 long read 방법이 이제 진단에 슬슬 자리 잡아야 하지 않나 싶은 생각이 드는....

(근데 길게 뽑으려면 나노포어 실험이 그렇게 쉽지 않은듯하던데.... )

출처: @ye._.vely618