BSMAP 2.xx 설치시 error

BSMAP: whole genome bisulfite sequence MAPping program


간만에 BSMAP설치하는데 다음과 같은 에러가 딱!!
(예전에 설치할때는 에러 없었는데.. ㅠㅜ.)

param.cpp: In constructor ‘Param::Param()’:

param.cpp:8:20: error: ‘_SC_NPROCESSORS_ONLN’ was not declared in this scope  num_procs=sysconf(_SC_NPROCESSORS_ONLN);

param.cpp:8:40: error: ‘sysconf’ was not declared in this scope

  num_procs=sysconf(_SC_NPROCESSORS_ONLN);

구글링한결과

해결글


param.cpp파일에  "#include<unistd.h>" 추가해주면 되는 것였음

참 쉽죠~
내가 겪은일 해결방법 공유하면 다른 누군가는 개이득~ :)

메리크리스마스

모 언젠가부터 크리스마스 시즌이 된다고해서
설레이는 기대하는것이 없어지긴 했지만

그럼에도 불구하고
모두들 따뜻한 크리스마스 보내시길 바랍니다. :)

Cufflinks 사이트 리뉴얼??

cufflinks Hompage

오오오오오
아예 새롭게 업데이트 한줄 알았는데 그건 아니고
github로 옮기시면서 내용도 업데이트 했는지
프로토콜 클릭 했는데...

프로토콜은 자연 규칙/규약으로 슈슝~  orz
그래 잘 나와있긴 하다만... 그렇다고...
그래 내가 프로토콜 만들건 아니니 넘어가쟈~ ㅎㅎ

그냥 간만에 cufflinks때문에 머리 싸메고 있어서
뒤적거리고 있는 참에 trapnell님의 cufflinks 사이트가 이뻐진듯해서
간만에 글쓰는중.. ㅋㅋ

Thank you for your interest in the TGI databases.

>TGI database<

아... 안타까운 소식...

database하나가 펀딩이 끝나서 운영이 중단되었다는(맞나??) 소식이 있습니다.

2010년에 끝났는데 금년까지는 운영하다가 걍 다 내리고
ftp만 운영한다는... 아름다운(?) 소식을 전합니다.

석사시절 뻔질나게 드나들었고
석사 논문에서 Key point중 하나를 제공해준 사이트였는데
역사속으로 사라진다니 좀 아쉽네요..

낙태 무조건 비도덕적인가

우연치않게 본 두글

도킨스씨, 당신을 포함해 누구도 인간이 될 더 나은 자격을 갖고 있지 않습니다


낙태 트윗에 대한 리처드 도킨스의 사과문


둘다 틀린말은 하지 않고 있다는 점이 문제

자일스 신부님, 도킨스 각자의 보는 관점이 불러오는 차이가 아닐까 하다

내가 바라보는 시점
이제 결혼도 했고 애를 낳아야 되는데
아내의 나이도 초산치고는 그리 적지 않은 나이

부부가 생명공학분야 박사를 전공했고
이런 경우 이러이러 문제가 있을수 있고 모 이런 저런 확률도 있겠지
모 마음만 먹으면 대놓고 생정보분석도 할 수도 있는 상황

이런 상황에서
만약 내가분석해도 그렇고 타기관에서 수행한 검사 결과도
유전병이 있을 것 같다는 소견이다.

나같으면 어쩔까??

낙태를 안시킨다는 보장도 없다.
물론 아내의 의사도 존중하겠지만...
아이도 중요하지만 우리 부부도 중요하니깐

과연 도킨스가 임산부한테 낙태하라는 의견을 말한게 문제가 될만한가?
(낙태도 사회적으로 공분을 살만한 떡밥중 하나이긴 하다.)


공개석상에서는
"인간은 존엄하고 하나님께서 주신 생명을 함부로 할 수 없다"
이런 입바른 소리는 우리 위대한 령도자 김정은이도 할 수 있다.

근데 이런 입바른 소리하는 분들의 자식들 중에 지체장애자들이 얼마나 있는지 모르겠다.
그리고 이런 분들 중에 과연 지체장애자들과 생활을 한번이라도 제대로 해보신적은 있는지..
(나도 모 제대로 체험은 못해봤지만 단순히 곁에서 시간을 함께하는 것도 녹녹치는 않다.)

본 도킨스의 "낙태"발언 사건은
도킨스의 낙태에 관련된 발언보다는
짧은 글밖에 쓰지 못하는 트윗터로 가볍지 않은 낙태에 대한 글을 전달했다는 것이
문제인듯 하다.

짧은 글로 인해서 의미가 퇴색했고 본인의 생각이 와전되어서
이런 문제가 나왔지 도킨스의 사과(사실 내가 봐도 사과글은 아닌듯 ㅋㅋ)글을
보면 그 임산부에게 낙태를 권유할때 그냥 "아이가 유전병있으니깐 지우셈"이라고
하지는 않은듯

The truth is out there..
도킨스의 진심이 몬지 우리가 어떻게 아나 본인밖에 모르지~

밀라노 여행

밀라노는 이번 여행(이라고 쓰고 신혼여행이라고 이해하면됩니다.)에서
그냥 거쳐가는 수준이었고 사실 그랬다.

야간열차를 최대한 피하기 위한 꼼수 ㅎㅎ :)

그래도 이탈리아에 도착하면서부터 일단 날씨하나는 제대로 도와줬다는..

햇살이 비추는 곳에는 봄날씨를 무색하게하는 햇살이 있었고
그늘엔 그 여름날의 햇살을 식혀주는 시원한 바람이 있어서
돌아다니는데 크게 문제는 없었던듯..

다만 약간 이른 아침 시간의 기차 스케줄만 아니었으면 조금더 나은 하루일정이 었을듯..

여하튼 조그만 도시다 보니 숙소가 명소들 주의에 있으면 굳이 티켓이 필요없겠지만
관광명소와 피렌체 중앙역과는 조금 거리가 있으니 어찌되었건 교통수단은 이용할 수 밖에 없게된다.

일회권 티켓 및 하루권, 10회권 묶음 티켓 등등 여러가지가 있었는데..
힘들면 버스나 트램을 타보고자하는 유혹으로 하루권 티켓을 구매해서 사용하였다.
근데 이게 또 물건.. ㅎㅎ

밀라노에서 사용한 하루권 티켓은 택시를 제외한 밀라노내 모든 교통수단에서 사용가능한 것인데 엄밀히 말하면 하루권이 아닌 24h 이용권!
처음 사용된 시간부터 24시간이라는 당연한것이면서도 상당히 접하기 힘든 조건의 티켓이었다는 상당히 합리적인 사용 방법의 티켓이었다는..
-하루밖에 머무르지 않았던 우리에게는 참 좋은 티켓이었다는... 사용 시작이 오전 11시즈음부터여서 그 다음날 오전 11시 전까지 사용 가능.. (ㅡ,.ㅡ)b

SSPACE-Standard 3.0

오오오오..
간만에 assembly작업때문에
프로그램 다시 확인하고 있는데..
SSPACE는 언제 3.0으로 바꼈는지.. ㅎㅎ


SSPACE

SSPACE 스탠다드와 함께 Longread도 있는데..
usage보니 pac용이네...

이번에도 좀 잘 부탁한다는.. (_ _)

이번에도 두자리 한번 찍어보자.!!

엑셀에서 확인하는 CV

출처: Silphion System


통계작업은 보통 R을 쓰지만 급작스럽게 간단한 수치를 확인할 때는
나도 그렇고 독자도 그렇겠거니와 굳이 R 켜서 명령어 날리기 귀찮다.
(역시 나만 귀찮은거였어 그런거였어.. ㅠ.ㅜ)

그래서 엑셀을 많이 사용하는데

요즘 자주 보는 변동계수, CV (Coefficient of Variability)
자료가 얼마나 흝어져 있냐 아니냐를 판단해주는 값

엑셀에서 CV구하는 식은 다음과 같다.
=STDEV(범위)/AVERAGE(범위)x100

그럼 짠하고 나온다는 말씀.. :)

CD-HIT 사용하기

CD-HIT
site: cd-hit site

초간단하게 말하자면
서열들끼리 alignment해서 서로 겹쳐지는 서열이면
제일 긴 서열을 대표로 해서 중복되는 서열 제거하자 이런 거..

근데 -T 옵션을 사용해서 여러 thread를 사용할 수 있는데
"multi-threading with OpenMP is NOT Enable!!"
이라는 안내문구가 나오고 single cpu로만 된다는....

그래서 왜 그렇지 하고 OpneMP가 설치안됐나?했지만
역시나 잘 설치되어있고..

결론은 make할때 openmp=yes 하며 된다는.. :)

BLAT에서 protein 서열 비교하기

새로운 것을 얘기하는건 아니고...
다들 알고있는거 기록용도로 남겨두려고 끄적끄적합니다. :)

Kent옹께서 창조하사 현재 널리 사용되는(나만 쓰나..;;;)
BLAT의 경우 blast와 달리 db를 따로 안만들고 db/query의 format가 fasta이기만 하면
문제없이 작동된다는 장점이 있는데...

db/query가 서로 같으면 문제가 없지만 다른 경우 잘 동작 안하는 수가 생깁니다.
물론 메뉴얼에 잘 나와있지만.. ㅎㅎ


DNA-DNA (DB-Query)
>blat db.fa query.fa output.psl

Protein-Protein
>blat db.fa query.fa -prot output.psl

DNA-Protein
>blat db.fa query.fa -t=dnax -q=prot

Protein-DNA
>blat db.fa queyr.fa -t=prot -q=dnax

-t는 database, -q는 query를 나타냅니다.
dnax/rnax는 해당 서열을 translated해서 비교하겠다는 것입니다.
rnax 옵션은 저도 오늘 확인하면서 본건데... query쪽에만 있네요. 모 굳이 db쪽에도 rnax옵션이 있을 필요는 없어보이니.. :)
(blat에는 blastx와 같은 기능은 없는듯 합니다. tblastn만 지원하는듯...)

그리고 BLAT은 zero-based. 할때마다 찾아봐야 한다능...;;; 제길

인터라켄 여행

1. 숙소

민박은 안겪어봐서 모르겠지만 나쁘지 않을듯 하고
호텔도 나쁘지 않다는 점 다만 좀 비싸서 그렇지 말이죠.
좀 비싸다고 스위스 호텔이 전부다 꽃보다 할배의 숙소를 기대하시면 아니아니아니됩니다.
그런 숙소는 많이 비쌀겁니다.
재산 몰빵해서 럭셔리하게 돌아다닐 여행 아니면 그런 숙소는 ㄷㄷㄷㄷ

2. 교통

인터라켄 자체가 그리 크지 않은 관계로 인터라켄 안에서만 돌아다닐 경우 큰 문제가 없으며 근처 융프라우 정상을 방문하는 경우 산악열차 때문에 심심하지 않습니다. 다만 날씨가 개떡같아 마을엔 비가오고 정상엔 구름이 잔뜩끼어 경치를 감상할 수 있는 여건이 안되는 경우가 문제이죠(웬만한 숙소의 TV를 통해 정상의 실시간 영상을 감상 하실 수 있습니다. 융프라우 정상의 날씨가 항상 좋지 않은 관계로 꼭 체크하고 올라가시길... 아침에 좋았다고 점심때도 좋다는 보장은 없습니다.)

비가와서 할게 딱히 없는 경우 숙소가 호텔인 경우 버스 무한 탑승표를 제공해주는 곳이 있습니다. 바로 이 버스 무한 탑승표를 가지고 동네 마을 투어도 괜찮다는 점~
-버스 뿐만 아니라 열차를 이용하는 경우도 근처 마을까지는 무료 (사실 한두 정거장이라서 그 구간내에 전체 열차의 승객에 대한 검표가 불가능하다는..... ㅎㅎ)
여기서 주의해야 할 것이 하나 있는데 열차의 경우야 시간표가 있다는게 일반적이지만 버스의 경우도 시간표가 있다는 사실..
그리고 동역과 서역에서는 5-10분정도의 대기시간도 있다는 점.. :)
버스간 간격이 최소 20-30분에서 최대 1시간 사이라서 어중간한데에 잘못 내리는게 더 골치아픕니다.
그냥 끝까지 갔다 오세요 ㅠ.ㅜ


3. 먹고 내보내기

스위스 대표 음식이라고 하는 퐁듀를 먹은것 제외하고는 대부분을 빵과 샌드위치로 때웠다는... ㅎㅎ
사실 다들 퐁듀라는데 좀 짜다는 소문이 많아서 한국분께서 하시는 집을 간건데..
거기서도 사실 약간 짰다는... (다만 설겆이 수준으로 싹싹비웠다는게 함정..)
먹는건 인터라켄도 빵이 나름 갠춘해서 크게 문제될건 없었습니다만
빵을 좋아하시지 않는 분은 대비책을 세우셔야 할듯합니다.

한번은 맥을 먹을려고 했는데..
주문이 어려워서 포기한 점 도 있지만 무슨 SET메뉴가 10 스위스프랑.... ㄷㄷㄷ
(대략 계산해도 1만원 넘는다는.. ㅎㅎ)

내보내는 경우 다른 앞선 나라들보다는 좀 수월했다는... ㅎㅎ
인터라켄 동역과 서역 사이 큰 공중(공중이라고 쓰고 공짜라고 읽음) 화장실이 있습니다.
동역과 서역사이를 산책하시다가 급할 때 볼일 보시면 큰 문제는 없을듯 하며
근처 동네로 버스타고 이동하신 후에도 버스 기착점 중 몇곳에는 버스 정류소에 여행자를 위한 쉼터가 마련되어 있는 곳이 있어서 화장실을 무료로 사용하실 수도 있습니다. :)
-호텔에서 지원해주는 버스 무한탑승 티겟이 없다면 버스비가 무시무시할겁니다. ㅎㅎ
그리고 COOP과 함께 대형 마켓 업체인 MIGROS를 이용하시는 경우 인터라켄 서역 근처에 있는 MIGROS 건물안에는  화장실 있었습니다.

물론 동역과 서역에도 무료 화장실이 있습니다. :)

파리여행

1.지하철
문을 수동으로 열어야 되는 구식 지하철들을 제외하면 크게 불편한건 없는듯
승객이 직접 문을 여는게 재미있는 부분.
지하철이 멈추기도 전에 걍 열어버리는재미??도 쏠쏠??
다만 버튼식이 아닌 진짜 수동문고리인 경우 만원지하철에서 실수로 열릴까봐 무서웠지만 아래에서 위로 올려야되서 실수로 열리기 힘들듯하네요.
그리고 서울 지하철노선보다 많은 지하철 라인이 있어서
자칫 잘못하면 헤매기 좋다는.... ㅎㅎ :)

까르넷이라 해서 우리네 지하철 승차권같은 티켓(t+)이 있는데 그걸 10장 묶음으로 사면 좀 쌉니다.
대신 베르사유같이 좀 먼 곳을 방문 할 예정이라면 모빌리스(전일 교통 자유 이용권, 택시를 제외한 모든 교통수단 이용 가능)도 나름 갠춘합니다.
-t+은 예전에는 RER이라고 해서 기존 지하철 노선과 구분된 조금 좋으면서 관광명소를 많이 지나는 지하철은 탑승이 안된다는 걸로 알고 있는데 이번에 경험한 바 RER도 사용가능합니다.

2. 버스
딱히 버스는... 탔던기억이 없던 걸로.. ㅎㅎ
몽마르뜨에서 개선문갈때 한번 타봤는데...
정류장에 버스노선도가 잘 표시되어 있어서 지하철까지 걷기 귀찮을때 사용하면
상당히 유용한 교통수단인듯.. 대신 내릴때 방송이 안되니 눈치것 잘 내려야 한다는게 흠이라면 흠.

3. 먹고 내보내기
어떤 빵집을 가서(가판 포함)도 바게트빵은 일단 싸고
바게트 샌드위치는 실패한적이 없다는...
-그냥 빵이 맛있는듯 ㅎㅎ

그리고 여행책자에 나오는 맛집가면
한국인 모임해도 될만큼 많이 모입니다. :)
거기서 정보 공유를 해도 나쁘지 않을듯 ㅎㅎ
(물론 민박을 이용하는 경우, 민박집에서 공유를 하고 계시겠지만... ㅎㅎ)

내보내기의 경우 남자의 경우 크게 문제 없지만
관광명소에 가면 은근 무료 화장실이 많으니 잘 활용하시면
큰문제는 없을듯..
근데 여자 화장실은 동서양을 막론하고 줄이 길다는...


※ 베르사유
베르사유의 경우 아침 일찍 가지 않는 이상 줄이 만만치 않을겁니다.
그래서 선택지가 정원을 먼저 관람하시고 궁전을 관람하시는것도 좋을듯
아침에 궁전 입장 줄에 따라 관람순서를 설정하시는것도 좋은 방법입니다.
대신 정원은 음악분수쇼를 하는 특정 요일날 추가 요금을 받는 다는것만 주의하시면 됩니다. ㅠ.ㅜ
-근데 문제는 내가 방문을 했을 때는 분수쇼다운 분수는 없었다는... 제길..
-그리고 뮤지엄패스를 사용하는 경우 별도의 입장티켓을 따로 끊지 않아도 되기 때문에 티켓 구매 시간 또한 줄일 수 있다는 것. 약간 비싸긴하지만 웬만한 유료입장 명소에서 사용가능하기 때문에.. 유명한 명소(비쌈) 3-4군데가면 본전치고 그 이상 방문하면 남는 장사임

※ 르부르박물관
르부르 박물관의 제 경우 10분서있다가 들어갔다는...
그 이유는 바로 야간개장 :)
휴무일 다음날로 기억되는데 그 날 야간개장으로 21:30까지 개장해서
굳이 아침부터 기다리기 막막한 줄을 피했습니다.
그래서 베르사유와 르부르박물관을 하루에 묶을수 있습니다. ㅡ,.ㅡ)b
대신 다리가 엄청 피곤할듯.. ;)
여기서도 뮤지엄패스는 빛을 바랬는데, 그냥 피라미드입구를 통해서 들어가서
각 관으로 입장할때 매표소따위 skip하고 그냥 들어갈 수 있다는~
대신 특별전같은 경우 해당안되니 돈내고 보시기바랍니다. :)

※ 대한민국 중고등교육의 위대함
대한민국에 태어나서 장점이라고 한다면
중고등학교시절 남의나라 역사를 암기한 탓에
어디가서든지 그래도 대충 모가 몬지 알아본다는... ㅋㅋ

그래도 가능하면 >자전거나라<같은 투어 전문가의 도움을 받으면
여행이 더 풍부해 질것입니다. :)

런던 여행

세인트팡크라스역에서 잠시쓰는 런던 현재상황 ㅋ

역의 노후깨문인지는모르겠지만
몇개 역 공사가 진행되고있어서
본드 스트리트같은 경우 환승이 안되고
어떤 역은 승차는 안되고 하차만 되고

런던 역들의 환승 거리는 서울 지하철역 중 가장 긴 환승거리를
기본적으로 가지는듯 차라리 버스를 타는게 더 좋을듯
대신 차가 잘 안막히는 낮시간에만...
지하철로 10분도 안걸리는 거리를 30분이상 걸려서 갈수있다는
대신 거리구경은 잘 할수있다는 장점도 있다는 :)

그리고 네이버로 찾은 현지 날씨는 온도 제외하고는 소용없음 ㅎㅎ
영국날씨가 원래 그지같아서인지 모르겠으나
아침먹을때는 비가왔는데 여행할때는 해가 짱짱했다는..

제일 중요한 먹고 내보내기
먹는건 식당들어가면 걍 정신 붙잡고는 제대로 밥먹기 힘들듯 ㅎㅎ
그래서 저렴하고 배부르게 먹을려면 길거리 샌드위치같은걸 강추 ㅎㅎ

내보내는 문제는
걍 잔돈은 항상 가지고 다닐것
리턴따위 없다는 ㅎㅎ
물론 근처에 동전교환기나 교환원이 있으니 크게 걱정안해도 되고


지금 이 글을 작성하고 있는 세인트팡크라스 역은 무료라는 ㅎㅎ
보통 화장실은 30-40펜스정도 생각하고 다니면 된다능

NGS는 해결사?

아닙니다.

NGS가 많은 부분에서 해결사 역할을 하는것은
맞지만  잘못쓰시면 해결사가 아니라
돈만 많이 쓴 처리못할 쓰레기가 될 수 있습니다.

항상 상담을 하시고 이용해주시고
사용에 주의하시기바랍니다.  :)

FASTA-Reader Warning

BLAST+의 makeblastdb를 사용하여
blast용 db를 만들고자 할 때
항상 에러없이 잘 만들어지지 않을 수 있다.
거기다 다음과 같은

Error: (1431.1) FASTA-Reader: Warning: FASTA-Reader: Ignoring FASTA modifier(s) found because the input was not expected to have any.

내맘에 안드니깐 무시하고 만든다
라는  에러를 내놓을때는.....

db를 만들고자 하는 fasta파일 각 서열의 header를 간단하게 바꿔보는것도 나쁘지 않은 방법일듯... :)

왜 header를 수정해줘야 하는가?
본인이 header 수정해줘서 정상적으로 blastdb를 만들었으니깐요? :)

NGS 물량공세 플랫폼 오픈

오늘 페북에 내 스팸 메일 제외하고
가장 핫한 이슈는 일루미나가 새로운 NGS기계를 내놓았고
그걸 마크로젠이 냉큼 구매했다는 이야기...

>Illumina Sequencing System Spec<

물량으로는 일루미나는 때려잡아도 못잡을듯..
결과가 TB단위가 나올줄이야... ㅋㅋ

그리고 HiSeq X Ten 이름에 있는 것과 같이
HiSeq X를 사려면 10대라는 최소 주문 수량을 만족해야 한다는...
"우리 일루미나 고객님들은 쪼잔하지 않아요"가 2014년도 일루미나 슬로건인가? ㅎㅎ

일년에 한두번씩 휴양지에서 세미나 개최해서 초정도 해주고 그런것 같다만...
이게 무슨 청첩장도 아니고 최소 주문 수량을...;;;; ㅎㅎ

여하튼...
일루미나 덕분에
Open the real hell gate... ㅋㅋ

CentOS에서 genewise 설치하기

지난번에 genewise 설치 관련 포스팅은
사용하지 않는 함수를 바꿔주는것으로 해결을 봤는데..

이번에는 잘 설치 되어있는 라이브러리 헤더파일을 못잡아서
컴파일이 제대로 되지 않는 문제가 발생하였는데.. ㅋㅋ

이것 역시 솔루션이 ㅎㅎ

해결책은 9 x 6 에..

makefile에 있는 옵션 중 glib 옵션을 명확하게 바꿔줘서 해결한다는... ㅎㅎ

find ./ -type f -name "makefile" -exec sed -i.old 's/glib-config --libs/pkg-config --libs glib-2.0/g' "{}" +;
find ./ -type f -name "makefile" -exec sed -i.old 's/glib-config --cflags/pkg-config --cflags glib-2.0/g' "{}" +;

여하튼 해결되서 다행 ~ ㅎㅎ :)