FASTA-Reader Warning

BLAST+의 makeblastdb를 사용하여
blast용 db를 만들고자 할 때
항상 에러없이 잘 만들어지지 않을 수 있다.
거기다 다음과 같은

Error: (1431.1) FASTA-Reader: Warning: FASTA-Reader: Ignoring FASTA modifier(s) found because the input was not expected to have any.

내맘에 안드니깐 무시하고 만든다
라는  에러를 내놓을때는.....

db를 만들고자 하는 fasta파일 각 서열의 header를 간단하게 바꿔보는것도 나쁘지 않은 방법일듯... :)

왜 header를 수정해줘야 하는가?
본인이 header 수정해줘서 정상적으로 blastdb를 만들었으니깐요? :)

NGS 물량공세 플랫폼 오픈

오늘 페북에 내 스팸 메일 제외하고
가장 핫한 이슈는 일루미나가 새로운 NGS기계를 내놓았고
그걸 마크로젠이 냉큼 구매했다는 이야기...

>Illumina Sequencing System Spec<

물량으로는 일루미나는 때려잡아도 못잡을듯..
결과가 TB단위가 나올줄이야... ㅋㅋ

그리고 HiSeq X Ten 이름에 있는 것과 같이
HiSeq X를 사려면 10대라는 최소 주문 수량을 만족해야 한다는...
"우리 일루미나 고객님들은 쪼잔하지 않아요"가 2014년도 일루미나 슬로건인가? ㅎㅎ

일년에 한두번씩 휴양지에서 세미나 개최해서 초정도 해주고 그런것 같다만...
이게 무슨 청첩장도 아니고 최소 주문 수량을...;;;; ㅎㅎ

여하튼...
일루미나 덕분에
Open the real hell gate... ㅋㅋ

CentOS에서 genewise 설치하기

지난번에 genewise 설치 관련 포스팅은
사용하지 않는 함수를 바꿔주는것으로 해결을 봤는데..

이번에는 잘 설치 되어있는 라이브러리 헤더파일을 못잡아서
컴파일이 제대로 되지 않는 문제가 발생하였는데.. ㅋㅋ

이것 역시 솔루션이 ㅎㅎ

해결책은 9 x 6 에..

makefile에 있는 옵션 중 glib 옵션을 명확하게 바꿔줘서 해결한다는... ㅎㅎ

find ./ -type f -name "makefile" -exec sed -i.old 's/glib-config --libs/pkg-config --libs glib-2.0/g' "{}" +;
find ./ -type f -name "makefile" -exec sed -i.old 's/glib-config --cflags/pkg-config --cflags glib-2.0/g' "{}" +;

여하튼 해결되서 다행 ~ ㅎㅎ :)