cnvkit 설치 방법

간만에 프로그램 설치 기록 하나 남겨 봅니다.

설치할 tool은 Copy Number Variant 탐지에 대명사 중 하나인 CNVKit입니다.

참조할 사이트는 당연히 공식 cnvkit github고요 

첫번째 방법은 conda를 이용한 방법!

$ conda config --add channels defaults 
(conda를 설치해서 사용하시는 분들은 굳이 defaults는 안하셔도 됩니다.)

$ conda config --add channels conda-forge
$ conda config --add channels bioconda
$ conda install psutil
$ conda create -n cnvkit cnvkit
라고 명령어를 입력하면 엄청 많은 패키지들을 설치하겠다고 나옵니다.

$ source activate cnvkit

(cnvkit)$ python cnvkit.py -h

numpy가 없다고 나와서 다음과 같이 가상 환경 안에서 numpy 설치

(cnvkit)$ conda install numpy

그러나 conda를 이용한 방법은 제대로 작동을 안해서...

$ source deactivate

이유는 꼭 알아야 할까요? 다른 방법으로 설치하면되지요!

그래서 걍 github에서 소스 파일 다운 받아서 pip를 사용하여 설치!!

$ git clone https://github.com/etal/cnvkit

$ cd cnvkit/

$ pip install -e .

$ ~/Python-2.7.12/bin/python cnvkit.py -h

기본 pip를 사용했기 때문에 python-2.7.12에 설치가 되었고, 만약 pip3를 사용하여 설치하였다면... python3을 이용하면 되었을 것으로 예상됩니다.

그래서 오늘은 conda와 pip를 이용한 설치 방법에 대해서 알아보았습니다.

다음에 또 유익한 정보를 가지고 찾아오도록 하겠습니다.

출처: @candyz_hyojung

NCBI Website and Data Usage Policies and Disclaimers

관련 NCBI 원문 URL

Website Disclaimer
쓰는건 님 자유지만 어떠한 유형의 문제가 발생하면 쓴 너님 문제

Website Usage
NCBI 웹페이지는 Title 18 조항에 의해 보호되니깐 작은 하마를 건들면 ㅈ되는 것처럼 똑같이 됨.


Copyright Status of Webpages
NLM (National Library of Medicine) 웹 페이지의 공개 정보는 자유롭게 배포 및 복사 할 수 있습니다. 그러나 몇몇 저작물(그게 무엇인지는 비밀)에 대해서는 NLM에 적절한 확인을 요청해야 합니다. 


Molecular Data Usage
NCBI 웹 사이트의 분자 데이터베이스는 nucleotide sequences (GenBank), protein sequences, macromolecular structures, molecular variation, gene expression, and mapping data를 통칭.
NCBI는 이 안에 포함된 데이터의 사용이나 배포에 대한 아무런 제한을 두지 않는다. 제출자가 재사용/재배포에 대한 제한을 요청해도 승인하지 않는다. 그러나 제출자가 특허나 저작권 또는 기타 지적 재산권을 주장 할 수는 있다. NCBI는 이러한 청구에 대해서 평가를 하는 기관이 아니다. 제출자로부터 권리를 양도받지 않았기에 NCBI는 제 3자에게 양도 할 권리가 없다.
요약: 문제의 소지가 있는 데이터가 존재 할 수 있고 문제 발생 시 NCBI는 관여하지 않으니 니들끼리 알아서 해결하세요


Human Genomic Data Submitted to Unrestricted-Access Repositories
대규모 인체 게놈 데이터를 NCBI에 보관하고 싶으면 NIH 게놈 데이터 공유 정책(GDS)의 조건에 충족해야한다.


Use of Web Browsers
NCBI는 크롬과 불여우, 사파리 그리고 에지의 최신버전및 이전 두 버전을 지원한다.
놀랍게도 IE11이상이면 IE에서도 작동한다. 역시 자국 소프트웨어를 써주는건 어느나라나 동일한듯.


Accessibility Policy
가능한 모든 사람들이 접근 할 수 있도록 노력을 기울이고 있습니다.


Privacy Policy
NCBI는 님들 정보따위에 관심없으니 걱정마셈


Medical Information and Advice Disclaimer
NLM은 특정 의학 조언을 제공하는 것이 아닌 자신의 건강 및 진단된 장애를 더 잘 이해할 수 있는 정보를 사용자에게 제공하기 위함이니 정확학 임상적인 조언은 진단을 할 수 있는 자격을 갖춘 의사와 상담하길 바란다.


Guidelines for Scripting Calls to NCBI Servers
NCBI 시스템에 부하를 주지마세요. https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov 를 사용하세요.

Velvet과 Oases 설치

Velvet 다운로드

$tar zxf velvet_1.2.03.tgz
$cd velvet_1.2.03
$make

default 설정으로 설치하는 경우 그냥 make하면 되지만..
K-mer값을 큰 값으로 사용하고자 하는 경우나 multi-thread를 사용하고자 하는 경우
옵션값을 조절해줘야 한다.
아니면 make할 때 옵션을 설정해 주어도 가능하다. :)

$vi Makefile
...
MAXKMERLENGTH=99
CATEGORIES=16
...
OPENMP=1
LONGSEQUENCES=1
...


$make 

Oases 다운로드

$tar zxf oases_0.2.06.tgz
$cd oases_0.2.06
$make


Oases 또한 Velvet과 마찬가지로 default 설정으로 설치하고자 하는 경우에는 make를 해주면 되지만, velvet경로도 내부 서버 상황에 맞게 설정 해야 하는 경우 가 있으므로, 다음과 같이 Makefile을 수정 후 make를 하면된다. :)

$vi Makefile
...
MAXKMERLENGTH=99
CATEGORIES=16
...
OPENMP=1
LONGSEQUENCES=1
VELVET_DIR=../velvet_1.2.03
...


$make