Python 설치 순서

1여년만에 업그레이드 기념 OS 재설치 후 필요한 프로그램 재설치 중에 있습니다.
오늘은 제가 주력으로 사용하는 스크립트 언어인 Python 설치 순서에 대해서 정리하는 포스팅을 하겠습니다.
(이 순서는 지극히 개인적인 생각으로 하는 것이오니 순서바뀐다고
 경찰차 출동안합니다. 쇠고랑 안찹니다. :) )

지금 사용하는 OS가 64비트이기 때문에 기존에 호환되는 라이브러리들이 잘 작동하지 않습니다.
특히나 Rpython의 경우 64bit 윈도우에서는 정상적으로 작동 잘 안되는 것같습니다.
-Rpython이 지원하는 R과 pythpn버전이 정확히 일치해야 작동하는 듯 보입니다.

제가 주로사용하는 라이브러리들은 모 정해져 있으니.. :)

- Python 2.6.6 (Python 2.6버전에서 msi파일은 2.6.6이 마지막입니다.)

- Base-x.x.x (Base-12.5.7)

- mxBase-x.x.x (egenix-mx-base-3.2.4)

- numpy-x.x.x (numpy-MKL-1.6.2rc1)

- scipy-x.x.x (scipy-0.10.1)

- Biopython-x.x.x (biopython-1.59)

- distribute-x.x.x (distribute-0.6.26)

- PIL-x.x.x (PIL-1.1.7)

- reportlab-x.x.x (reportlab-2.5)

모.. 요정도??

MEGA5 Usage

오늘은 간단히 MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) 사용법 중

Multi Fasta Sequence가지고 Alignment하고 Phylogenetic tree를 그리는 것에 대해서 

간단히 알아보도록 하자. :)

MEGA 사이트에서 알아서 개인정보를 팔아서 다운로드를 받던지 주위에 이미 받아논

지인에게 달라고 해서 얻기를 바란다. 

일단 설치 후 실행 시키면 다음과 같은 화면을 접할 수 있다.

Alignment하고 싶은 파일을 Open하도록 하자.

위의 [Open A File/Session ...]을 클릭하게 되면 다음과 창이 뜨게되며 알맞은 파일을 선택하면 된다.

알맞은 파일을 선택 한 후 [열기]를 선택하면 다음과 같은 창이 뜨게 되는데 당황하지 말고 걍 [Align] 버튼을 클릭하면된다. :)

[Align]버튼을 클릭하면 다음과 같이 보여지게 된다.

이제 Align을 해보도록 하자. Alignment 프로그램 중에 Clustalw를 사용하도록 하자.

다음과 같은 [Alignment] -> [Align by ClustalW]를 클릭하면 된다.

만약 서열들을 선택해주지 않았다면 다음과 같은 경고창이 보이게 된다. 이때에는 [OK] 버튼을 클릭하면 된다.

이제 ClustalW를 실행시키기 위한 Parameter를 설정하게 되는데 사실 건드릴 일이 그렇게 있을까? 필요하면 기호에 맞게 수정해서 사용하시길...

Protein Weight Matrix만 잘 사용하면 크게 문제가 없을 것으로 보인다.

Parameter설정 후 [OK] 버튼을 클릭하면 다음과 같이 Alignment를 수행하게 된다.

단, 서열이 많을 수록 소요 시간은 기하급수적으로 늘어난다는 점만 주의하시길..

Alignment가 완료되면 다음과 같이 Align된 결과가 보여지게 된다.

MEGA에서는 MEGA만의 저장 format를 지원하는데 Alignment된 결과를 포함하여 저장하기 때문에 naming rule을 잘 정의해서 사용하면 동일한작업을 두번 할 필요가 없게 된다.
아래 그림은 Alignment 결과를 저장하는 MEGA Aln 포맷은 mas로 저장하는 그림이다.

Alignment를 하였다면 대게 Phylogenetic tree까지 그리고자 할 것이다.
그리기 위해서는 mas파일이 아닌 MEGA Format 파일이 필요하다. 이것은 Alignment를 수행 한 창에서 [Data] -> [Export Alignment] -> [MEGA Format]를 클릭하면  MEGA 포맷으로 저장할 수 있다.

드디어 Phylogenetic tree그리는 시간이다. :)
MEGA Main 화면에서 [Analysis] -> [Phylogeny] 선택 후 기호에 맞는, 상황에 맞는 방법을 선택하여 Tree를 생성하면된다. :)

위의 순서대로 Method를 선택 한 후 MEGA format의 파일을 열면 다음과 같은 Parameter 설정 창이 보이게 되된다. 여기서도 본인 분석에 맞게 설정하여 작업하면 트리가 나오게 된다.

그럼,

Good Luck. :)

Python에서 통계 작업하기

통계작업할 때 지금까지는 대부분 엑셀,
조금 데이터양이 많아지거나 고급 통계기법이 필요하면 R을 사용하였다.

근데 아쉽게도 R에서의 문자열 핸들링관련해서 지식이 민망하여
통계처리 중간에 문자열 조작이 필요한 경우 중간에 값을 텍스트로 빼서
파이썬에서 작업하고 다시 R로 가져가는 상당히 귀찮은 작업을 거쳤다.

그래서..
결국 미루다 미루다..

통계작업 중간에 문자열작업이나 다른 수정이 필요업는 단계까지
파이썬에서 작업을 마치는 방법을 터득하기로 했다.

근데.. 이게 파이썬에서 통계작업을 한번도 안해본지라
몇날 몇일 헤매고 있었는데

Scipy(파이썬 설치할때 기본적으로 설치하는 모듈인데... 쓰지는 않고 있었다)에서
통계 함수들을 제공한다니.. ;;;

Scipy Statistical Function

여하튼...
이것때문에.. 어느정도 고민 해결~ ㅎㅎ