Velvet의 무서움...

예전에 Velvet 사용시 input 대비 사용할 만한 메모리를
표시한 포스팅이 있었는데...
input 서열양이 많아지니...
일정 이상에서는.... 그 두배정도가 필요할듯 보이네요..

raw데이터 (멀티 라이브러리) 압축 푼 데이터가 10G정도인데
필터링 하면 10G이하로 줄어들었을텐데...
72G 서버에서 헐떡데는 꼴이라니.... 쩝..

예상보다 시간이 많이 걸려서 왜 그러나 보니깐..
중간에 swap으로 가고 있는 상황이라..

velvet으로 어셈블리할때에는 일단 메모리가 무한한 곳에서... ㅎㅎ


그리고 velvet은 매번 할때마다 데이터 결과가 다르다는... ㅋㅋ
동일 버전에서 K-mer 및 다른 옵션을 동일하게 두번 돌렸을때 결과값이
달라지니 혹시 같은 옵션으로 돌린결과를 확인 할때 통계값이 상이해도
놀라시지 않으셔도 됩니다.

Ubuntu에서 cummeRbund 설치시 주의 사항

Ubuntu에서 RNAseq 분석 후 비주얼라이제이션 관련해서
(저는 사용하고 있습니다. ㅋ) 사용하고 있으신
cummeRbund 패키지를 설치하실라 치면 XML 에러가 생기는 것을 확인 하실 수 있습니다.

XML관련 라이브러리가 Ubuntu에 없어서 그렇다고 하네요.. ㅎㅎ

Ubuntu 10대에서 사용하던 방법인데 13에서도 먹힘니다. :)

참고 사이트 R-help

또한 XML과 함께 RCurl설치시 에러가 생기는 경우도 비슷합니다. :)
다음과 같이 라이브러리를 설치하시면 아름다운 설치 결과를 보실  수 있으십니다. ㅎㅎ

> sudo apt-get install libxml2-dev

> sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

잠시 헤매고 있었는데...
구글에 검색하니.... 해결 방법이 뙁~!!!