간만에 프로그램 설치 기록 하나 남겨 봅니다.
설치할 tool은 Copy Number Variant 탐지에 대명사 중 하나인 CNVKit입니다.
참조할 사이트는 당연히 공식 cnvkit github고요
첫번째 방법은 conda를 이용한 방법!
$ conda config --add channels defaults
(conda를 설치해서 사용하시는 분들은 굳이 defaults는 안하셔도 됩니다.)
$ conda config --add channels conda-forge
$ conda config --add channels bioconda
$ conda install psutil
$ conda create -n cnvkit cnvkit
라고 명령어를 입력하면 엄청 많은 패키지들을 설치하겠다고 나옵니다.
$ source activate cnvkit
(cnvkit)$ python cnvkit.py -h
numpy가 없다고 나와서 다음과 같이 가상 환경 안에서 numpy 설치
(cnvkit)$ conda install numpy
그러나 conda를 이용한 방법은 제대로 작동을 안해서...
$ source deactivate
이유는 꼭 알아야 할까요? 다른 방법으로 설치하면되지요!
그래서 걍 github에서 소스 파일 다운 받아서 pip를 사용하여 설치!!
$ git clone https://github.com/etal/cnvkit
$ cd cnvkit/
$ pip install -e .
$ ~/Python-2.7.12/bin/python cnvkit.py -h
기본 pip를 사용했기 때문에 python-2.7.12에 설치가 되었고, 만약 pip3를 사용하여 설치하였다면... python3을 이용하면 되었을 것으로 예상됩니다.
그래서 오늘은 conda와 pip를 이용한 설치 방법에 대해서 알아보았습니다.
다음에 또 유익한 정보를 가지고 찾아오도록 하겠습니다.
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| 출처: @candyz_hyojung |
