Long Read(aka Nanopore)를 위한 assembler의 설치에 대한 로그로... 모 그렇게 자주 사용 될일이 없을것 같지만.. 그래도..
root권한 또는 sudo권한이 없는 상황을 가정하고 설치하는게...
나중에 편합니다. root권한 있으면 편하지만 나같은 쩌리한테 호기롭게 root권한이나 sudo를 부여할 이유가 있겠습니까? 그냥 없으면 없는대로 사는법도 알고 있어야... :)
canu (https://github.com/marbl/canu/releases)
$ wget https://github.com/marbl/canu/releases/download/v2.0/canu-2.0.Linux-amd64.tar.xz
$ tar -xvf canu-2.0.Linux-amd64.tar.xz
또는
$ git clone https://github.com/marbl/canu.git
$ cd canu/src
$ make -j <number of threads>
wtdbg2 (https://github.com/ruanjue/wtdbg2)
$ git clone https://github.com/ruanjue/wtdbg2
$ cd wtdbg2 && make
Raven (https://github.com/lbcb-sci/raven)
$ git clone --recursive https://github.com/lbcb-sci/raven.git raven
$ cd raven && mkdir build && cd build
$cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release .. && make
$ ./bin/raven
단, raven은 cmakr 3.9이상이 필요합니다. cmake 설치는 아래에 따로..
Racon (https://github.com/lbcb-sci/racon)
$ git clone --recursive https://github.com/lbcb-sci/racon.git racon
$ cd racon
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release ..
$ make
racon의 경우 raven이 아닌 miniasm_and_minipolish.sh 작업시 racon을 찾아 해매서 racon 설치도 진행하였습니다.
flye (https://github.com/fenderglass/Flye)
$ git clone https://github.com/fenderglass/Flye
$ cd Flye
$ python setup.py install --prefix=/path/to/install/
또는
$ python setup.py install --user
※ --user 라는 옵션이 갱장히 편합니다. 대신 나만 됩니다.
cmake (https://cmake.org/)
$ wget https://cmake.org/files/v3.10/cmake-3.10.3.tar.gz
$ /bootstrap --prefix=/path/to/install/
$ make
$ make install
※ prefix를 설정하지 않으면 /usr/bin 모 이런데에 설치 되므로 설치가 제대로 되지 않기 떄문에 prefix를 설정하는것이 정신건강에 이롭습니다. :)
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| 출처: @sana_twice.09 |
