cnvkit 설치 방법

간만에 프로그램 설치 기록 하나 남겨 봅니다.

설치할 tool은 Copy Number Variant 탐지에 대명사 중 하나인 CNVKit입니다.

참조할 사이트는 당연히 공식 cnvkit github고요 

첫번째 방법은 conda를 이용한 방법!

$ conda config --add channels defaults 
(conda를 설치해서 사용하시는 분들은 굳이 defaults는 안하셔도 됩니다.)

$ conda config --add channels conda-forge
$ conda config --add channels bioconda
$ conda install psutil
$ conda create -n cnvkit cnvkit
라고 명령어를 입력하면 엄청 많은 패키지들을 설치하겠다고 나옵니다.

$ source activate cnvkit

(cnvkit)$ python cnvkit.py -h

numpy가 없다고 나와서 다음과 같이 가상 환경 안에서 numpy 설치

(cnvkit)$ conda install numpy

그러나 conda를 이용한 방법은 제대로 작동을 안해서...

$ source deactivate

이유는 꼭 알아야 할까요? 다른 방법으로 설치하면되지요!

그래서 걍 github에서 소스 파일 다운 받아서 pip를 사용하여 설치!!

$ git clone https://github.com/etal/cnvkit

$ cd cnvkit/

$ pip install -e .

$ ~/Python-2.7.12/bin/python cnvkit.py -h

기본 pip를 사용했기 때문에 python-2.7.12에 설치가 되었고, 만약 pip3를 사용하여 설치하였다면... python3을 이용하면 되었을 것으로 예상됩니다.

그래서 오늘은 conda와 pip를 이용한 설치 방법에 대해서 알아보았습니다.

다음에 또 유익한 정보를 가지고 찾아오도록 하겠습니다.

출처: @candyz_hyojung

Mac OS에 Redmine 설치하기

오늘은 레드마인 설치기를....

처음에는 맥북에서 Bitnami가 제공하는 redmine을 사용하여 일감정리를 하고 있었는데 우리 Big Sur가 중간에 업데이트를 하면서 Bitnami redmine stack이 먹통이 되면서(중간 일감도 덤으로 요단강을 건넜다는...) 

결국 꼼수쓰지 않고 손수 설치를 강행했다는...

근데 워낙에 잘 정리된 문서가 있어서 생각보다 어렵지는 않았음

중간에 문제가 있을만한 것은 대부분

xcode-select --install

로 해결되는 문제였고

위의 정리된 문서나 블로그 한번 탐독 후 설치 진행하면 에러없이 잘 사용 할수 있다는 사실

마지막에 redmine 실행 시킬때는

bundle exec rails server webrick -e production -b 0.0.0.0

이렇게 하면 같은 네트웍대에 있는 사용자들은 내 레드마인에 접근 가능하다는..

현재 맥북 환경은 Big Sur (11.5.2, 한영키잘먹히는 개선 버전)으로 전혀 문제 없이 레드마인을 운영하고 있다는...

대신 다른 문서를 복붙할때 이모티콘이 있는 경우 저장이 안되는 문제가 있는데 이건 아마 redmine만의 문제가 아니라 mysql의 utf8사용시 utf8mb4을 사용하면 문제가 해결 된다는 얘기가 있는데.. 아직 안해봐서..... 어차피 일감 정리할때 이모티콘은 안쓰니...

출처: @candyz_hyojung

qiime2 설치편

지난번 qiime2 파헤치기에 이어
이번에는 설치편!!
WSL을 이용하여 우분투 18.04 LTS에 설치하는것처럼 흉내를 내보겠습니다.

윈도우 10에서 WSL을 활성화시키고 Ubuntu를 설치하면 되겠습니다.
자세한 내용은 >여기< 를 참고해주시면 될것 같습니다.
(저도 이분의 블로그를 보고 WSL 셋팅하고 ubuntu 설치했습니다. :) )

위에서 우분투 설치후 apt-get update와 build-essential같은 패키지 설치해 주시면 다음 작업에 크게 문제가 생길일은 없으니 설치하라고 하시는거 다 설치해주시면됩니다만 생정보도구중에 특이하게 요구하는 패키지를 사용하는 프로그램 쓰시는 분이라면 알아서 하실만하리라고 봅니다. :)

여튼 ubuntu 업데이트까지 되고 나면

qiime2를 설치하기 위해 conda를 설치하시면됩니다.

conda는 miniconda2를 사용하였고 자세한 설치 화면은
>여기< 를 참고하시면되겠습니다.

$wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh
$sh Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh

miniconda2를 설치한 이후에는 qiime2의 설치 안내 페이지에 나와 있는대로
진행해주시면됩니다. 자세한 내용은 >여기< 에 나와있습니다.

$conda update conda
$conda install wget
$wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2019.10-py36-linux-conda.yml
$conda env create -n qiime2-2019.10 --file qiime2-2019.10-py36-linux-conda.yml

conda에 설치된 qiime2를 사용하려면 qiime2가 설치된 conda환경인 qiime2-2019.10을 활성화 시켜주면됩니다.

$conda activate qiime2-2019.10

활성화된 환경을 비활성화 하려면 다음과 같이..

$conda deactivate

일단 설치는 했습니다.

다음에 사용해보아요~ :) 제발~

출처: @sana_twice.09

CentOS에서 genewise 설치하기

지난번에 genewise 설치 관련 포스팅은
사용하지 않는 함수를 바꿔주는것으로 해결을 봤는데..

이번에는 잘 설치 되어있는 라이브러리 헤더파일을 못잡아서
컴파일이 제대로 되지 않는 문제가 발생하였는데.. ㅋㅋ

이것 역시 솔루션이 ㅎㅎ

해결책은 9 x 6 에..

makefile에 있는 옵션 중 glib 옵션을 명확하게 바꿔줘서 해결한다는... ㅎㅎ

find ./ -type f -name "makefile" -exec sed -i.old 's/glib-config --libs/pkg-config --libs glib-2.0/g' "{}" +;
find ./ -type f -name "makefile" -exec sed -i.old 's/glib-config --cflags/pkg-config --cflags glib-2.0/g' "{}" +;

여하튼 해결되서 다행 ~ ㅎㅎ :)

ABI 3730 DNa Analyzer Data Collection 설치기

일단 구글링, 네이버에서는 ABI 3730 분석용 프로그램 설치에 대한
내용이 전혀 (물론 설치에 관련된 ABI에서 배포한 메뉴얼은 있지만) 없었고,
AS를 요청하였는데 상당시간 기간이 소요하기에 극단적인 방법을 채택하였습니다.

고객이 직접 분석 프로그램 설치 및 켈리브레이션 후 사용하기

여하튼.. 한번이라도 심심풀이로 ABI 메뉴얼대로 일반 컴퓨터에
위의 DNA Analyzer Data Collection을 설치 해보신 분이라면
만만치 않은 프로그램이란 것을 확인하셨을 것입니다.
오라클에 JBOSS, IIS,. ABI에서 제작한 온갖 자바 패키지들까지...

일단 네단계로 이루어집니다.
Step 1. PC 준비
Step 2. 설치 환경 준비
Step 3. Data Collection 설치
Step 4. ABI 3730과 통신 확인

Step 1. 분석용 PC 준비
※ 그렇다고 메뉴얼은 폼으로있는것은 아닙니다. 메뉴얼 숙지가 우선입니다.
ABI 3730 DNa Analyzer Data Collection (이하 Data Collection)을 설치하기 위해선
WinXP sp2 영문판이 있어야 합니다. 그리고 기본적으로 설치하는 백신도
설치 하지 마시기 바랍니다. 백그라운드로 작동하는 백신 프로그램으로 정상적으로
설치가 잘 안될 수 도 있습니다. 후에도 아직 설치하지 않고 있습니다.

중요한 부분이 하드의 파티션이 C,D,E,F는 무조건 하드 드라이브쪽에 잡혀있어야 합니다. 그리고 CD 드라이브는 G, 그외에는 별도로 요구하지 않습니다.
이 이유는 C(OS), E는 Data Collection 구동에 필요한 프로그램이 설치되고,
D와 F 드라이브에는 데이터들이 저장(D,F중 하나는 백업용)되기 때문입니다.
-이런 이유로 최조 ABI 3730과 같이 공급되는 컴퓨터에는 하드가 최소 두개 장착되어 제공됩니다. 추후에 관련 pdf를 첨부하도록 하겠습니다.
하지만 눈치 채셨다시피 논리적 하드만 잘 확인하시면 됩니다.물리적인 하드가 두개, 네개일 필요는 없습니다.

Step 2. 설치 환경 준비
일단 WinXP sp2 영문판이 설치되어서 사용자 계정, 혹은 Administrator로 로그인 하셨다면 기본적으로 하는 각종 M/B 드라이버를 설치하시고 안정화를 시키시기 바랍니다. 그리고, Python 2.2와 win32com 이라는 Python 라이브러리가 있습니다. 설치하시기 바랍니다. 그리고 일반 사용자 (Administrator이 아닌 관리자권한의 다른 계정) 계정의 암호는 걸어두었습니다. 이는 Data Collection 설치시 Administrator 계정에 접근하여 설치하기 위한 방법의 일환으로 하는 작업입니다.
그리고 스크린 세이버(사용안함) 및 모니터 절전 기능(프리젠테이션 사용)으로 모두 사용 안함으로 설정하고, 컴퓨터 이름을 메뉴얼에 나오있는데로 수정하시기 바랍니다.
-다만 파이썬의 존재 여부가 필수적인지는 모르겠습니다만, 초기 공급된 PC의 OS 하드에서 Python2.2 폴더가 존재하는 것으로 확인되어서 일단 설치했었습니다.

Step 3. Data Collection 설치
ABI 3730과 함께 제공된 Data Collection 설치 CD를 삽입하여 패키지 설치를
합니다. 설치시 두가지만 주위하시면 됩니다. 설치 초기에 나오는 시리얼 코드 입력란에 입력을 하는데 그 박스에는 시리얼 코드외에 이미 내용이 적혀있는 칸이 있습니다. 바로 컴퓨터 이름입니다. 대신 저는 그대로(대문자) 다시 기록하되 소문자로 바꾸어 주었습니다. 컴퓨터 이름을 다시 확인하시면 소문자로 되어 있을 것입니다.
- 단지 그 이유..설치에 영향을 주는지는 모르겠습니다.
그리고  Next 버튼으로 설치를 진행합니다. (실상은 파일 복사입니다.)
그리고 아마 IIS를 설치하기 위해 XP시디를 요구할 것입니다. 이 작업 이후
재부팅을 하겠느냐는 친절한 질문을 해오면 과감하게 내가 이따가 부팅하겠다고
선택하십시요. 그리고 XP 시디는 CD롬에서 제거하고, 다시 Data Collection 설치
시디를 삽입하시고 재부팅 시키십시요.
-또 인스톨 프로그램이 작동할시 그냥 취소하시면 됩니다.

재부팅 후 설치를 위해서는 로그인이 필요합니다. 3730User은 Data Collection이
생성한 계정이므로 접근하지 마시기 바랍니다. 작업하는 동안 Administrator이 아닌 일반 관리자 권한 계정으로 작업을 해보진 못했지만 크게 문제는 없을 것 같습니다.
일단 로그인 화면에서 [Ctrl]+[Alt]+[Del] 키를 두번 누르면 Administrator 접속 가능한
창이 나옵니다. 거기서 로그인을 하게 되면 Data Collection이 설치를 시작합니다.
이때 어떠한 에러도 떠서는 안됩니다. 만약 자바 패키지 관련 에러가 발생한다면...
Step 1. 부터 다시.... ^^
제 경우 JBOSS 설치시 에러가 작렬하더군요....
JBOSS와 ABI측에서 개발한 패키지의 경우 발생하는듯 했습니다.
위의 설치과정이 에러없이 정상적으로 설치되었다면 이제 어려운 과정은 끝났습니다.

Step 4. ABI 3730과 통신 확인
분석 컴퓨터의 아이피를 메뉴얼에 나와있는데로 설정해주고, 랜선을 ABI 3730을 분석 컴퓨터와 연결하고 Data Collection 프로그램을 실행 시킵니다.
프로그램을 실행 싴키면 4개의 서비스가 빨간 원에서 초록색 사각형으로 변하면
모든것이 정상적으로 완료된것입니다.
만약 각 서비스마다 어떤 패키지를 로드하는지, 에러가 발생하는지 안하는지 확인하고 싶으시다면 {빨간원|노란색 삼각형|초록색 사각형} 중에 하나 일때 마우스 오른쪽 클릭을 하고 [Show Console] 이라는 것을 클릭하면 내용을 확인할 수 있습니다.