cnvkit 설치 방법

간만에 프로그램 설치 기록 하나 남겨 봅니다.

설치할 tool은 Copy Number Variant 탐지에 대명사 중 하나인 CNVKit입니다.

참조할 사이트는 당연히 공식 cnvkit github고요 

첫번째 방법은 conda를 이용한 방법!

$ conda config --add channels defaults 
(conda를 설치해서 사용하시는 분들은 굳이 defaults는 안하셔도 됩니다.)

$ conda config --add channels conda-forge
$ conda config --add channels bioconda
$ conda install psutil
$ conda create -n cnvkit cnvkit
라고 명령어를 입력하면 엄청 많은 패키지들을 설치하겠다고 나옵니다.

$ source activate cnvkit

(cnvkit)$ python cnvkit.py -h

numpy가 없다고 나와서 다음과 같이 가상 환경 안에서 numpy 설치

(cnvkit)$ conda install numpy

그러나 conda를 이용한 방법은 제대로 작동을 안해서...

$ source deactivate

이유는 꼭 알아야 할까요? 다른 방법으로 설치하면되지요!

그래서 걍 github에서 소스 파일 다운 받아서 pip를 사용하여 설치!!

$ git clone https://github.com/etal/cnvkit

$ cd cnvkit/

$ pip install -e .

$ ~/Python-2.7.12/bin/python cnvkit.py -h

기본 pip를 사용했기 때문에 python-2.7.12에 설치가 되었고, 만약 pip3를 사용하여 설치하였다면... python3을 이용하면 되었을 것으로 예상됩니다.

그래서 오늘은 conda와 pip를 이용한 설치 방법에 대해서 알아보았습니다.

다음에 또 유익한 정보를 가지고 찾아오도록 하겠습니다.

출처: @candyz_hyojung

qiime2 -시작하기1-

qiime을 한번 실행시켜 봤습니다.

저는 완벽한 ubuntu 시스템이 아닌 윈도우에서 지원하는 linux subsystem에서 ubuntu 18.04 LTS를 설치해서 사용하고 있습니다.

그래서 약간 이글을 보시는 분들과 환경이 다소 차이가 날 수 있는걸 감안하시고 봐주시기 바랍니다. :)
-근데 지금까지 크게 차이 안나는거 같습니다. ㅎㅎ 소스 컴파일을 빡시게 해봐야 좀 차이가 나는걸 느낄수도...

WSL의 ubuntu를 시작하면 걍 shell창이 뜹니다.

그러면 qiime2를 원할하게 사용하기 위해서
conda env를 활성화 시켜보겠습니다. (물론 꼭 conda를 활성화해서 안해도 사용 가능핧!!..)

$conda activate qiime2-2019.10
하면 다음과 같이 conda env환경이 활성화 됩니다.
(qiime2-2019.10)$

다음과 같이 qiime 명령어를 실행시켜주면
(qiime2-2019.10)$qiime






















사용가능한 명령어들을 표시됩니다.
사용 방법은 모 알고 있다 싶이 qiime뒤에 명령어 입력해서 엔터치시면
(qiime2-2019.10)$qiime [command]

또 각 명령어에서 사용 가능한 sub command들을 볼 수 있습니다.

이제 qiime2를 본격적으로 사용하시기 전에 qiime glossary를 잘 일독하시고 사용하시면되겠습니다.

튜토리얼 페이지 상단에 이렇게 적혀있습니다.
Abandon all hope, ye who enter. If you have not read the glossary.
(신곡을... ㅋㅋ 센스가..) 꼭 읽으십시요!!

여튼.. 저는 glossary없이 qiime2를 접했을 때 첫 관문이 artifact, artifact를 이런 의미로  사용할 줄이야.. artifact는 원래 제거 대상아니었나요 Orz

qiime1으로 파이프라인 셋업해본 분이시라면 이건 모 신세계 아니겠습니까!!
일목요연한 명령어 리스트를 명령어 하나로 볼 수 있다니.. 아놔

그럼 다음에 또 명령어 몇개 실행해보고 다시 와보겠습니다. :)

출처: @sana_twice.09

※ 짧게라도 정리해서 일주일에 한개는 포스팅 할 줄 알았는데 이거 모 보름에 하나 겨우겨우 하네요.. ㅋ 정신을 가다듬을 정신이 없어서... 일단 되는대로 한번 업데이트 하는걸로...