Lee Gir-Won (Lee Gil-Won): 11월 2016

수요일, 11월 30, 2016

MrBayes 설치

MCMC방법으로 Phylogeny Tree를 그려주는 MrBayes!!
~~(컴파일해서 나오는 실행 파일명이 그닥 맘에 들지 않는 tool중 하나 ㅋㅋ)~~

자세한건 물어보시지 마시고 요기서는 설치만!
(그렇다고 다음에는 자세한거 말씀드리지는 않는다능)

자 설치를 위해서는 요기에서 말하는 Library는 미리미리 설치하면 암에 안 걸리니 먼저 잘 설치해주시기 바랍니다.

CentOS

yum install make,automake,gcc,gcc-c++,kernel-devel,git,autoconf,automake,libtool,subversion,pkgconfig,java-1.6.0-openjdk-devel,openmpi,openmpi-devel

CentOS에서 Autoconf 버전으로 인해 문제가 발생했을 때는 그냥 컴파일 하세요. :)

$ wget http://ftp.gnu.org/gnu/autoconf/autoconf-2.69.tar.gz
$ tar xvfvz autoconf-2.69.tar.gz
$ cd autoconf-2.69
$ ./configure
$ make
$ sudo make install

Ubuntu

apt-get install build-essential,autoconf,automake,libtool,subversion,pkg-config,openjdk-6-jdk,git, openmpi-bin,openmpi-doc,libopenmpi-dev

그리고 추가적으로 beagle를 설치하셔야 할겁니다.

Beagle 설치방법은 요기를 참고하시고 대략 밑에처럼 하시면 됩니다.

git clone --depth=1 https://github.com/beagle-dev/beagle-lib.git
cd beagle-lib
./autogen.sh
./configure --prefix=$HOME
make install

마지막으로
MrBayes 소스파일을 다운로드 받으시고 설치해 주시면 되겠습니다.

$ autoconf
$ ./configure --prefix=/install/to/path --enable-mpi=yes
혹은
$ ./configure --prefix=/install/to/path --enable-mpi=yes --with-beagle=/install/to/path
$ make

화요일, 11월 29, 2016

QIIME2

QIIME2 출시(된지는 한달여정도... 지났지만..)

설치만 해두려고 qiime2 설치하다가 환경 설정이 꼬였는지
쓰고있던 qiime 1이 작동안해서 멘붕이 왔다는건 비밀;;; 빼고는
아직까지는 호감인 녀석!

여튼 이번 qiime2 출시하면서 변화를 준게 완전히 qiime 플랫폼을 만든듯..
통상적으로 사용하였던 파일 포맷이 아닌 아예 새롭게
qza/qzv를 만들어서 사용한다는... 음..
qiime2를 설치하지않은 사용자들을 위한 qza/qzv view사이트까지
(모하자는거지... 유료화로 바꿀건가)

그리고 CLI기반이 아닌 q2studio라는 GUI 인터페이스를 제공한다는
기쁜소식!! (인지 아닌지는 까봐야..)
GUI는 자동화하기 귀찮은데... 제길..

qiime1보다 report가 얼마나 세련되졌는 확인할 필요가 있고
그에 따라 유료화를 점쳐볼수도...
그러므로 나는 일단 소스 다운로드;;;;