Ensembl Other Metazoa gtf Summary

Metazoa 중 기타등등

Name (Ensembl)	Total Gene	Exon / Gene	Total Transcript	Exon (bp)			Intron (bp)			CDS (bp)
				Max	Median	Min	Max	Median	Min	Max	Median	Min
Aedes aegypti AaegL1	17356	3.71877	18769	13140	230	1	329294	166	1	33984	1050	78
Amphimedon queenslandica Aqu1	30289	5.67803	30289	45177	125	1	50310	84	0	47673	837	16
Anopheles gambiae AgamP3	13465	4.08734	15322	14035	237	1	249417	96	1	47532	1188	75
Apis mellifera Amel 2 0	10736	6.42632	11058	13210	180	1	734966	127	1	53646	1203	21
Atta cephalotes Attacep1 0	18062	4.64179	18093	11406	170	3	402844	210	1	24183	648	3
Bombyx mori Bmor1	14623	5.44245	14623	53798	159	1	9993	720	12	56286	864	86
Caenorhabditis briggsae CB4	22922	5.34233	22947	17127	151	1	82249	65	1	40740	927	12
Caenorhabditis elegans WBcel215	45836	3.41548	56569	14975	144	1	100913	79	1	55686	1038	39
Culex quinquefasciatus CpipJ1	22985	3.27309	23049	12993	188	1	95576	121	1	27324	1017	87
Danaus plexippus DanPle 1 0	16260	5.88678	16260	31119	152	2	156604	287	10	56718	870	42
Daphnia pulex Dappu1	36274	4.14269	36274	12783	150	1	48487	77	0	23328	699	147
Drosophila ananassae dana caf1	15978	3.58174	16061	13661	216	2	1034096	67	1	26715	1081.5	99
Drosophila erecta dere caf1	15810	3.58836	15902	13790	214	1	1121756	73	1	26610	1068	63
Drosophila grimshawi dgri caf1	15585	3.64921	15677	13188	217	1	216011	84	1	26532	1086	114
Drosophila melanogaster BDGP5	15682	4.06281	29173	28074	282	1	141627	109	2	68847	1401	33
Drosophila mojavensis dmoj caf1	15179	3.64089	15258	14595	217	2	245033	75	1	26778	1101	102
Drosophila persimilis dper caf1	17573	3.36966	17658	9522	214	1	160788	71	1	24360	939	69
Drosophila pseudoobscura HGSC2	16768	3.48754	18100	16920	222	2	168194	71	1	55446	1104	33
Drosophila sechellia dsec caf1	17273	3.4063	17362	11004	212	1	173070	73	1	43653	951	24
Drosophila virilis dvir caf1	15343	3.62582	15424	23577	216	1	535952	73	1	40497	1113	90
Drosophila willistoni dwil caf1	16385	3.48911	16469	21318	219	2	682464	73	1	27621	1059	87
Drosophila yakuba dyak r1 3 FB2008 07	16891	3.52034	16983	13188	213	2	161037	74	1	26790	1023	36
Heliconius melpomene Hmel1	16203	5.79658	16363	30639	157	2	188384	428	0	46440	993	42
Ixodes scapularis IscaW1	24925	3.77083	24925	7779	141	1	177576	1608	15	13764	591	95
Nematostella vectensis ASM20922v1	27270	5.25966	27270	12085	126	1	48615	441	0	26235	750	147
Pediculus humanus PhumU1	10990	6.32402	10992	14871	178	2	52922	95	8	32199	1131	135
Schistosoma mansoni sma v3 1	14651	5.09406	16054	79759	170	3	67221	1579	1	22980	873	60
Strongylocentrotus purpuratus Spur2 5	28549	6.54275	28549	63039	145	2	574472	742	0	29134	1061	15
Tribolium castaneum Tcas3	16541	4.34194	16543	26331	198	1	310600	60	1	63351	993	45
Trichinella spiralis Tspiralis1	15461	5.49376	15461	10056	129	1	8636	87	10	37257	588	5
Trichoplax adhaerens ASM15027v1	11627	8.35504	11627	18339	105	2	48786	139	11	23130	1035	147

Ensembl Fungi gtf Summary

Ensembl에서 제공하는 Fungi의 gtf 정보를 사용하여 Summary 해보았습니다.

2주전부터 올릴려고 하고 있었는데 bug 및 계산 착오로 인해서 몇번 수정하느라 늦었습니다. 조만간 업데이트 할 예정입니다. :)

Name (Ensembl)	Total Gene	Exon / Gene	Total Transcript	Exon (bp)			Intron (bp)			CDS (bp)
				Max	Median	Min	Max	Median	Min	Max	Median	Min
Ashbya gossypii (ASM9102v1)	5189	1.053	5189	14700	1098	1	666	61	1	14697	1215.0	75
Aspergillus clavatus (CADRE)	9452	3.001	9452	14778	250	2	2397	63	7	24606	1239.0	126
Aspergillus flavus (JCVI-afl1-v2.0)	13875	2.776	13875	14742	258	3	8254	62	8	23289	1056.0	147
Aspergillus fumigatusa1163 (CADRE)	10160	2.886	10160	14778	267	2	2678	61	8	24780	1218.0	63
Aspergillus fumigatus (CADRE)	9898	2.887	9898	25548	272	2	3092	60	1	25545	1245.0	63
Aspergillus nidulans (ASM14920v1)	10827	3.299	10827	18015	245	1	3570	61	1	21642	1236.0	27
Aspergillus niger (CADRE)	14445	3.523	14445	13734	175	1	2702	69	1	21105	1086.0	30
Aspergillus oryzae (CADRE2)	12388	2.885	12388	14742	248	2	2753	62	1	20655	1114.5	300
Aspergillus terreus (CADRE)	10601	3.142	10601	13746	258	1	1425575	59	14	17526	1260.0	147
Botryotinia fuckeliana (BotFuc Aug2005)	16727	2.604	16727	12278	189	1	7371	75	22	20424	744.0	87
Fusarium oxysporum (FO2)	18066	2.670	18066	13941	286	1	2370	59	4	22593	1014.0	3
Gaeumannomyces graminis (Gae graminis V2)	14771	2.649	14963	16454	364	1	9098	88	4	19899	1041.0	96
Gibberella moniliformis (ASM14955v1)	14602	2.730	14621	22425	300	1	989	58	22	22647	1056.0	84
Gibberella zeae (ASM24013v2)	13696	2.767	13697	29066	280	1	975	56	1	33591	1098.0	87
Glomerella graminicola (GCA 000149035.1)	12436	2.685	12436	26808	276	1	2183	64	10	26805	1158.0	93
Komagataella pastoris (GCA 000027005.1)	5228	1.111	5228	14853	1053	2	903	63	10	14850	1188.0	135
Leptosphaeria maculans (ASM23037v1)	12765	2.781	12765	20704	215	3	5775	64	40	29229	999.0	99
Magnaporthe oryzae (MG8)	13218	2.726	13382	18290	361	3	2120	89	5	19623	1083.0	102
Magnaporthe poae (Mag poae ATCC 64411 V1)	12389	2.720	12555	14426	407	2	2101	88	21	18789	1005.0	93
Melampsora laricipopulina (GCA 000204055.1)	16828	4.739	16828	16603	150	1	35273	80	10	15816	900.0	102
Nectria haematococca (v2.0)	16092	3.031	16092	22950	281	1	8864	55	11	22947	1233.0	147
Neosartorya fischeri (CADRE)	10805	2.912	10805	14781	261	2	1506	59	8	18807	1221.0	90
Neurospora crassa (ASM18292v1)	10413	2.644	10432	15030	260	1	1274	85	32	32460	1212.0	87
Phaeosphaeria nodorum (ASM14691v1)	12678	2.626	12678	18212	295	1	1744	56	14	21135	1044.0	63
Puccinia graminis (ASM14992v1)	16481	4.293	16660	5473	176	1	1700	86	21	15642	924.0	87
Puccinia triticina (ASM15152v1)	13330	3.859	13330	8664	168	1	3818	83	15	14283	912.0	147
Pyrenophora teres (GCA 000166005.1)	11958	2.484	11958	9963	310	5	5050	54	21	29457	1143.0	150
Pyrenophora triticirepentis (GCA 000149985.1)	12387	2.638	12387	14088	303	3	2108	57	23	29079	1107.0	117
Saccharomyces cerevisiae (SacCer Apr2011)	7126	1.060	7126	14733	951	1	2483	100	1	14730	1075.5	48
Schizosaccharomyces pombe (ASM294v1)	7018	1.764	7019	14362	565	2	2526	56	1	14772	1134.0	72
Sclerotinia sclerotiorum (ASM14694v1)	10413	2.756	10413	17212	183	1	1494	79	24	20313	819.0	84
Sporisorium reilianum (GCA 000230245.1)	6803	1.452	6803	15883	843	1	2252	87	1	16272	1473.0	75
Trichoderma virens (ASM17099v1)	12698	2.865	12704	61919	297	2	9208	68	10	62673	1140.0	132
Tuber melanosporum (ASM15164v1)	7727	3.786	7727	25158	272.5	6	31660	63	9	28635	1077.0	30
Ustilago maydis (UM1)	6690	1.732	6690	16296	549	1	1122	95	19	16293	1503.0	60
Zymoseptoria tritici (MG2)	11075	2.591	11075	12888	298	2	42135	62	11	13839	1068.0	147

ALTER 문법을 이용한 character set

Posted at 2008/08/25

Database 변환
alter database database_name default character set euckr collate euckr_korean_ci


Table 변환
alter table table_name default character set euckr collate euckr_korean_ci

FASTX Tool Kit에서 phred33 사용하기

FAST{A/Q} 파일을 조작(그 조작말고요 고갱님~ ㅎㅎ)을
보다 수월하게 하는 명령어들을 모아놓은 아주 좋은 패키지 입니다.
(사실 전 몇개 안쓰지만요;;; 잇힝~ )

그러나 지금은 이 툴보다 좋은 프로그램들이 많이나와 있는 상태인데..

그래도 끄적 끄적... ㅎㅎ
혹시 다른 페이지들이 폐쇄되는걸 대비해서
백업용으로.....

fasta tool에서 fastx_quality_stats를 사용할 때 quality score관련한 error 메세지를 볼 수 있는데 이것은 fasta tool kit이 phred기준 +64를 좋아해서 그런다는...

그래서 fastx_quality_stats -i input.fastq -N -Q 33 -o quality.txt

이렇게 하면 된다고 이곳에 나와 있었습니다.

출처: shengliblog

NGSQCToolkit 사용기

아.... 이제서야
지난번에 언급했던
NGS QC Toolkit을 사용해 봤습니다. :)

라이브러리와 perl 모듈을 잘 설치해주면
큰 문제없이 잘 돌아가는것을 확인했고
multi-thread로 실행하는 경우 음.. 빠르더라구요 ㅎㅎ
시간 체크는 못해봤는데...
지금 시간체크 하면서 돌리는게 있으니
정리해서 올리도록 하겠습니다. :)

1. 들어가기전
일단 시스템에 gd관련 라이브러리가 있는지 확인하시고
gd와 libgd-graph 등등 관련 라이브러리를 설치해주시기 바랍니다.
그리고 perl 모듈들이 모두 설치되어 있는지 확인해서 안되어 있다면
설치해주시면 되겠습니다.
gd라이브러리가 없으면 펄의 GD::Graph 설치할때 설치가 안되더군요;;
에러가 나서 몬가 하고 있었는데.. ㅎㅎ 여하튼...
모 이런저런 라이브러리와 모듈을 확인하시고 잘 설치하면
사용하는데 문제 없습니다. :)

2. 사용하기
NGQQCToolkit에는 크게 4가지의 서브 카테고리로 구분되어져 있더군요
1) 포맷 변경
2) QC
3) 자료 통계
4) Trimming

2.1 Format Convert
Fastq -> {454 | Fasta}: Fastq를 454(Fastq,Qual), Fasta 포맷으로 변환

{SangerFastq | SolexaFastq} -> IlluFastq: Sanger와 Solexa의 qual를 Illumina의 통일된 qual score range로 변환 (다만, 1.5+ 로 하는지 1.8+ 로 하는지는 확인 못했습니다.)


2.2 QC
454{QC|QC_PE|QC_PRLL}: 454 데이터를 input으로 하는 QC tools
Illumina와 다르게 QC_PE가 있는건 454의 경우 paired-end로 sequencing 하는 경우는 좀 특별해서 구분해둔듯.. :) (단, input은 SFF 포맷이 아닌 서열 파일과 Quality score파일로 구분해서 입력해야 사용가능하다.)

Ill{QC|QC_PRLL}: 일루미나 read를 처리하는 tools, 454와는 다르게 single-end와 paired-end를 따로 구분하지 않고 -se, -pe 옵션으로 처리하도록 만들어놨다는 점~ :)

PRLL 접미사는 병렬처리를 지원하는 스크립트입니다.
PRLL tools에서는 -c를 사용해서 multi-core를 사용하는데에 반해
일반 tools는 -p 옵션을  사용해도 multi-core를 사용하지 않는 점이 있었습니다.


2.3 Statistics
AvgQuality.pl: quality score 파일을 입력받아 점수를 계산하는 tool
N50Stat.pl: fasta파일을 input으로 받아 N50을 계산하는 tool

2.4 Trimming
AmbiguityFiltering.pl:
HomopolymerTrimming.pl:
TrimmingReads.pl:

결과로 제공되는 figure도 나름 괜찮습니다. :)
속도도 multi-core를 사용하던 안하던 만족할만한 수준이었습니다.
(제가 in-House로 제작한 script가 느린것도 있겠지만요.. ㅎㅎ )


자세한 사용법은 저보다 영어 못하시는 분은 없을테니 메뉴얼 보세요~ ㅎㅎ

>>메뉴얼보러가기<<


추가정보
paired-end fastq raw파일로 3-4g정도의 파일을 single cpu로 처리하는데
2시간에서 2시간 반내외정도로 확인되었습니다. :)