GWAS Catalog를 간편하게 사용해보자

오늘은 GWAS Catalog 관련된 작업을 진행해보았습니다.

이 작업 전에 시도해본 것은 

- GWAS의 공식 API >링크<

- pandasgwas >링크<

GWAS의 공식 API와 pandasgwas를 테스트 해보고 생각보다 쉽지 않아서 그냥 간단한 방법으로 작업을 진행할 수 있도록.... 하였습니다. ㅋ

우선 하려고 했던 작업은 GWAS 카달로그의 결과는 rs id 기준으로 정리가 되어야지 활용하기 편한것 같아서 유전자를 검색하던, 질병/특징(trait)를 검색하던 결과는 rs 로 결과가 나오게끔 하려고 했습니다.

물론 제가 직접 짤 필요가 있겠습니까? ㅎㅎ 

GWAS API 자료와 pandasgwas 자료를 LLM에 올리고 

자! 리슨! 나는 유전자로 검색하던지 질병/특징(trait)로 검색하던지, rs id로 검색하던지 이런 이런 정보(컬럼들)를 가지고 있는 rs 결과를 엑셀로 저장하는 스크립트를 작성하려고 해! 

나를 위해 파이썬3로 스크립트를 작성해 줄 수 있겠니?

그랬더니 그래도 그럴듯 하게 작성들은 하였는데

역시나 죄다 작동하지 않는 것이었습니다.

그래서 몇일 찬찬히 이것저것 테스트해보았는데 유전자, 질병/특징, rs_id로 검색을 해서는 제가 원하는 이런 저런 컬럼을 가지는 결과를 생성해주는 것이 조금 어려워 보였습니다.

그래서 하는 수 없이 GWAS catalog FTP에서 다운로드 받을 수 있는 파일로 간편하게(?) 작업할 수 있는 스크립트를 작성해달라고했죠;; 

모 좀 간지있게 작업되는 방법은 아니지만...

제가 원하는 작업을 정확하게 처리해주니 더 좋은 방법이지 않나 싶네요 ㅎㅎ

필요에 따라 매달 한번씩 업데이트 해줘야해서 좀 귀찮기는 한데....

GWAS github:  >여기<

출처: @ye._.vely618