HLA를 빠르고 정확하게 할 수 없을까

그래서 나노포어가 준비했습니다.

절대적으로 빠른 건지, 정확도의 수준은 정확히 모르겠으나 일단 샘플당 $80되겠습니다.
물론 이게 재료비값인지 소비자가인지는.....
아마 본인들이 했을때 가격인듯.... (일반 소비자가 이 가격에 가능할지는 모르겠네요)

Rapid, highly accurate and cost-effective open-source simultaneous complete HLA typing and phasing of class I and II alleles using nanopore sequencing

그럼 HLA(Human leukocyte antigen)검사는 무엇이냐? 쉽게 얘기하면 장기이식할때 장기이식할수 있는지 여부를 확인하는 검사되겠습니다. 이 HLA가 내거와 내거 아닌거를 구분하게 해주는 녀석되겠습니다. 

면역학 책 들춰보시면... 책을 덮습니다.

일반적으로 HLA는 A,B,C인 Class I, DRA1, DRB1/3/4/5, DQA1, DQB1, DPA1, DPB1인 Class II인데 우리나라는 A,B,C를 포함해서 일부만 본다고 합니다. 

여튼 나노포어는 긴 길이로 시퀀싱하는 장점과 빠른 시퀀싱속도를 바탕으로 시퀀싱 시간은 8시간내 (물론 라이브러리 제작시간은... 따로 좀 봐야할것 같습니다.) 분석은 샘플당 30분(근데 사용한 서버 수준이... 32core 256g 메모리 서버)소요 됐다고하는데...

1 샘플(aka 1검체)의 경우 나노포어 한개 사용해서 기존 일루미나나 써모 플랫폼보다 빠르고 싸게 결과를 도출할 수 있도록 해준다는데...

영어의 짧음인지...  가끔 나노포어가 더 안좋아 보이게 설명하는거 같기도합니다. 

결론은 나노포어가 더 길게 시퀀싱하기 떄문에 복잡한 HLA에서 더 정확하게 구별할 수 있고,
기존에 short 시퀀싱에 적합한 pcr primer말고 long range PCR에 적합하게 프라이머를 변경해서 진행하면 HLA의 복잡한 부분들을 더 잘 잡아낼 수 있을것이라고 털고있습니다.

여튼 개인적으로 기존 short 시퀀서 플랫폼 보다는 나노포어가 HLA에서는 좀더 나은 성능을 보여주지 않을까합니다. HLA의 복잡도 때문에 나노포어의 장점을 활용할 수 있는 PCR 프라이머로 재 디자인해서 진행하면 시퀀싱 시간/분석 시간/정확도에서 가장 적합하기 않을까하는 생각입니다.

@ye._.vely618

fastq-dump 사용

fastq-dump는 NCBI의 SRA(Sequence Read Archive)에서 fastq를 다운 받을 때 사용하는 명령어로 프로그램을 다운받고자 fastq-dump를 찾으면 딱히 나오는게 별로 없을것이다.

fastq-dump대신 sra-toolkit을 찾아야 fastq-dump를 사용할 수 있는 명령어를 다운받을 수 있다.

다운로드 받을 수 있는 곳은 바로 >여기< 

OS별로 다운받을 수 있도록 잘 안해하고 있고 어떻게 설치 하는지도 잘 안내되어 있다.

컴파일에 자신있다면 source code를 다운받아 컴파일을 하는것을 권장한다. 그렇지 않다면 걍 컴파일 된 binaries 파일을 다운로드 받아서 사용하자 (정신건강에 좋다).

예전에 그냥 fastq-dump를 사용할 수 있었는데 이번에는 그냥 실행이 안되더라..

vdb-config

라는 명령어를 사용해서 나름의 환경설정을 하고 난 다음에 사용 가능하니 사용에 주의 부탁드립니다. 환경설정라고 해서 딱히 어려운것은 없고 그냥 한번 실행해주고 [Save]하고 나오면 되는 정도..

그럼 fastq-dump를 사용할 수 있게 된다.

>이곳<을 방문하면 NCBI에서 다운 받을 수 있는 리스트들이 나오는데

여기서 SRX로 시작하는 id말고 한번더 링크를 타고 들어가서 보이는 SRR로 시작하는 runid를 확보하면 fastq-dump를 사용하여 내 PC에 fastq 파일을 다운로드 할 수 있다.

sratoolkit.2.x.x-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-3 sra_id

이렇게 명령어를 실행하면 실행한 디렉토리에 sra_id_1.fastq sra_id_2.fastq 파일이 짜잔하고 생성된다.

@winterr.aespaa

isPcr 사용법

내가 디자인한 (아마도 업체나 primer3에서 디자인된..) 프라미어 서열이 진짜 잘 작동할까? 궁금하신 분들이 있겠죠..

그래서 이것 저것 컴퓨터 하는 애들이 얘기하는 ncbi에 들어가서 blast라는 것도 한번 돌려보고 ucsc에 blat이라는 것도 있다던데 그것도 한번 돌려서 확인해보라는데... 

그래서 kent옹께서 우리들과 같은 꼬꼬마들을 위해서 만들어 놓은 사이트가 바로

UCSC In-silico PCR 되겠습니다.

물론 사이트에서 하나씩 할 수도 있고 

당근 local 서버에 다운받아서도 할 수 있습니다.

다운로드는 >여기< 로

다운로드 받은 isPcr.zip 파일을 압축 푼 후 

>chmod 755 isPcr 

>./isPcr

하면 내 컴퓨터(운영체제가 윈도우라고는 안했다)에서 실행 가능합니다.

>isPcr <database> <query> < output>

database: 그냥 fasta파일의 human genome넣어주면되고

query: primer서열이 들어있는 파일인데 3개 컬럼으로 이뤄진 파일이 input으로 사용됩니다.

name, forward primer, reverse primer 컬럼 구분은 space나 tab으로 구분해주면되는데..
어떤건지 정확히는 다시 해봐야 알겠네요.. :)

@ye._.vely618

Mac OS에 Redmine 설치하기

오늘은 레드마인 설치기를....

처음에는 맥북에서 Bitnami가 제공하는 redmine을 사용하여 일감정리를 하고 있었는데 우리 Big Sur가 중간에 업데이트를 하면서 Bitnami redmine stack이 먹통이 되면서(중간 일감도 덤으로 요단강을 건넜다는...) 

결국 꼼수쓰지 않고 손수 설치를 강행했다는...

근데 워낙에 잘 정리된 문서가 있어서 생각보다 어렵지는 않았음

중간에 문제가 있을만한 것은 대부분

xcode-select --install

로 해결되는 문제였고

위의 정리된 문서나 블로그 한번 탐독 후 설치 진행하면 에러없이 잘 사용 할수 있다는 사실

마지막에 redmine 실행 시킬때는

bundle exec rails server webrick -e production -b 0.0.0.0

이렇게 하면 같은 네트웍대에 있는 사용자들은 내 레드마인에 접근 가능하다는..

현재 맥북 환경은 Big Sur (11.5.2, 한영키잘먹히는 개선 버전)으로 전혀 문제 없이 레드마인을 운영하고 있다는...

대신 다른 문서를 복붙할때 이모티콘이 있는 경우 저장이 안되는 문제가 있는데 이건 아마 redmine만의 문제가 아니라 mysql의 utf8사용시 utf8mb4을 사용하면 문제가 해결 된다는 얘기가 있는데.. 아직 안해봐서..... 어차피 일감 정리할때 이모티콘은 안쓰니...

출처: @candyz_hyojung

liftOver

liftover는 여러버전의 reference간의 위치를 정렬/보정해주는 작업을 뜻합니다.

Liftover작업하는 참고하는 site로 개인적으로 ucsc사이트를 가장 빈번히 사용하고있고 ucsc에서 사용하는 liftover 명령어는 여기서 다운받을 수 있으니 로컬에서 사용하시면되겠습니다.

다만 로컬에서 사용하려는 경우 변환하고자 하는 reference간 정보를 가지고 있는 chain 파일이 별도로 필요합니다. (아래 링크가 바로 그 chain 파일)

hg19>hg38

hg38>hg19

모든 genome이 가능한것은 아니고 일단 human과 mouse는 가능하고 chain 파일있다면 가능합니다. ucsc사이트를 보니 다른 기타 reference를 Human(hg38), Mm10과 비교할 수 있도록 chain 파일을 제공하고 있긴하네요..

cat같은 경우 Cat9toCat5, Cat9toCat8은 있는데 Cat5toCat8 또는 Cat8toCat5이 없는거 보니 5버전과 8버전은 좀 많이 다른 genome인가 봅니다.

여튼 liftover는 (별일 없으면 동일종이나 assembly 버전이 좀 다른) genome끼리 position을 정렬/보정해주는 작업이라고 생각하면되고 liftover라는 프로그램을 사용하시면 편안하고 안전하게 정렬/보정할 수 있습니다. (물론 이따금씩 잘 안되는 부위도 존재합니다.

사용법:

>liftOver oldFile map.chain newFile unMapped

oldFile: 원본 파일
map.chain: 위에서 언급한 chain 파일
newFile: 내가 원하는 버전의 genome으로 변환된 위치를 가지고 있는 파일
unMapped: 변환 중에 newFile로 변환되지 않은 부위를 저장하는 파일

출처: @jihoa_f