fastq-dump는 NCBI의 SRA(Sequence Read Archive)에서 fastq를 다운 받을 때 사용하는 명령어로 프로그램을 다운받고자 fastq-dump를 찾으면 딱히 나오는게 별로 없을것이다.
fastq-dump대신 sra-toolkit을 찾아야 fastq-dump를 사용할 수 있는 명령어를 다운받을 수 있다.
다운로드 받을 수 있는 곳은 바로 >여기<
OS별로 다운받을 수 있도록 잘 안해하고 있고 어떻게 설치 하는지도 잘 안내되어 있다.
컴파일에 자신있다면 source code를 다운받아 컴파일을 하는것을 권장한다. 그렇지 않다면 걍 컴파일 된 binaries 파일을 다운로드 받아서 사용하자 (정신건강에 좋다).
예전에 그냥 fastq-dump를 사용할 수 있었는데 이번에는 그냥 실행이 안되더라..
vdb-config
라는 명령어를 사용해서 나름의 환경설정을 하고 난 다음에 사용 가능하니 사용에 주의 부탁드립니다. 환경설정라고 해서 딱히 어려운것은 없고 그냥 한번 실행해주고 [Save]하고 나오면 되는 정도..
그럼 fastq-dump를 사용할 수 있게 된다.
>이곳<을 방문하면 NCBI에서 다운 받을 수 있는 리스트들이 나오는데
여기서 SRX로 시작하는 id말고 한번더 링크를 타고 들어가서 보이는 SRR로 시작하는 runid를 확보하면 fastq-dump를 사용하여 내 PC에 fastq 파일을 다운로드 할 수 있다.
sratoolkit.2.x.x-ubuntu64/bin/fastq-dump --split-3 sra_id
이렇게 명령어를 실행하면 실행한 디렉토리에 sra_id_1.fastq sra_id_2.fastq 파일이 짜잔하고 생성된다.
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| @winterr.aespaa |
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