isPcr 사용법

내가 디자인한 (아마도 업체나 primer3에서 디자인된..) 프라미어 서열이 진짜 잘 작동할까? 궁금하신 분들이 있겠죠..

그래서 이것 저것 컴퓨터 하는 애들이 얘기하는 ncbi에 들어가서 blast라는 것도 한번 돌려보고 ucsc에 blat이라는 것도 있다던데 그것도 한번 돌려서 확인해보라는데... 

그래서 kent옹께서 우리들과 같은 꼬꼬마들을 위해서 만들어 놓은 사이트가 바로

UCSC In-silico PCR 되겠습니다.

물론 사이트에서 하나씩 할 수도 있고 

당근 local 서버에 다운받아서도 할 수 있습니다.

다운로드는 >여기< 로

다운로드 받은 isPcr.zip 파일을 압축 푼 후 

>chmod 755 isPcr 

>./isPcr

하면 내 컴퓨터(운영체제가 윈도우라고는 안했다)에서 실행 가능합니다.

>isPcr <database> <query> < output>

database: 그냥 fasta파일의 human genome넣어주면되고

query: primer서열이 들어있는 파일인데 3개 컬럼으로 이뤄진 파일이 input으로 사용됩니다.

name, forward primer, reverse primer 컬럼 구분은 space나 tab으로 구분해주면되는데..
어떤건지 정확히는 다시 해봐야 알겠네요.. :)

@ye._.vely618

BLAT에서 protein 서열 비교하기

새로운 것을 얘기하는건 아니고...
다들 알고있는거 기록용도로 남겨두려고 끄적끄적합니다. :)

Kent옹께서 창조하사 현재 널리 사용되는(나만 쓰나..;;;)
BLAT의 경우 blast와 달리 db를 따로 안만들고 db/query의 format가 fasta이기만 하면
문제없이 작동된다는 장점이 있는데...

db/query가 서로 같으면 문제가 없지만 다른 경우 잘 동작 안하는 수가 생깁니다.
물론 메뉴얼에 잘 나와있지만.. ㅎㅎ


DNA-DNA (DB-Query)
>blat db.fa query.fa output.psl

Protein-Protein
>blat db.fa query.fa -prot output.psl

DNA-Protein
>blat db.fa query.fa -t=dnax -q=prot

Protein-DNA
>blat db.fa queyr.fa -t=prot -q=dnax

-t는 database, -q는 query를 나타냅니다.
dnax/rnax는 해당 서열을 translated해서 비교하겠다는 것입니다.
rnax 옵션은 저도 오늘 확인하면서 본건데... query쪽에만 있네요. 모 굳이 db쪽에도 rnax옵션이 있을 필요는 없어보이니.. :)
(blat에는 blastx와 같은 기능은 없는듯 합니다. tblastn만 지원하는듯...)

그리고 BLAT은 zero-based. 할때마다 찾아봐야 한다능...;;; 제길