2021년 첫 포스팅 시작합니다. :)
오늘은 de novo assembly관련된 tools 소개 글입니다.
모델 생물 혹은 그외의 생명체에 대해서 genome을 알고 싶다면...
그냥 절래절래 하거나 아니면 필요하거나 알고 싶은 부분만 클로닝해서 슬쩍 슬쩍 알아내던 시절...
돈없는 연구자들은 손가락이나 빨고 눈물이나 흘리던지 어딘가에 끼어서 연구를 진행했었어야 했으나...
이제는 바야흐로 2021년!! (사실 글의 초안을 작성하고 있었던 때는 2020년 11월;;;)
454 따위 역사속으로 사라지고 킹왕짱 long read인 PacBio와 나노포어가 활발히 사용되는 시대에 살고 있습니다.
(물론 de novo는 454와 일루미나로 이어 붙여야 제맛이지 하는 라떼들도 있지만...)
저는 박테리아에서 PacBio 써본 후 박테리아 연구에서 PacBio 사용하지 않고 일루미나 플랫폼을 사용한다고하면 일루미나 주식을 가지고 있나 생각하게 되었고, 그외에 genome을 de novo작업은 nanopore를 추천하고 있는데 굳이 나노포어를 사용하지 않겠다라고 한다면... 굳이? 라는 궁금증으로 가지게 되었다능.. ㅋㅋ
(당연히 무조건 저걸 써야하는건 아니쥬 ㅎㅎ 연구 목적에 따라 봐야 하는 결과물에 따라 플랫폼을 잘 선택하시면되겠습니다.)
※ 여기서 나노포어 base의 quality는 굳이 논할 이유는 없고 제대로된 데이터 만져보면 나노포어 쓰지 않을 이유가 없으실 겁니다.
이제는 PacBio나 나노포어를 굳이 사용하지 않을 이유가 없는 것이 예전이라면 PacBio나 나노포어를 지원해주는 프로그램이 많지 않아서 좀 꺼려질수 있었지만.. 지금은 반대로 너무 많아셔져서 어떤 tools을 사용해야 하나 할 정도니...
그중에서 어셈블리를 하면서 문제가 되는 부분이 High heterozygous region들이 있는데 (그 와 함께 저세상 텐션을 보여주는 polyploidy;; ) 이런 문제들을 해결에 주겠다는 해결사로 자처하고 나온 tools이 있어서 한번 끄적여 보았습니다.
Purge Haplotigs: allelic contig reassignment for third-gen diploid genome assemblies
물론 이전에도 heterozygous 문제를 해결하는 tools이 없지는 않았습니다.
이전 글에서도 잠시 소개했었던 HaploMerger2 도 있고 저는 잘 몰랐지만 Redundans라는 도구도 있었다고 합니다. 다만 이전에 나온 tools의 단점은 사용자가 수동으로 contig를 재 할당해야한다는 문제가 있다고 합니다.
(음.. 저도 이전에 한두번 HaploMerge2를 사용해었는데;;; 여기서 얘기하는 contig 재할당에 대한 얘기가 정확히 어떤 의미인지는 정확하게 모르겠네요;; 여튼... 좀 단계 단계를 수동으로 작업을 하기는 했었습니다만 여기서 얘기하는 "수동"이 이 얘기가 아닌거 같은데...)
여튼... purge의 분석 pipeline은 다음과 같은 단계들로 진행됩니다.
purge의 분석 Flow chart >Figure1<
음... 확실히 장점으로는 draft로 조립된 genome에서 중복되는 contig들을 제거해서 draft assembly 서열의 크기를 줄여서 실제 genome size에 가깝게 된다는 것 이긴 합니다.
그리고 이 tool을 사용할 시 참고할 점으로는 일루미나 데이터를 가지고 purge를 진행할때는 지양했으면 합니다.
제가 해봤을때에 nanopore-raw 서열가지고는 분석이 가능했는데 일루미나 데이터로 작업하였을 때 purge_haplotigs의 hist 명령어를 사용하여 cov의 input 값이 -l, -m, -h 값을 구하는 작업을 할때 -l, -m, -h 값을 특정 할 수 있는 문제가 좀 있었습니다. 너무 값들이 낮아서 어떤 값을 low, mid, high을 사용할지가 모호하더라구요..
여튼..
de novo 작업을 하시다가 생각보다 genome 크기가 큰 경우 내 genome 중간에 heterozygous한 지역이 있구나 생각하시고 이 tools한번 돌려보시면 좋을것 같습니다. :)
출처: @ye._.vely618
