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수요일, 1월 06, 2021

너도 AB1파일가지고 pdf 만들수 있어 (1)

국내 회사에서 일반 시퀀싱 즉 Sanger Sequencing을 맡기시면
시퀀싱되어 바이너리 정보로 저장되어 있는 ab1파일, 서열정보가 들어있는 fasta파일과 함께 Applied Biosystems 로고가 찍혀있는 pdf파일 혹은 시퀀싱을 요청한 회사의 로고가 찍혀있는 pdf파일을 받아 보실 수 있으실겁니다. 

자세히 보다보시면 서열과 plot의 위치가 맞는거 같으면서도 안맞는거 같기도하고..
대놓고 틀린건 아닌데 그렇다고 안대놓고 맞는건 아닌거같고..

그러면 이 파일은 대체 어떻게 만들어지는걸까?
그럼 나는 저런거 못만드나?

그럴리가 있겠습니까?
그래서 이 글의 제목이 "너도 AB1파일로 pdf 만들 수 있어" 아니겠습니까?

예전에는 ab1.py? ab1_parse.py? 어떤 용자께서 제작하신 3rd party파일을 python에 import하여 사용하였었는데

이번에는 biopython에서 제공되는 ab1파일을 핸들링 하는 기능을 사용해서 작업해보려고 합니다.


ab1파일을 parsing하려면 ab1파일이 어떻게 생겼는지 알아야 하겠죠?
그래서 ab1파일에 어떤 항목에 어떤 내용들이 담겨져 있는지 확인을 해보시기 바랍니다.


다음번에는 ab1파일안에 들어있는 내용들을 확인해보는 시간을 가지도록 하겠습니다.

진짜로~
제발~




출처: @sana_twice.09


금요일, 3월 23, 2012

ABI 3730 DNa Analyzer Data Collection 설치기

일단 구글링, 네이버에서는 ABI 3730 분석용 프로그램 설치에 대한
내용이 전혀 (물론 설치에 관련된 ABI에서 배포한 메뉴얼은 있지만) 없었고,
AS를 요청하였는데 상당시간 기간이 소요하기에 극단적인 방법을 채택하였습니다.

고객이 직접 분석 프로그램 설치 및 켈리브레이션 후 사용하기

여하튼.. 한번이라도 심심풀이로 ABI 메뉴얼대로 일반 컴퓨터에
위의 DNA Analyzer Data Collection을 설치 해보신 분이라면
만만치 않은 프로그램이란 것을 확인하셨을 것입니다.
오라클에 JBOSS, IIS,. ABI에서 제작한 온갖 자바 패키지들까지...

일단 네단계로 이루어집니다.
Step 1. PC 준비
Step 2. 설치 환경 준비
Step 3. Data Collection 설치
Step 4. ABI 3730과 통신 확인

Step 1. 분석용 PC 준비
※ 그렇다고 메뉴얼은 폼으로있는것은 아닙니다. 메뉴얼 숙지가 우선입니다.
ABI 3730 DNa Analyzer Data Collection (이하 Data Collection)을 설치하기 위해선
WinXP sp2 영문판이 있어야 합니다. 그리고 기본적으로 설치하는 백신도
설치 하지 마시기 바랍니다. 백그라운드로 작동하는 백신 프로그램으로 정상적으로
설치가 잘 안될 수 도 있습니다. 후에도 아직 설치하지 않고 있습니다.

중요한 부분이 하드의 파티션이 C,D,E,F는 무조건 하드 드라이브쪽에 잡혀있어야 합니다. 그리고 CD 드라이브는 G, 그외에는 별도로 요구하지 않습니다.
이 이유는 C(OS), E는 Data Collection 구동에 필요한 프로그램이 설치되고,
D와 F 드라이브에는 데이터들이 저장(D,F중 하나는 백업용)되기 때문입니다.
-이런 이유로 최조 ABI 3730과 같이 공급되는 컴퓨터에는 하드가 최소 두개 장착되어 제공됩니다. 추후에 관련 pdf를 첨부하도록 하겠습니다.
하지만 눈치 채셨다시피 논리적 하드만 잘 확인하시면 됩니다.물리적인 하드가 두개, 네개일 필요는 없습니다.

Step 2. 설치 환경 준비
일단 WinXP sp2 영문판이 설치되어서 사용자 계정, 혹은 Administrator로 로그인 하셨다면 기본적으로 하는 각종 M/B 드라이버를 설치하시고 안정화를 시키시기 바랍니다. 그리고, Python 2.2와 win32com 이라는 Python 라이브러리가 있습니다. 설치하시기 바랍니다. 그리고 일반 사용자 (Administrator이 아닌 관리자권한의 다른 계정) 계정의 암호는 걸어두었습니다. 이는 Data Collection 설치시 Administrator 계정에 접근하여 설치하기 위한 방법의 일환으로 하는 작업입니다.
그리고 스크린 세이버(사용안함) 및 모니터 절전 기능(프리젠테이션 사용)으로 모두 사용 안함으로 설정하고, 컴퓨터 이름을 메뉴얼에 나오있는데로 수정하시기 바랍니다.
-다만 파이썬의 존재 여부가 필수적인지는 모르겠습니다만, 초기 공급된 PC의 OS 하드에서 Python2.2 폴더가 존재하는 것으로 확인되어서 일단 설치했었습니다.

Step 3. Data Collection 설치
ABI 3730과 함께 제공된 Data Collection 설치 CD를 삽입하여 패키지 설치를
합니다. 설치시 두가지만 주위하시면 됩니다. 설치 초기에 나오는 시리얼 코드 입력란에 입력을 하는데 그 박스에는 시리얼 코드외에 이미 내용이 적혀있는 칸이 있습니다. 바로 컴퓨터 이름입니다. 대신 저는 그대로(대문자) 다시 기록하되 소문자로 바꾸어 주었습니다. 컴퓨터 이름을 다시 확인하시면 소문자로 되어 있을 것입니다.
- 단지 그 이유..설치에 영향을 주는지는 모르겠습니다.
그리고  Next 버튼으로 설치를 진행합니다. (실상은 파일 복사입니다.)
그리고 아마 IIS를 설치하기 위해 XP시디를 요구할 것입니다. 이 작업 이후
재부팅을 하겠느냐는 친절한 질문을 해오면 과감하게 내가 이따가 부팅하겠다고
선택하십시요. 그리고 XP 시디는 CD롬에서 제거하고, 다시 Data Collection 설치
시디를 삽입하시고 재부팅 시키십시요.
-또 인스톨 프로그램이 작동할시 그냥 취소하시면 됩니다.

재부팅 후 설치를 위해서는 로그인이 필요합니다. 3730User은 Data Collection이
생성한 계정이므로 접근하지 마시기 바랍니다. 작업하는 동안 Administrator이 아닌 일반 관리자 권한 계정으로 작업을 해보진 못했지만 크게 문제는 없을 것 같습니다.
일단 로그인 화면에서 [Ctrl]+[Alt]+[Del] 키를 두번 누르면 Administrator 접속 가능한
창이 나옵니다. 거기서 로그인을 하게 되면 Data Collection이 설치를 시작합니다.
이때 어떠한 에러도 떠서는 안됩니다. 만약 자바 패키지 관련 에러가 발생한다면...
Step 1. 부터 다시.... ^^
제 경우 JBOSS 설치시 에러가 작렬하더군요....
JBOSS와 ABI측에서 개발한 패키지의 경우 발생하는듯 했습니다.
위의 설치과정이 에러없이 정상적으로 설치되었다면 이제 어려운 과정은 끝났습니다.

Step 4. ABI 3730과 통신 확인
분석 컴퓨터의 아이피를 메뉴얼에 나와있는데로 설정해주고, 랜선을 ABI 3730을 분석 컴퓨터와 연결하고 Data Collection 프로그램을 실행 시킵니다.
프로그램을 실행 싴키면 4개의 서비스가 빨간 원에서 초록색 사각형으로 변하면
모든것이 정상적으로 완료된것입니다.
만약 각 서비스마다 어떤 패키지를 로드하는지, 에러가 발생하는지 안하는지 확인하고 싶으시다면 {빨간원|노란색 삼각형|초록색 사각형} 중에 하나 일때 마우스 오른쪽 클릭을 하고 [Show Console] 이라는 것을 클릭하면 내용을 확인할 수 있습니다.