일단 구글링, 네이버에서는 ABI 3730 분석용 프로그램 설치에 대한
내용이 전혀 (물론 설치에 관련된 ABI에서 배포한 메뉴얼은 있지만) 없었고,
AS를 요청하였는데 상당시간 기간이 소요하기에 극단적인 방법을 채택하였습니다.
고객이 직접 분석 프로그램 설치 및 켈리브레이션 후 사용하기
여하튼.. 한번이라도 심심풀이로 ABI 메뉴얼대로 일반 컴퓨터에
위의 DNA Analyzer Data Collection을 설치 해보신 분이라면
만만치 않은 프로그램이란 것을 확인하셨을 것입니다.
오라클에 JBOSS, IIS,. ABI에서 제작한 온갖 자바 패키지들까지...
일단 네단계로 이루어집니다.
Step 1. PC 준비
Step 2. 설치 환경 준비
Step 3. Data Collection 설치
Step 4. ABI 3730과 통신 확인
Step 1. 분석용 PC 준비
※ 그렇다고 메뉴얼은 폼으로있는것은 아닙니다. 메뉴얼 숙지가 우선입니다.
ABI 3730 DNa Analyzer Data Collection (이하 Data Collection)을 설치하기 위해선
WinXP sp2 영문판이 있어야 합니다. 그리고 기본적으로 설치하는 백신도
설치 하지 마시기 바랍니다. 백그라운드로 작동하는 백신 프로그램으로 정상적으로
설치가 잘 안될 수 도 있습니다. 후에도 아직 설치하지 않고 있습니다.
중요한 부분이 하드의 파티션이 C,D,E,F는 무조건 하드 드라이브쪽에 잡혀있어야 합니다. 그리고 CD 드라이브는 G, 그외에는 별도로 요구하지 않습니다.
이 이유는 C(OS), E는 Data Collection 구동에 필요한 프로그램이 설치되고,
D와 F 드라이브에는 데이터들이 저장(D,F중 하나는 백업용)되기 때문입니다.
-이런 이유로 최조 ABI 3730과 같이 공급되는 컴퓨터에는 하드가 최소 두개 장착되어 제공됩니다. 추후에 관련 pdf를 첨부하도록 하겠습니다.
하지만 눈치 채셨다시피 논리적 하드만 잘 확인하시면 됩니다.물리적인 하드가 두개, 네개일 필요는 없습니다.
Step 2. 설치 환경 준비
일단 WinXP sp2 영문판이 설치되어서 사용자 계정, 혹은 Administrator로 로그인 하셨다면 기본적으로 하는 각종 M/B 드라이버를 설치하시고 안정화를 시키시기 바랍니다. 그리고, Python 2.2와 win32com 이라는 Python 라이브러리가 있습니다. 설치하시기 바랍니다. 그리고 일반 사용자 (Administrator이 아닌 관리자권한의 다른 계정) 계정의 암호는 걸어두었습니다. 이는 Data Collection 설치시 Administrator 계정에 접근하여 설치하기 위한 방법의 일환으로 하는 작업입니다.
그리고 스크린 세이버(사용안함) 및 모니터 절전 기능(프리젠테이션 사용)으로 모두 사용 안함으로 설정하고, 컴퓨터 이름을 메뉴얼에 나오있는데로 수정하시기 바랍니다.
-다만 파이썬의 존재 여부가 필수적인지는 모르겠습니다만, 초기 공급된 PC의 OS 하드에서 Python2.2 폴더가 존재하는 것으로 확인되어서 일단 설치했었습니다.
Step 3. Data Collection 설치
ABI 3730과 함께 제공된 Data Collection 설치 CD를 삽입하여 패키지 설치를
합니다. 설치시 두가지만 주위하시면 됩니다. 설치 초기에 나오는 시리얼 코드 입력란에 입력을 하는데 그 박스에는 시리얼 코드외에 이미 내용이 적혀있는 칸이 있습니다. 바로 컴퓨터 이름입니다. 대신 저는 그대로(대문자) 다시 기록하되 소문자로 바꾸어 주었습니다. 컴퓨터 이름을 다시 확인하시면 소문자로 되어 있을 것입니다.
- 단지 그 이유..설치에 영향을 주는지는 모르겠습니다.
그리고 Next 버튼으로 설치를 진행합니다. (실상은 파일 복사입니다.)
그리고 아마 IIS를 설치하기 위해 XP시디를 요구할 것입니다. 이 작업 이후
재부팅을 하겠느냐는 친절한 질문을 해오면 과감하게 내가 이따가 부팅하겠다고
선택하십시요. 그리고 XP 시디는 CD롬에서 제거하고, 다시 Data Collection 설치
시디를 삽입하시고 재부팅 시키십시요.
-또 인스톨 프로그램이 작동할시 그냥 취소하시면 됩니다.
재부팅 후 설치를 위해서는 로그인이 필요합니다. 3730User은 Data Collection이
생성한 계정이므로 접근하지 마시기 바랍니다. 작업하는 동안 Administrator이 아닌 일반 관리자 권한 계정으로 작업을 해보진 못했지만 크게 문제는 없을 것 같습니다.
일단 로그인 화면에서 [Ctrl]+[Alt]+[Del] 키를 두번 누르면 Administrator 접속 가능한
창이 나옵니다. 거기서 로그인을 하게 되면 Data Collection이 설치를 시작합니다.
이때 어떠한 에러도 떠서는 안됩니다. 만약 자바 패키지 관련 에러가 발생한다면...
Step 1. 부터 다시.... ^^
제 경우 JBOSS 설치시 에러가 작렬하더군요....
JBOSS와 ABI측에서 개발한 패키지의 경우 발생하는듯 했습니다.
위의 설치과정이 에러없이 정상적으로 설치되었다면 이제 어려운 과정은 끝났습니다.
Step 4. ABI 3730과 통신 확인
분석 컴퓨터의 아이피를 메뉴얼에 나와있는데로 설정해주고, 랜선을 ABI 3730을 분석 컴퓨터와 연결하고 Data Collection 프로그램을 실행 시킵니다.
프로그램을 실행 싴키면 4개의 서비스가 빨간 원에서 초록색 사각형으로 변하면
모든것이 정상적으로 완료된것입니다.
만약 각 서비스마다 어떤 패키지를 로드하는지, 에러가 발생하는지 안하는지 확인하고 싶으시다면 {빨간원|노란색 삼각형|초록색 사각형} 중에 하나 일때 마우스 오른쪽 클릭을 하고 [Show Console] 이라는 것을 클릭하면 내용을 확인할 수 있습니다.
금요일, 3월 23, 2012
BlastClust
BLASTClustis a program within the standalone BLAST package used to cluster eitherprotein or nucleotide sequences. The program begins with pairwisematches and places a sequence in a cluster if the sequence matches atleast one sequence already in the cluster. In the case of proteins, theblastp algorithm is used to compute the pairwise matches; in the caseof nucleotide sequences, the Megablast algorithm is used.
Inthe simplest case, BLASTClust takes as input a file containingcatenated FASTA-format sequences, each with a unique identifier at thestart of the definition line. BLASTClust formats the input sequence toproduce a temporary BLAST database, performs the clustering, andremoves the database at completion. Hence, there is no need to runformatdb in advance to use BLASTClust. The output of BLASTClustconsists of a file, one cluster to a line, of sequence identifiersseparated by spaces. The clusters are sorted from the largest clusterto the smallest.
BLASTClust accepts a number ofparameters that can be used to control the stringency of clusteringincluding thresholds for score density, percent identity, and alignmentlength. The BLASTClust program has a number of applications, thesimplest of which is to create a non-redundant set of sequences from asource database. As an example, one might have a library of a fewthousand short nucleotide sequence reads and wish to replace these witha non-redundant set. To produce the non-redundant set, one might use:
blastclust -i infile -o outfile -p F -L .9 -b T -S 95
Thesequences in "infile" will be clustered and the results will be writtento "outfile". The input sequences are identified as nucleotide (-p F);"-p T", or protein, is the default. To register a pairwise match twosequences will need to be 95% identical (-S 95) over an area covering90% of the length (-L .9) of each sequence (-b T) . Using "-b F"instead of "-b T" would enforce the alignment length threshold on onlyone member of a sequence pair. The parameter "S", used here to specifythe percent identity, can also be used to specify, instead, a "scoredensity." The latter is equivalent to the BLAST score divided by thealignment length. If "S" is given as a number between 0 and 3, it isinterpreted as a score density threshold; otherwise it is interpretedas a percent identity threshold.
To create a stringent non-redundant protein sequence set, use the following command line:
blastclust -i infile -o outfile -p T -L 1 -b T -S 100
Inthis case, only sequences which are identical will be clusteredtogether. The “blastclust.txt” file in the standalone BLAST packagedetails the full range of BLASTClust parameters.
Local에서 Blast 작업 돌리기
BLAST는 최근 생명공학을 하는데 기본 도구중에
하나가 되었지만 그럼에도 많은 연구자들이 BLAST를
제대로 사용하지 못하고 있는 것이 현실이다.
BLAST를 수행하는데 Database가 NCBI나 다른 여타의 사이트에서
제공안되는 Database를 이용해야만 되는 경우가 발생하면 어떻게 할 것인가?
혹은 BLAST를 해야할 Query가 수십개가 아닌 수백, 수천개라면
어떻게 할 것인가?
이런경우 자신의 컴퓨터에서 BLAST를 수행하게 된다면 원하는 작업을
손쉽고 빠르게 할 수 있다.
BLAST 프로그램은 대부분 연구자들이 알고 있듯이
NCBI에서 다운로드 받을 수 있다.
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/release
위의 ftp 주소에 들어가 자신의 플랫폼에 맞는 파일을 다운로드 받으면 일단 BLAST를
수행할 수 있는 준비가 된다.
다운로드 받은 압축 파일(실행파일(*.exe)로 압축되어있는)을 풀면
bin, data, doc 세개의 폴더가 나타난다.
BLAST를 직접 수행하는 실행파일은 bin 폴더안에 있다.
기본적으로 BLAST를 사용하기 위해서 두개의 파일이 필요하다.
blastall과 formatdb이다.
blastall은 일반적인 blast, 즉 blastn, blastp, blastx, tblastx,tblastn를 수행할 때 사용된다.
formatdb는 blast를 할 수 있는 database를 만들어 주는 파일이다.
blast에 사용되는 database는 항상 ncbi나 다른 웹사이트에서 제공해주는 것이 아니기
때문에 자신만의 database를 만들 수 있어야 한다.
formatdb -i INPUT_FILE -p T|F -o T|F
- i INPUT_FILE은 fasta form을 따르는 서열들이 모인 파일이면 문제없다.
- p INPUT_FILE이 DNA서열인지 Protein 서열인지 확인하는 옵션값 protein의 경우 T
- o INPUT_FILE를 paser하는 옵션 NCBI에서 수집한 서열의 경우 -o T를 하여도 문제 없지만, NCBI의 form을 완벽하게 따르지않았다면 F 값을 사용.
blastall -p SELET_PROGRAM -i INPUT_FILE -d DATABASE_FILE -o OUTPUT_FILE -m OUTPUT_FORMAT
- p 어떤 blast 프로그램을 사용할지 선택
- i Query가 될 서열, 하나의 서열 혹은 다수의 서열이 하나의 파일에 존재 할 수 있다.
- d blast할 database
-o blast를 수행한 후 결과를 저장할 파일 이름을 지정한다.
-m -m 옵션을 지정하지 않으면 NCBI에서 blast를 수행한 화면을 볼 수 있다. 만약 다른 정보들은 필요 없고, 어느 서열이 어떤 서열과 유사성이 있는지 환인 할 수 있는 정보만 필요하다면 -m의 옵션값을 조절하여 원하는 정보만 저장 할 수 있다. 본인의 경우 -m 8을 많이 애용한다.
목요일, 3월 22, 2012
Nucleotide Letter Codes
| Nucleotide | Code |
| Adenosine | A |
| Cytidine | C |
| Guanine | G |
| Thymidine | T |
| Uridine | U |
| Purine (A or G) | R |
| Pyrimidine (T or C) | Y |
| Keto (G or T) | K |
| Amino (A or C) | M |
| Strong interaction (3 H bonds) (G or C) | S |
| Weak interaction (2 H bonds) (A or T) | W |
| Not A (C or G or T) | B |
| Not C (A or G or T) | D |
| Not G (A or C or T) | H |
| Not T or U (A or C or G) | V |
| Any nucleotide | N |
Gene Ontology
Biological Process
A biological process is a recognized series of events or molecular functions. A biological process is not equivalent to a pathway, although some GO terms do describe pathways. Mutant phenotypes often reflect disruptions in biological processes.
Cellular Component
The cellular component ontology describes locations, at the levels of subcellular structures and macromolecular complexes. Examples of cellular components include nuclear inner membrane, with the synonym inner envelope, and the ubiquitin ligase complex, with several subtypes of these complexes represented.
Generally, a gene product is located in or is a subcomponent of a particular cellular component. The cellular component ontology includes multi-subunit enzymes and other protein complexes, but not individual proteins or nucleic acids. Cellular component also does not include multicellular anatomical terms.
Molecular Function
The functions of a gene product are the jobs that it does or the "abilities" that it has. These may include transporting things around, binding to things, holding things together and changing one thing into another. This is different from the biological processes the gene product is involved in, which involve more than one activity.
MySQL에서 root passwd 설정
출처: joon
mysql -uroot -p
mysql> use mysql;
Database changed
mysql> update user set password=password('password') where user='root';
Query OK, 3 rows affected (0.43 sec)
Rows matched: 3 Changed: 3 Warnings: 0
mysql> flush privileges;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)
mysql> use mysql;
Database changed
mysql> update user set password=password('password') where user='root';
Query OK, 3 rows affected (0.43 sec)
Rows matched: 3 Changed: 3 Warnings: 0
mysql> flush privileges;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)
-password와 root는 외따옴표로 묶어 주시면 됩니다.
Friendly Error Messages안나오게 하는 방법
출처: JAVACAN
IE를 이용해서 웹 사이트를 개발하다보면 서버에서 생성한 응답 화면이 아닌 IE에서 제공하는 HTTP 오류 메시지가 출력될 때가 있다.
IE는 다음의 두 조건이 충족될 때 자체 오류 메시지 화면을 표시한다.
> 응답의 상태 코드가 404나 500과 같은 에러 코드이고,
> 전체 응답 결과 데이터의 길이가 513 바이트 보다 작을 때
따라서, 서버에서 생성하는 에러 페이지의 길이가 513 바이트 이상이 되도록 하면 IE가 제공하는 오류 메시지 화면이 출력되지 않도록 할 수 있다. 간단히 말해 에러 페이지에 불필요한 주석을 코드에 추가함으로써 응답 결과의 길이가 513 바이트가 넘도록 하면 된다.
Escaping Character
진짜 가끔식 쓸일 생기는 이스케이프 문자들
& &문자
< <문자
> >문자
“쌍따옴표” "쌍따옴표"
‘외따옴표’ '외따옴표'
가끔씩 쓸꺼 같아서..
쓸떼는 전혀 기억이 안난다는.. :)
색상표
출처: 네이버 지식IN
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