간만에 de novo RNA-Seq 해보기 -조립편-

Trinity를 사용한 de novo RNA-seq은 별거없습니다.

다음과 같은 명령어를 사용하면 끝!

기본 Assembly 방법:

$ ~/trinityrnaseq-Trinity-v2.6.6/Trinity --seqType fq --max_memory <memory_size> --samples_file <sample.txt> --SS_lib_type <library type> --CPU <thread_num> --full_cleanup

$ ~/trinityrnaseq-Trinity-v2.6.6/Trinity --seqType fq --max_memory <memory_size> --left <left.fq.gz> --right <right.fq.gz> --SS_lib_type <library type> --CPU <thread_num> --full_cleanup

Genome Guide Assembly 방법:

$ ~/trinityrnaseq-Trinity-v2.6.6/Trinity --seqType fq --max_memory <memory_size> --samples_file <sample.txt> --SS_lib_type <library type> --CPU <thread_num> --genome_guided_bam <align.bam> --genome_guided_max_intron <max_intron> --full_cleanup

유경험자면 아시겠지만 RNA-Seq 데이터만 있으면 걍 default assembly방법을 사용하시는게 제일 좋은 결과를 얻으실 수 있으실겁니다.
어설프지만 genome 데이터가 있는데 그냥 하는것 보다 어설프더라도 genome을 활용하는게 좋지 않을까? 응 하지 마세요
어설픈 input은 어설픈 output을 너님의 손에 가져다 줍니다.

하실꺼면 Reference Genome 만드실때 genome을 탄탄하게 만들고 다양한 단계의 RNA-Seq을 하셔서 gene prediction할 때 RNA-Seq 데이터를 활용하세요
그게 맞는 방법입니다. :)

그리고 --SS_lib_type에 어떤 걸 넣어야 할지 난 모르겠다 하시는분은 여기 biostars를 참고하세요 :)

좀 더 자세한 wiki >여기<

출처: JYP

간만에 denovo RNA-Seq 해보기 -설치편-

최근 간만에 해보기가 올라가고 있는데...
진짜 2년만에 RNA-seq 분석을 해봐서..

걍 분석하는 단계나 프로그램 사용법 정리 차원에서 글을 올리고 있습니다.

4짜 산업 시대에 발맞춰 유전체 데이터 전문 설거지팀 하나 꾸리는것도 나쁘지 않을듯.... (대신 건당 비용때문에 수주가 안들어올 것 같다는게 함정 ㅎㅎ )

여튼 오늘은 de novo RNA-Seq 분석입니다.

일단 de novo RNAseq 시장을 석권했던.. 지금도 지배하고 있는 것으로 보이는데..
제가 사용했던 버전은 2.0.6이었는데.. ㄷㄷㄷ 벌써 2.8.4네요..
다들 아시는 삼위일체 Trinity 입니다.

지금 사용하는 서버에서는 cmake버전이 2.x라서 2.8.4대신 낮은 버전인 2.6.6버전으로 테스트를 수행하고 있습니다.
같은 input에 옵션이 비슷한데 2.6과 2.8의 결과가 많이 달라질지는 잘 모르겠습니다.
버전별 output 비교는 나중에 한번 기회되면 도전해보는것으로!!

$ wget https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/archive/Trinity-v2.6.6.tar.gz
$ tar zxf Trinity-v2.6.6.tar.gz
$ cd trinityrnaseq-Trinity-v2.6.6/
$ make && make install

참고로 make했을때 어쩌구 저쩌구 /usr/local/bin 권한없다라는 메세지를 보여주고 에러를 밷어낸다면 trinityrnaseq-Trinity-v2.6.6/util/support_scripts/ 밑에 있는 trinity_installer.py 파일의 destination_package_dir 변수명의 내용을 수정해주시면됩니다.
(제 경우 make할때 DESTDIR 설정을 해주어도 계속 /usr/local/bin을 요구해서... trinity_install.py 파일을 직접 수정했습니다. ㅎㅎ 다른 방법이 분명 있을거 같은데.. )

여튼 에러가 발생한다면 해당 에러를 잡고 설치하면(당연한 소리를..) 문제 없을것이라고 말씀드릴 수 있습니다!!

출처: SM