조립된 서열들은 어떤 유전자인지 궁금해 지겠쥬?
안 궁금하면 그냥 끝! 하고
서열을 NCBI에 fastq파일 디파짓하고 Bye さようなら하면
그냥 남 좋은일 하는 겁니다.
(나는 대인배다 나는 시퀀싱 비용이 아깝지 않다 하시는 분이라면
친하게 지내요!! 제발~ )
여튼 RNA-Seq을 했고, 생산된 RNA-Seq을 가지고 조립까지 했다면
조립된 서열들은 어떤 유전자들일까 궁금한게 인지사정!
그러면 그런 tool에서는 어떤 것들이 있을까?
바로 이런게 있습니다.
TransDecoder
TransDecoder Wiki
조립된 RNA-Seq서열 에서 coding 서열을 찾아주는 프로그램 입니다.
(현재 버전이 5.5.0이네요.. 다행히 어떤 업데이트도 일어나지 않았네요..)
풋 아마추어같이 RNA-Seq서열이니깐 ATG로 시작하는 것 찾으면 되지 무슨 프로그램이야 프로그램은 아마추어 같으니라고!!
라고 하신다면 당신은 느응력자!
다들 알고계시다 싶이 ATG로 시작하는 것들 major긴 하지만 RNA-Seq을 해서 조립하게되면 ATG로 시작하지 않은 partial로 어딘가가 짤려진 gene 서열들이 존재하기 때문에 그런것들도 잘 알아서(모 대략, 못찾는것도다는) 찾아주는 녀석이 바로 이녀석 되겠습니다.
-사실 이거 말고 다른것도 많이 있을겁니다. 제가 이것밖에 안써서 이거 소개합니다. ㅎㅎ
그냥 위에 파일 다운 받아서 압축 풀고 trinity로 조립한 fasta파일을 넣고 돌리면
$ ~/TransDecoder-TransDecoder-v5.5.0/TransDecoder.LongOrfs -t Trinity.fasta --gene_trans_map Trinity.fasta.gene_trans_map
(근데 저 --gene_trans_map이 무슨 옵션이었는지 까먹었네요...)
여튼 이렇게 돌리면 대략적인 결과 나오고 그 결과가지고 연구하면됩니다.
이거가지고 부족해!! 하시면 genome project 진행하시면되겠습니다!!
ps. 위의 글은 유전자 예측이 아닌 유전자 구조 예측이 맞는 표현입니다. Orz
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| 출처: SM |
