간만에 de novo RNA-Seq 해보기 -조립편-

Trinity를 사용한 de novo RNA-seq은 별거없습니다.

다음과 같은 명령어를 사용하면 끝!

기본 Assembly 방법:

$ ~/trinityrnaseq-Trinity-v2.6.6/Trinity --seqType fq --max_memory <memory_size> --samples_file <sample.txt> --SS_lib_type <library type> --CPU <thread_num> --full_cleanup

$ ~/trinityrnaseq-Trinity-v2.6.6/Trinity --seqType fq --max_memory <memory_size> --left <left.fq.gz> --right <right.fq.gz> --SS_lib_type <library type> --CPU <thread_num> --full_cleanup

Genome Guide Assembly 방법:

$ ~/trinityrnaseq-Trinity-v2.6.6/Trinity --seqType fq --max_memory <memory_size> --samples_file <sample.txt> --SS_lib_type <library type> --CPU <thread_num> --genome_guided_bam <align.bam> --genome_guided_max_intron <max_intron> --full_cleanup

유경험자면 아시겠지만 RNA-Seq 데이터만 있으면 걍 default assembly방법을 사용하시는게 제일 좋은 결과를 얻으실 수 있으실겁니다.
어설프지만 genome 데이터가 있는데 그냥 하는것 보다 어설프더라도 genome을 활용하는게 좋지 않을까? 응 하지 마세요
어설픈 input은 어설픈 output을 너님의 손에 가져다 줍니다.

하실꺼면 Reference Genome 만드실때 genome을 탄탄하게 만들고 다양한 단계의 RNA-Seq을 하셔서 gene prediction할 때 RNA-Seq 데이터를 활용하세요
그게 맞는 방법입니다. :)

그리고 --SS_lib_type에 어떤 걸 넣어야 할지 난 모르겠다 하시는분은 여기 biostars를 참고하세요 :)

좀 더 자세한 wiki >여기<

출처: JYP