오랜만에 먼지 뒤집어 쓰고 있던 논문하나... 슬쩍...
somatic mutation call관련해서 누가누가 잘하나 훑어본...
다들 알고 있으신 논문 되겠습니다.
A review of somatic single nucleotide variant calling algorithms for next-generation sequencing data
여기서 가장 훌륭한 내용을꼽으라면...
variant caller를 아주 일목요연하게 정리한 Table 1. 되겠습니다.
(물론 Table 2.도 있습니다.)
결론적으로 DeepVariant 딥러닝 기반의 성능좋은 caller가 계속해서 나올꺼니 님들 연구 계속 열씸히들 하시고 somatic variant를 검증할 수 있는 데이터셋이 아직 없으니 이거 좀 만들어봐 되지 않을까합니다.
그리고 뒤적뒤적 거리다 논문 하나를 봤는데..
여기 나온 데이터를 가지고 somatic variant pipeline 검증 할 수 있을지는 모르겠지만 그래도 활용은 할 수 있지 않을까 하네요... 한번 뒤적여봐야하겠네요.
