Entrez를 이용한 fasta 파일 다운받기

간만에 Biopython에 포함되어 있는 Entrez 함수를 이용하여 assceesion넘버로 fasta파일 다운받기를 해봤습니다.

git: https://github.com/gwlee/study/blob/master/entrez_access2fasta.py

python entrez_access2fasta.py accessionid 하면 {accessionid}.fasta파일이 생성됩니다.

참 쉽죠?

Biopython만 잘 사용하셔도 갱장한 것들을 하실 수 있으시고

그런 의미에서 다음번에는 좀더 재미진 내용으로 찾아오도록 하겠습니다. :)

출처: @sana_twice.09

Biopython Entrez 사용하기

최근에 rosalind를 다시 해보면서
가능하면 파이썬 기본 라이브러리로 해결해보려고 했는데
Bioinformatics Armory 부분의 일부 문제는 Biopython을 사용하지않으면
꽤나 곤란한 상황이 발생할것 같아서
일부 문제에서는 걍 추천하는대로 biopython을 사용하는걸로..

그리고 Biopython과 함께 E-utilities를 사용해야 하는데
역시 간만에 보니 생각이 안나는게 인지상정

관련 NCBI 페이지


E-utility에서 사용하는 DB 이름..

Entrez Database	UID common name	E-utility Database Name
BioProject	BioProject ID	bioproject
BioSample	BioSample ID	biosample
Biosystems	BSID	biosystems
Books	Book ID	books
Conserved Domains	PSSM-ID	cdd
dbGaP	dbGaP ID	gap
dbVar	dbVar ID	dbvar
Epigenomics	Epigenomics ID	epigenomics
EST	GI number	nucest
Gene	Gene ID	gene
Genome	Genome ID	genome
GEO Datasets	GDS ID	gds
GEO Profiles	GEO ID	geoprofiles
GSS	GI number	nucgss
HomoloGene	HomoloGene ID	homologene
MeSH	MeSH ID	mesh
NCBI C++ Toolkit	Toolkit ID	toolkit
NCBI Web Site	Web Site ID	ncbisearch
NLM Catalog	NLM Catalog ID	nlmcatalog
Nucleotide	GI number	nuccore
OMIA	OMIA ID	omia
PopSet	PopSet ID	popset
Probe	Probe ID	probe
Protein	GI number	protein
Protein Clusters	Protein Cluster ID	proteinclusters
PubChem BioAssay	AID	pcassay
PubChem Compound	CID	pccompound
PubChem Substance	SID	pcsubstance
PubMed	PMID	pubmed
PubMed Central	PMCID	pmc
SNP	rs number	snp
SRA	SRA ID	sra
Structure	MMDB-ID	structure
Taxonomy	TaxID	taxonomy
UniGene	UniGene Cluster ID	unigene
UniSTS	STS ID	unists

모 그렇다고 합니다.