Wednesday, July 18, 2018

Biopython Entrez 사용하기

최근에 rosalind를 다시 해보면서
가능하면 파이썬 기본 라이브러리로 해결해보려고 했는데
Bioinformatics Armory 부분의 일부 문제는 Biopython을 사용하지않으면
꽤나 곤란한 상황이 발생할것 같아서
일부 문제에서는 걍 추천하는대로 biopython을 사용하는걸로..

그리고 Biopython과 함께 E-utilities를 사용해야 하는데
역시 간만에 보니 생각이 안나는게 인지상정

관련 NCBI 페이지


E-utility에서 사용하는 DB 이름..
Entrez DatabaseUID common nameE-utility Database Name
BioProjectBioProject IDbioproject
BioSampleBioSample IDbiosample
BiosystemsBSIDbiosystems
BooksBook IDbooks
Conserved DomainsPSSM-IDcdd
dbGaPdbGaP IDgap
dbVardbVar IDdbvar
EpigenomicsEpigenomics IDepigenomics
ESTGI numbernucest
GeneGene IDgene
GenomeGenome IDgenome
GEO DatasetsGDS IDgds
GEO ProfilesGEO IDgeoprofiles
GSSGI numbernucgss
HomoloGeneHomoloGene IDhomologene
MeSHMeSH IDmesh
NCBI C++ ToolkitToolkit IDtoolkit
NCBI Web SiteWeb Site IDncbisearch
NLM CatalogNLM Catalog IDnlmcatalog
NucleotideGI numbernuccore
OMIAOMIA IDomia
PopSetPopSet IDpopset
ProbeProbe IDprobe
ProteinGI numberprotein
Protein ClustersProtein Cluster IDproteinclusters
PubChem BioAssayAIDpcassay
PubChem CompoundCIDpccompound
PubChem SubstanceSIDpcsubstance
PubMedPMIDpubmed
PubMed CentralPMCIDpmc
SNPrs numbersnp
SRASRA IDsra
StructureMMDB-IDstructure
TaxonomyTaxIDtaxonomy
UniGeneUniGene Cluster IDunigene
UniSTSSTS IDunists
모 그렇다고 합니다.

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