LASTZ 사용해보기

LASTZ Site

LASTZ README


간만에 긴 DNA 서열 두개를 alignment를 할 일이 생겨서
이것저것 찾아보다가
알게된 lastz

맨날 bwa/bowtie랑 blast만 주구장창 돌리다보니..
두개만 alignment 할때 뭘써야 하는지도 모르는 바보가 된듯.. 여튼

lastz의 전신이 blastz(ncbi의 blast랑 관련이 있는지는 모르겠고)였고
오래전에 Human이랑 Mouse 비교해봤다는 유물을 확인 할 수 있었다는게 소득이라면 소득?

lastz 설치랑 사용법이야 일단 다운받고
make && make install이나 chmod 755 lastz하면 대략 작동할것같지만
옛 유물처럼 Human vs Mouse 비교해볼요량이면 build할때
옵션좀 만져주셔야합니다.

그리고 이번에 작업하면서 알게된 놀라운 사실!!
서열에 ambiguous 서열이 있어도 비교가 가능합니다.!! @.@

--ambiguous=iupac
라는 옵션을 사용하면 비교는 해줍니다.
단, --ambiguous=n는 ambiguous base를 N으로 인지하겠다는것이 아니라는것이 함정! (>_<)

PRINSEQ 설치

PRINSEQ Site

세상에는 다양한 fastq 파일을 핸들링하는 tool들이 있는데
최근에 microbiome작업하면서 다시 손댄 tool
-다른 tool들 대비 stat 자동화하기 나쁘지않아 보였고 이미지가 좀 이쁘지않나?

여튼.. 문제는 2013년 이후 업데이트되지 않았다는게 좀 그런데..
모 그렇다고 실행되던게 갑자기 안되지 않으니..
설치해서 사용했었으니 사용해도 무방하다. :)


>wget https://sourceforge.net/projects/prinseq/files/standalone/prinseq-lite-0.20.4.tar.gz
>tar zxf prinseq-lite-0.20.4.tar.gz

lite 버전을 설치하려면 다음과 같은 perl 모듈을 설치해줘야 프로그램이 실행된다.
#use Data::Dumper; ###
use Getopt::Long;
use Pod::Usage;
use File::Temp qw(tempfile); #for output files
use Fcntl qw(:flock SEEK_END); #for log file
use Digest::MD5 qw(md5_hex); #for dereplication
use Cwd;
use List::Util qw(sum min max);

그리고 graph버전을 설치하려면 다음과 같은 perl모듈을 설치해줘야 하니
prinseq설치 전에 미리미리 설치하는것에 정신건강에 이롭다.
use Getopt::Long;
use Pod::Usage;
use File::Temp qw(tempfile); #for output files
use Fcntl qw(:flock SEEK_END); #for log file
use Cwd;
use JSON;
use Cairo;
use Statistics::PCA;
use MIME::Base64;
use File::Basename;
use Data::Dumper;

다른 생정보관련 프로그램을 설치했다면 대부분 설치되어있을듯...

만약 추가적인 설치가 필요하면 

cpan 실행해서 필요한 모듈 install해주면 된다능..

아니면 이런거 대신 해주는 팀원이나 부서원이 있는 회사다니시면 됩니다. :)

FastQC 설치

FastQC Site

원하는 위치로 이동하여 다음 명령어를 실행
>wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.7.zip
>unzip fastqc_v0.11.7.zip
이라고 실행하면 FastQC폴더가 생성되면서 압축해제
>cd FastQC
>chmod 755 fastqc
>./fastqc -h

하면 도움말이 주루룩..

qiime에서 reference에 tree 파일이 없을때..

qiime을 사용하려고 하는데
기성복처럼 제공되는 천랩 db이나 gg database말고
다른 몬가 나 qiime 좀 잘한다고 자랑하려고
다른 microbiome database(근데 그런게 있나?? 직접 만들어봤자.. ) 사용하고자할때! 바로 그 순간

서열은 가지고 있지만 qiime에서 분석하다보면 db가 custome일 경우
tree파일이 없어서 몇몇 분석은 진행 못합니다.

기껏 폼좀 잡았는데 왠 개망신 Orz

자 그래서 우리의 Rob 횽님께서는 미리미리 준비하셨습니다.

일단 두개의 스크립트를 제공하고 있습니다.
1) align_seqs.py
2) make_phylogeny.py

이름보니깐 딱 느낌이 오죠
사실 이 작업에서 1번 스크립트는 필수 파일은 아닙니다.
2번 스크립트만 있으면 됩니다.
1번은 2번 스크립트에서 입력받을 수 있는 format의 alignment로 대신 할 수 있습니다.
-그러나 저는 그렇지 않았다능!! 어떤 값을 입력값으로 받는지 궁금하시면 직접해보시면됩니다.!

그러나 우리 Rob 횽님께서 qiime 패키지안에 넣어주셨는데 한번 써봐야하지 않겠습니꽈!

우선 분석에 사용할 rep set fasta 파일은 준비합니다.

설명페이지 align_seqs make_phylogeny

align_seqs.py -i ref.fasta -m pynast -o pynast

make_phylogeny.py -i /path/to/aligned.fasta -o /path/to/rep_phylo.tre

두 스크립트를 순서대로 실행시키시면
짜란~!!
rep_phylo.tre를 손에 거머쥘수 있습니다.!

그럼,

May the Genome be with you.


Tip. align_seqs의 -m (--alignment_method) 인 정렬 method에는
pynast, infernal, clustalw, muscle, mafft이 존재하지만
제 경우 pynast이외의 경우 에러가 발생하여 진행이되지 않았었습니다.

Tip. make_phylogeny의 -t (--tree_method)인 tree 생성 method에는

clustalw,raxml_v730, muscle, fasttree, clearcut가 있지만

default 값인 fasttree를 사용해서 진행
이유는 역시 제 경우 다른 method들은 에러가 나서.. Orz

일단 qiime 설치가 제일 중요한것보다 그냥 남들이 만들어 주는 데이터베이스 쓰시라능.. :)

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