Wednesday, April 18, 2018

PRINSEQ 설치

PRINSEQ Site

세상에는 다양한 fastq 파일을 핸들링하는 tool들이 있는데
최근에 microbiome작업하면서 다시 손댄 tool
-다른 tool들 대비 stat 자동화하기 나쁘지않아 보였고 이미지가 좀 이쁘지않나?

여튼.. 문제는 2013년 이후 업데이트되지 않았다는게 좀 그런데..
모 그렇다고 실행되던게 갑자기 안되지 않으니..
설치해서 사용했었으니 사용해도 무방하다. :)


>wget https://sourceforge.net/projects/prinseq/files/standalone/prinseq-lite-0.20.4.tar.gz
>tar zxf prinseq-lite-0.20.4.tar.gz

lite 버전을 설치하려면 다음과 같은 perl 모듈을 설치해줘야 프로그램이 실행된다.
#use Data::Dumper; ###
use Getopt::Long;
use Pod::Usage;
use File::Temp qw(tempfile); #for output files
use Fcntl qw(:flock SEEK_END); #for log file
use Digest::MD5 qw(md5_hex); #for dereplication
use Cwd;
use List::Util qw(sum min max);

그리고 graph버전을 설치하려면 다음과 같은 perl모듈을 설치해줘야 하니
prinseq설치 전에 미리미리 설치하는것에 정신건강에 이롭다.
use Getopt::Long;
use Pod::Usage;
use File::Temp qw(tempfile); #for output files
use Fcntl qw(:flock SEEK_END); #for log file
use Cwd;
use JSON;
use Cairo;
use Statistics::PCA;
use MIME::Base64;
use File::Basename;
use Data::Dumper;

다른 생정보관련 프로그램을 설치했다면 대부분 설치되어있을듯...

만약 추가적인 설치가 필요하면 
cpan 실행해서 필요한 모듈 install해주면 된다능..

아니면 이런거 대신 해주는 팀원이나 부서원이 있는 회사다니시면 됩니다. :)

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