Wednesday, June 13, 2018

LASTZ 사용해보기


LASTZ Site

LASTZ README


간만에 긴 DNA 서열 두개를 alignment를 할 일이 생겨서
이것저것 찾아보다가
알게된 lastz

맨날 bwa/bowtie랑 blast만 주구장창 돌리다보니..
두개만 alignment 할때 뭘써야 하는지도 모르는 바보가 된듯.. 여튼

lastz의 전신이 blastz(ncbi의 blast랑 관련이 있는지는 모르겠고)였고
오래전에 Human이랑 Mouse 비교해봤다는 유물을 확인 할 수 있었다는게 소득이라면 소득?

lastz 설치랑 사용법이야 일단 다운받고
make && make install이나 chmod 755 lastz하면 대략 작동할것같지만
옛 유물처럼 Human vs Mouse 비교해볼요량이면 build할때
옵션좀 만져주셔야합니다.

그리고 이번에 작업하면서 알게된 놀라운 사실!!
서열에 ambiguous 서열이 있어도 비교가 가능합니다.!! @.@

--ambiguous=iupac
라는 옵션을 사용하면 비교는 해줍니다.
단, --ambiguous=n는 ambiguous base를 N으로 인지하겠다는것이 아니라는것이 함정! (>_<)

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