토요일, 7월 04, 2015

Bowtie index 생성이 잘 안된다면..


오랜만에 글씁니다.

요즘 NGS다 모다 때문에
Bowtie이 BWA이 모 이상한 aligner?mapping tool 많이 쓰시고 있죠?
(예, BLAST나 BLAT하나면 다 되던 때가 저도 그립긴 합니다. ㅋ)

근데 요녀석을 하려면 BLAST처럼 db같은거 index를 만들어 줘야합니다.
왜냐고요? 아 몰랑 검색하시면 다 나옵니다.

근데 요녀석들이 그냥
명령어 치면 다 만들면 괜찮은데
가끔씩 말 안들을 때 있습니다.

그럴땐 어떻게 해야 하나..
(서버 때려봐야 내 발만 아프고 여차하면 수천 깨집니다. 보스한테 쫓겨날수도 있고요 ㅋ)

bowtie-0.X.X인 경우 debug 프로그램이 없는듯한데
bowtie-1.X.X인 경우 bowtie-build-[l/s]-debug가 있습니다.
이거 돌려보시면 index가 정상적으로 생성되지 않는 이유를 알 수 있습니다.

그럼 그냥 늦은 밤 간만에 글 써봤습니다. :)

금요일, 12월 26, 2014

BSMAP 2.xx 설치시 error


BSMAP: whole genome bisulfite sequence MAPping program


간만에 BSMAP설치하는데 다음과 같은 에러가 딱!!
(예전에 설치할때는 에러 없었는데.. ㅠㅜ.)
param.cpp: In constructor ‘Param::Param()’:
param.cpp:8:20: error: ‘_SC_NPROCESSORS_ONLN’ was not declared in this scope  num_procs=sysconf(_SC_NPROCESSORS_ONLN);
param.cpp:8:40: error: ‘sysconf’ was not declared in this scope
  num_procs=sysconf(_SC_NPROCESSORS_ONLN);

구글링한결과

해결글


param.cpp파일에  "#include<unistd.h>" 추가해주면 되는 것였음

참 쉽죠~
내가 겪은일 해결방법 공유하면 다른 누군가는 개이득~ :)







수요일, 12월 24, 2014

메리크리스마스


모 언젠가부터 크리스마스 시즌이 된다고해서
설레이는 기대하는것이 없어지긴 했지만

그럼에도 불구하고
모두들 따뜻한 크리스마스 보내시길 바랍니다. :)

화요일, 12월 16, 2014

Cufflinks 사이트 리뉴얼??


cufflinks Hompage

오오오오오
아예 새롭게 업데이트 한줄 알았는데 그건 아니고
github로 옮기시면서 내용도 업데이트 했는지
프로토콜 클릭 했는데...

프로토콜은 자연 규칙/규약으로 슈슝~  orz
그래 잘 나와있긴 하다만... 그렇다고...
그래 내가 프로토콜 만들건 아니니 넘어가쟈~ ㅎㅎ

그냥 간만에 cufflinks때문에 머리 싸메고 있어서
뒤적거리고 있는 참에 trapnell님의 cufflinks 사이트가 이뻐진듯해서
간만에 글쓰는중.. ㅋㅋ


화요일, 9월 23, 2014

Thank you for your interest in the TGI databases.



>TGI database<

아... 안타까운 소식...

database하나가 펀딩이 끝나서 운영이 중단되었다는(맞나??) 소식이 있습니다.

2010년에 끝났는데 금년까지는 운영하다가 걍 다 내리고
ftp만 운영한다는... 아름다운(?) 소식을 전합니다.

석사시절 뻔질나게 드나들었고
석사 논문에서 Key point중 하나를 제공해준 사이트였는데
역사속으로 사라진다니 좀 아쉽네요..

수요일, 9월 03, 2014

낙태 무조건 비도덕적인가

우연치않게 본 두글

도킨스씨, 당신을 포함해 누구도 인간이 될 더 나은 자격을 갖고 있지 않습니다


낙태 트윗에 대한 리처드 도킨스의 사과문


둘다 틀린말은 하지 않고 있다는 점이 문제

자일스 신부님, 도킨스 각자의 보는 관점이 불러오는 차이가 아닐까 하다

내가 바라보는 시점
이제 결혼도 했고 애를 낳아야 되는데
아내의 나이도 초산치고는 그리 적지 않은 나이

부부가 생명공학분야 박사를 전공했고
이런 경우 이러이러 문제가 있을수 있고 모 이런 저런 확률도 있겠지
모 마음만 먹으면 대놓고 생정보분석도 할 수도 있는 상황

이런 상황에서
만약 내가분석해도 그렇고 타기관에서 수행한 검사 결과도
유전병이 있을 것 같다는 소견이다.

나같으면 어쩔까??

낙태를 안시킨다는 보장도 없다.
물론 아내의 의사도 존중하겠지만...
아이도 중요하지만 우리 부부도 중요하니깐

과연 도킨스가 임산부한테 낙태하라는 의견을 말한게 문제가 될만한가?
(낙태도 사회적으로 공분을 살만한 떡밥중 하나이긴 하다.)


공개석상에서는
"인간은 존엄하고 하나님께서 주신 생명을 함부로 할 수 없다"
이런 입바른 소리는 우리 위대한 령도자 김정은이도 할 수 있다.

근데 이런 입바른 소리하는 분들의 자식들 중에 지체장애자들이 얼마나 있는지 모르겠다.
그리고 이런 분들 중에 과연 지체장애자들과 생활을 한번이라도 제대로 해보신적은 있는지..
(나도 모 제대로 체험은 못해봤지만 단순히 곁에서 시간을 함께하는 것도 녹녹치는 않다.)

본 도킨스의 "낙태"발언 사건은
도킨스의 낙태에 관련된 발언보다는
짧은 글밖에 쓰지 못하는 트윗터로 가볍지 않은 낙태에 대한 글을 전달했다는 것이
문제인듯 하다.

짧은 글로 인해서 의미가 퇴색했고 본인의 생각이 와전되어서
이런 문제가 나왔지 도킨스의 사과(사실 내가 봐도 사과글은 아닌듯 ㅋㅋ)글을
보면 그 임산부에게 낙태를 권유할때 그냥 "아이가 유전병있으니깐 지우셈"이라고
하지는 않은듯

The truth is out there..
도킨스의 진심이 몬지 우리가 어떻게 아나 본인밖에 모르지~

목요일, 7월 10, 2014

밀라노 여행

밀라노는 이번 여행(이라고 쓰고 신혼여행이라고 이해하면됩니다.)에서
그냥 거쳐가는 수준이었고 사실 그랬다.

야간열차를 최대한 피하기 위한 꼼수 ㅎㅎ :)

그래도 이탈리아에 도착하면서부터 일단 날씨하나는 제대로 도와줬다는..

햇살이 비추는 곳에는 봄날씨를 무색하게하는 햇살이 있었고
그늘엔 그 여름날의 햇살을 식혀주는 시원한 바람이 있어서
돌아다니는데 크게 문제는 없었던듯..

다만 약간 이른 아침 시간의 기차 스케줄만 아니었으면 조금더 나은 하루일정이 었을듯..

여하튼 조그만 도시다 보니 숙소가 명소들 주의에 있으면 굳이 티켓이 필요없겠지만
관광명소와 피렌체 중앙역과는 조금 거리가 있으니 어찌되었건 교통수단은 이용할 수 밖에 없게된다.

일회권 티켓 및 하루권, 10회권 묶음 티켓 등등 여러가지가 있었는데..
힘들면 버스나 트램을 타보고자하는 유혹으로 하루권 티켓을 구매해서 사용하였다.
근데 이게 또 물건.. ㅎㅎ

밀라노에서 사용한 하루권 티켓은 택시를 제외한 밀라노내 모든 교통수단에서 사용가능한 것인데 엄밀히 말하면 하루권이 아닌 24h 이용권!
처음 사용된 시간부터 24시간이라는 당연한것이면서도 상당히 접하기 힘든 조건의 티켓이었다는 상당히 합리적인 사용 방법의 티켓이었다는..
-하루밖에 머무르지 않았던 우리에게는 참 좋은 티켓이었다는... 사용 시작이 오전 11시즈음부터여서 그 다음날 오전 11시 전까지 사용 가능.. (ㅡ,.ㅡ)b


SSPACE-Standard 3.0


오오오오..
간만에 assembly작업때문에
프로그램 다시 확인하고 있는데..
SSPACE는 언제 3.0으로 바꼈는지.. ㅎㅎ


SSPACE

SSPACE 스탠다드와 함께 Longread도 있는데..
usage보니 pac용이네...

이번에도 좀 잘 부탁한다는.. (_ _)

이번에도 두자리 한번 찍어보자.!!



목요일, 6월 26, 2014

엑셀에서 확인하는 CV


출처: Silphion System


통계작업은 보통 R을 쓰지만 급작스럽게 간단한 수치를 확인할 때는
나도 그렇고 독자도 그렇겠거니와 굳이 R 켜서 명령어 날리기 귀찮다.
(역시 나만 귀찮은거였어 그런거였어.. ㅠ.ㅜ)

그래서 엑셀을 많이 사용하는데

요즘 자주 보는 변동계수, CV (Coefficient of Variability)
자료가 얼마나 흝어져 있냐 아니냐를 판단해주는 값

엑셀에서 CV구하는 식은 다음과 같다.
=STDEV(범위)/AVERAGE(범위)x100

그럼 짠하고 나온다는 말씀.. :)







일요일, 6월 15, 2014

CD-HIT 사용하기


CD-HIT
site: cd-hit site

초간단하게 말하자면
서열들끼리 alignment해서 서로 겹쳐지는 서열이면
제일 긴 서열을 대표로 해서 중복되는 서열 제거하자 이런 거..

근데 -T 옵션을 사용해서 여러 thread를 사용할 수 있는데
"multi-threading with OpenMP is NOT Enable!!"
이라는 안내문구가 나오고 single cpu로만 된다는....

그래서 왜 그렇지 하고 OpneMP가 설치안됐나?했지만
역시나 잘 설치되어있고..

결론은 make할때 openmp=yes 하며 된다는.. :)