왕의 귀환, greengene2

어이쿠... 기억속에 잊혀져 있던 database가 우리 곁으로 다시 돌아왔네요

옛날에 metagenome 한번 해봤으면 썼었던 바로 그 db, greengene이 버전업 해서

greengene2으로 아래 논문으로 돌아왔습니다.

Greengenes2 unifies microbial data in a single reference tree

역시 우리 Rob훃아가 찬밥 신세로 있었던 greengeen을 멱살 잡고 끌고 온듯합니다.

단순히 greengene의 빈약했던 taxonomy정보만 벌크업 한것이 아닌 16S rRNA와 shotgun metagenome 결과를 비교할 수 있도록 개선했다고 합니다.

여튼 metagenome 하면서 다들 느낀 점은 시퀀싱 방법과 db가 바뀔 때 마다 결과가 왜 다르지 아니겠습니까? 이 문제를 (어느정도)해결하지 않나 싶습니다.

꼼꼼하게 보지는 않았지만 현존하는 종 db들을 싹싹 털었던듯 싶네요

WoL(Web of Life), LTP(Living Tree Project)등의 db에서 확보가능한 full length 16S rRNA 서열을 긁어모았고 쿵짝 쿵짝 하고 taxonomy는 통일을 하기 위해 NCBI체계를 따르는 LTP 정보를 GTDB(Genome Taxonomy DataBase)에 통합하였다고 합니다.  curation차이로 인해서 LTP와 GTDB간의 차이가 발생하고 종의 종보들이 누락되어 있는 것들이 있다보니 데이터가 더 풍부한 GTDB에 LTP 정보들을 통합하였다고 하네요.
(개인적으로 NCBI taxonomy 체계를 사용하고 있는데...)

여튼.. 거의 10년만의 greengene의 귀환 논문이고 (단순히) 데이터만 많았던 siliva가 긴장좀 하겠네요 ㅎㅎ 

더 자세하게 읽어 봐야하는데...

기쁜 마음에 포스트 먼저 훗..

출처: @ye._.vely618

Microbiome Database를 만들어 볼까? -GG편-

Microbiome분석을 시작하면서 많이 보게되는 DB가 두개 있습니다.
GG와 Silva입니다.

오늘은 그중에 GG즉 greengene 자료를 받아 보겠습니다.

greengene 공식 사이트는 >여기<입니다.
(잘 안들어가지는 특징이 있습니다.)

공식 greengenes 사이트의 다운로드 페이지를 가면 2013년 5월자 자료가 마지막으로 나옵니다.

근데 롭훃님의 qiime 사이트를 돌아다니다보면
2013년 8월 자료를 득템 할 수 있습니다.
>그곳링크<

위의 2013년 5월 자료와 8월 자료가 얼마나 차이가 날지는
저도 잘 모르겠습니다.

무엇을 받던 도찐개찐 ;)

아니면 이번 기회에 한번 비교 해볼까요?
- 2013년 5월과 2013년 8월 자료는 rep_set 99_otus 기준으로 동일할 것으로 보입니다.
모 그냥 쓰고 싶은거 쓰시면됩니다. (2018년 9월 8일 업데이트)

출처 JYP