Widespread Polycistronic Transcripts in Fungi Revealed by Single-Molecule mRNA Sequencing

Widespread Polycistronic Transcripts in Fungi Revealed by Single-Molecule mRNA Sequencing

간만에 읽은 저널 한편...
어느 지구정복을 꿈꾸시는 과학자분께서 운영하시는 것에 비하면 그냥 트윗터 수준임을
미리 알려드립니다.

자세히 안파해칩니다.

필요한것만 읽습니다.(제목만 보고 대충 때려맞추겠다는 심본데? 정답!!)

곰팡이중 basidiomycete fungi를 Iso-Seq을 이용하여 transcriptome 분석을 수행하였고, 우리는 기존의 short read가지고 깨작대던 님들이 못찾는거 찾는 기승전시퀀싱자랑하는 논문되겠습니다.

일단 이 논문은 JGI와 Pac이 손잡고 만들었습니다.
이 말은 곧 SMRT 비용 신경안쓰고(는 아니고 다른 연구자들보다 적게 신경썪을..) 분석에 사용하기 좋은 고 퀄러티 read들을 넉넉히 생산했을 것이기에 이런거 하고 싶다고 그냥 무작정 논문에 나온 SMRT cell 만큼 시퀀싱하시면 거지꼴 못면합니다.
suppl보시면 아시겠지만 SMRT cell 두자릿수 입니다. 앞자리가 10이 아닌건 안비밀 Orz..

복잡하고 어려운거 직접 보시면되니깐 쉬운거 말씀드리고 끝내겠습니다.

기존에 분석한 basidiomycete fungi중 Plicaturopsis crispa를 집중으로 파해쳤는데 이전까지 알고 있는 isoform 비율 10%가 아닌 한 20%정도 된다. 그리고 곰팡이도 isoform 3개 이상짜리도 엄청 많이 있음. 우리 곰팡이 무시하지 마셈.

그리고 비교셋으로 일루미나 숏-리드도 시퀀싱해서 ToFU (Transcript isOforms: Full-length and Unassemble,의 약자로 iso-seq을 분석하는 파이프라인? 시퀀싱 전략? iso-seq 결과물? 논문 보시면 아시겠지만 다양하게 사용되는것을 알수 있음)와 비교해봤는데
기승전 풉 짧은 것들은 안됨.
(하..... 지금까지 짧은것가지고 한것도 서러운데.....  ㅠ.ㅜㅋ)

여튼.. 모 검증은 해봐야하는거고 이 논문에는 RT-PCR해서 polycistronic 검증을 하긴했는데 좀더 확인해봐야 할것 같고..
새로운것 찾았다고 하고싶은 분들은 Iso-Seq 관심가지고 해보시는것도 나쁘지 않을것 같습니다.

근데 왜 너는 PacBio 관계자도 아니면서 PacBio로 실험한 논문 소개 하냐?

제 비록 제가 몸담고 있는 곳에는 PacBio가 주력이 아니지만
저는 언제나 연구자분들이 좀더 멋진 연구를 하실수 있도록 아낌없이
조언을 해드리고자 고심하는 연구자아니깐요 (캬~ 멋있다)

InterProScan Error를 대하는 방법

근래 interproscan을 돌리는데
어떤 옵션은 문제없이 작업이 진행되는데
어떤 옵션은 작업중에 주구장창 에러만 뱉어내서
내가 무엇을 잘못하는지 어리둥절하고 있었는데 은근 쉬운 문제였다는...

우선 제가 하는 작업은

1) interproscan.sh -i input.fa -appl pfam -f tsv
2) interproscan.sh -i input.fa -goterms -f tsv

1)번 command는 문제업이 계속 잘 진행
2)번 command는 미친듯이 자바에러를... ㅠ.ㅜ

그런데 역시나 그렇듯이
에러를 자세히 보면 해결할 수 있다는 :)
(문제속에 답이 있다는 드립은 아니고;; )

제가 겪은 오류의 문제는 hostname 설정만 해주면 된다는 사실
이유는 -iprlookup 때문인데.. Host를 찾을 수 없어서 쉰나게 에러를(아이 씬나~ )
그래서 /etc/hosts에 127.0.0.1에 그냥 알아서 잘 추가해주면 된답니다.

interproscan 돌리실때 에러난다고 속상해하지 마시고
에러를 잘 확인하시면 그 속에 길이 있을수 있습니다.
ps. 세그먼트 폴트가 난다면 그냥 때려치우세요..

Kmer 분석 관련 논문

간만에 뒤적이다가 Kmer 관련해서 설명된 2013년도 논문이 있어서 아실분은 아시겠지만
공유차 끄적끄적 합니다.

Estimation of genomic characteristics by analyzing kmer frequency in de novo genome projects

논문요약을 하자면

NGS의 발전으로 re-seq말고도 de novo를 하는데 short read라서 우리가 genome assembly를 잘했는지 "아 몰라요" 하지 않기위해 서열의 content frequency를 사용해서 예측하는 k-mer 분석을 해서 대략적으로라도 genome size를 확인해서 우리가 "assembly 쩔 잘했어요"를 외치는데 도움이 되는 테스트도 해봤고 소스도 있습니다. 우리 잘했죠?

모 그런 내용 되겠습니다. :)

가장맘에 들었던 figure는 error와 heterozygous에따른 Kmer 분포 였습니다.


NGS 특히 일루미나 데이터를 가지고 de novo 해보셨던 분들께서는
아마 다음과 같은 그림을 보셨을겁니다.

맨날 보는 그림이고 이그림은 시퀀싱 error를 포함하고 있는 그림입니다(1-2 depth에 peak가 무제한인게 가당키냐 한 얘기냐고요 >_< ).

다음이 이상적인 시퀀싱이 된 결과 에서 얻어질수 있는 원래 kmer 그래프 입니다(이것도 가당키나 가능한 얘기냐??).

그리고 하단의 그림은 위의 그림들을 merge하여 잘 표현해놓은 그림입니다.

그리고 마지막으로 Kmer분석하면 진짜 genome size 예측 제대로 되는거 맞어?
라는 의구심을 가지시는 분들께서는 논문 p25에 Table2. b 테이블보시면 되겠습니다.

현재 genome size가 보고된 종들에 대해서 Kmer분석을 해봤고, 어떻게 하면 그나마 실제 genome size에 가까운 Kmer 분석 결과를 얻을 수 있는지 아실수 있습니다. 그리고 보시다 싶이 genome size큰거는 (사람은 150Mb 차이가 나는데) 예측 잘 안되는거 아니냐 라고 할수 있지만 %로 보면 오차가 5%내외이니 크게 걱정하지 않으셔도 됩니다(아마추어 같이 왜그러십니까).

그리고 논문 마지막에 K-mer 분석하려면 (인간적으로) genome size에 30x 이상은 시퀀싱하자 라고 촉구하고 있습니다.

사족: 논문 맹신하지 말아라. 겪어보면 알겠지만 케바케다. 

Bowtie index 생성이 잘 안된다면..

오랜만에 글씁니다.

요즘 NGS다 모다 때문에
Bowtie이 BWA이 모 이상한 aligner?mapping tool 많이 쓰시고 있죠?
(예, BLAST나 BLAT하나면 다 되던 때가 저도 그립긴 합니다. ㅋ)

근데 요녀석을 하려면 BLAST처럼 db같은거 index를 만들어 줘야합니다.
왜냐고요? 아 몰랑 검색하시면 다 나옵니다.

근데 요녀석들이 그냥
명령어 치면 다 만들면 괜찮은데
가끔씩 말 안들을 때 있습니다.

그럴땐 어떻게 해야 하나..
(서버 때려봐야 내 발만 아프고 여차하면 수천 깨집니다. 보스한테 쫓겨날수도 있고요 ㅋ)

bowtie-0.X.X인 경우 debug 프로그램이 없는듯한데
bowtie-1.X.X인 경우 bowtie-build-[l/s]-debug가 있습니다.
이거 돌려보시면 index가 정상적으로 생성되지 않는 이유를 알 수 있습니다.

그럼 그냥 늦은 밤 간만에 글 써봤습니다. :)

BSMAP 2.xx 설치시 error

BSMAP: whole genome bisulfite sequence MAPping program


간만에 BSMAP설치하는데 다음과 같은 에러가 딱!!
(예전에 설치할때는 에러 없었는데.. ㅠㅜ.)

param.cpp: In constructor ‘Param::Param()’:

param.cpp:8:20: error: ‘_SC_NPROCESSORS_ONLN’ was not declared in this scope  num_procs=sysconf(_SC_NPROCESSORS_ONLN);

param.cpp:8:40: error: ‘sysconf’ was not declared in this scope

  num_procs=sysconf(_SC_NPROCESSORS_ONLN);

구글링한결과

해결글


param.cpp파일에  "#include<unistd.h>" 추가해주면 되는 것였음

참 쉽죠~
내가 겪은일 해결방법 공유하면 다른 누군가는 개이득~ :)

메리크리스마스

모 언젠가부터 크리스마스 시즌이 된다고해서
설레이는 기대하는것이 없어지긴 했지만

그럼에도 불구하고
모두들 따뜻한 크리스마스 보내시길 바랍니다. :)

Cufflinks 사이트 리뉴얼??

cufflinks Hompage

오오오오오
아예 새롭게 업데이트 한줄 알았는데 그건 아니고
github로 옮기시면서 내용도 업데이트 했는지
프로토콜 클릭 했는데...

프로토콜은 자연 규칙/규약으로 슈슝~  orz
그래 잘 나와있긴 하다만... 그렇다고...
그래 내가 프로토콜 만들건 아니니 넘어가쟈~ ㅎㅎ

그냥 간만에 cufflinks때문에 머리 싸메고 있어서
뒤적거리고 있는 참에 trapnell님의 cufflinks 사이트가 이뻐진듯해서
간만에 글쓰는중.. ㅋㅋ

Thank you for your interest in the TGI databases.

>TGI database<

아... 안타까운 소식...

database하나가 펀딩이 끝나서 운영이 중단되었다는(맞나??) 소식이 있습니다.

2010년에 끝났는데 금년까지는 운영하다가 걍 다 내리고
ftp만 운영한다는... 아름다운(?) 소식을 전합니다.

석사시절 뻔질나게 드나들었고
석사 논문에서 Key point중 하나를 제공해준 사이트였는데
역사속으로 사라진다니 좀 아쉽네요..

낙태 무조건 비도덕적인가

우연치않게 본 두글

도킨스씨, 당신을 포함해 누구도 인간이 될 더 나은 자격을 갖고 있지 않습니다


낙태 트윗에 대한 리처드 도킨스의 사과문


둘다 틀린말은 하지 않고 있다는 점이 문제

자일스 신부님, 도킨스 각자의 보는 관점이 불러오는 차이가 아닐까 하다

내가 바라보는 시점
이제 결혼도 했고 애를 낳아야 되는데
아내의 나이도 초산치고는 그리 적지 않은 나이

부부가 생명공학분야 박사를 전공했고
이런 경우 이러이러 문제가 있을수 있고 모 이런 저런 확률도 있겠지
모 마음만 먹으면 대놓고 생정보분석도 할 수도 있는 상황

이런 상황에서
만약 내가분석해도 그렇고 타기관에서 수행한 검사 결과도
유전병이 있을 것 같다는 소견이다.

나같으면 어쩔까??

낙태를 안시킨다는 보장도 없다.
물론 아내의 의사도 존중하겠지만...
아이도 중요하지만 우리 부부도 중요하니깐

과연 도킨스가 임산부한테 낙태하라는 의견을 말한게 문제가 될만한가?
(낙태도 사회적으로 공분을 살만한 떡밥중 하나이긴 하다.)


공개석상에서는
"인간은 존엄하고 하나님께서 주신 생명을 함부로 할 수 없다"
이런 입바른 소리는 우리 위대한 령도자 김정은이도 할 수 있다.

근데 이런 입바른 소리하는 분들의 자식들 중에 지체장애자들이 얼마나 있는지 모르겠다.
그리고 이런 분들 중에 과연 지체장애자들과 생활을 한번이라도 제대로 해보신적은 있는지..
(나도 모 제대로 체험은 못해봤지만 단순히 곁에서 시간을 함께하는 것도 녹녹치는 않다.)

본 도킨스의 "낙태"발언 사건은
도킨스의 낙태에 관련된 발언보다는
짧은 글밖에 쓰지 못하는 트윗터로 가볍지 않은 낙태에 대한 글을 전달했다는 것이
문제인듯 하다.

짧은 글로 인해서 의미가 퇴색했고 본인의 생각이 와전되어서
이런 문제가 나왔지 도킨스의 사과(사실 내가 봐도 사과글은 아닌듯 ㅋㅋ)글을
보면 그 임산부에게 낙태를 권유할때 그냥 "아이가 유전병있으니깐 지우셈"이라고
하지는 않은듯

The truth is out there..
도킨스의 진심이 몬지 우리가 어떻게 아나 본인밖에 모르지~

밀라노 여행

밀라노는 이번 여행(이라고 쓰고 신혼여행이라고 이해하면됩니다.)에서
그냥 거쳐가는 수준이었고 사실 그랬다.

야간열차를 최대한 피하기 위한 꼼수 ㅎㅎ :)

그래도 이탈리아에 도착하면서부터 일단 날씨하나는 제대로 도와줬다는..

햇살이 비추는 곳에는 봄날씨를 무색하게하는 햇살이 있었고
그늘엔 그 여름날의 햇살을 식혀주는 시원한 바람이 있어서
돌아다니는데 크게 문제는 없었던듯..

다만 약간 이른 아침 시간의 기차 스케줄만 아니었으면 조금더 나은 하루일정이 었을듯..

여하튼 조그만 도시다 보니 숙소가 명소들 주의에 있으면 굳이 티켓이 필요없겠지만
관광명소와 피렌체 중앙역과는 조금 거리가 있으니 어찌되었건 교통수단은 이용할 수 밖에 없게된다.

일회권 티켓 및 하루권, 10회권 묶음 티켓 등등 여러가지가 있었는데..
힘들면 버스나 트램을 타보고자하는 유혹으로 하루권 티켓을 구매해서 사용하였다.
근데 이게 또 물건.. ㅎㅎ

밀라노에서 사용한 하루권 티켓은 택시를 제외한 밀라노내 모든 교통수단에서 사용가능한 것인데 엄밀히 말하면 하루권이 아닌 24h 이용권!
처음 사용된 시간부터 24시간이라는 당연한것이면서도 상당히 접하기 힘든 조건의 티켓이었다는 상당히 합리적인 사용 방법의 티켓이었다는..
-하루밖에 머무르지 않았던 우리에게는 참 좋은 티켓이었다는... 사용 시작이 오전 11시즈음부터여서 그 다음날 오전 11시 전까지 사용 가능.. (ㅡ,.ㅡ)b