getopts.pl 이 없다면!!!

perl script를 실행시킬때 Can't locate getopts.pl 이라는 에러가 났을때

당신의 OS가 우분투라면?

apt-get install libperl4-corelibs-perl

로 해결가능합니다. orz

CPAN이용해서 Perl 모듈 설치하기

Circos를 설치하기 위해서 perl 모듈 설치에 좀더
편하게 하는 방법이 있어서.... ㅎㅎ

CPAN (Comprehensive Perl Archive Network)는 각종 perl 모듈이
모아져 있는 사이트인데 perl 5.8이후부터 cpan이라는 명령어를 지원하여
보다 편리하게 perl 모듈들을 설치할 수 있게 되었다.
(윈도우의 cgwin은 역시 잘 안된다능;;;; )

5.8 이전의 경우
$perl -MCPAN -eshell
또는
5.8 이후
$cpan

이라고 명령어를 실행시키면 처음에 실행시키면 이것저거 무엇을 한다고 하고
 [yes]를 입력하면 알아서 작업을 한후 cpan이라는 프롬프트를 보여줍니다.
cpan>install 모듈명
으로 쉽게 설치 우후훗...

Finding Homo Polymeric

출처: Finding homopolymer stretches in contigs

필요에 의해서 perl로 있는거 이용해서 약간 수정

$ vi findingHomopolymer.pl

$file = $ARGV[0];
open(data,$file);
$s = <data>;
$min = 4;


while ( $s =~ /(A{$min,}|T{$min,}|G{$min,}|C{$min,})/g) {
   $end = pos($s);
   $start = $end - length($1) + 1;
   print "$start, $end, $1 \n";
}

$ perl findingHomopolymer.pl seq.fa

※주위: seq.fa에는 서열만 한줄로 있어야 작동합니다.
fasta 폼 이런거 인식 못합니다. ㅋ