출처: Finding homopolymer stretches in contigs
필요에 의해서 perl로 있는거 이용해서 약간 수정
$ vi findingHomopolymer.pl
$file = $ARGV[0];
open(data,$file);
$s = <data>;
$min = 4;
while ( $s =~ /(A{$min,}|T{$min,}|G{$min,}|C{$min,})/g) {
$end = pos($s);
$start = $end - length($1) + 1;
print "$start, $end, $1 \n";
}
open(data,$file);
$s = <data>;
$min = 4;
while ( $s =~ /(A{$min,}|T{$min,}|G{$min,}|C{$min,})/g) {
$end = pos($s);
$start = $end - length($1) + 1;
print "$start, $end, $1 \n";
}
$ perl findingHomopolymer.pl seq.fa
※주위: seq.fa에는 서열만 한줄로 있어야 작동합니다.
fasta 폼 이런거 인식 못합니다. ㅋ
