AGP convert

글을 작성하면서 작성하다가 미루다 미루다 못올린 글들이 있는데

와.... 한... 10년전 기록인데 지금도 사용하고 있는지는 모르겠는데... 그래도 혹시나 모르시 한번 올려봅니다. :) 

--

이번에 paired-end와 mate-paired로 raw data로
assembly할 기회가 있어서 assembly하고 gene prediction(annotation) 작업 후
NCBI submission하는데 기존에 upload랑 다른 점이 있다면..
그거슨 AGP !!!!

모 딱히 Assembly Gap Protocol의 약자로 생각하시는 그 AGP아닙니다. 고갱님 (AGP 아시면 와... 일단 영포티 )

>AGP 2.0 Spec<

ALLPATH-LG같은 경우 AGP를 생성해 주는 것으로 알고 있는데
본인의 경우 SOAPdenovo로 assembly했기에.. agp 그런거 자동으로 안만들어줘서
scaffolds파일 사용해서 agp 파일 만드는 스크립트 제작했습니다.

스크립트는 >여기< 에서 확인하실 수 있습니다.

이 스크립트는 사실 필요할지 모르겠습니다. 요즘에 NCBI에 assembly 데이터를 업로드 할 때 AGP 파일을 함께 업로드 하는지... 거기다 10년전 작성한 글을 심폐소생한 것이라서 이 스크립트 사용해 주의를 하시기 바랍니다. :)

출처: @ye._.vely618