너도 AB1파일가지고 pdf 만들수 있어 (3)

대망의 너도 AB1파일을 가지고 pdf 만들수 있어 그 마지막 포스팅되겠습니다. !!

너도 AB1파일가지고 pdf 만들수 있어 (1)

너도 AB1파일 가지고 pdf 만들 수 있어 (2)

와우 위의 글을 언제 포스팅을 했었는지도 모르겠네요 :)

여튼 그래서 이제 좀 포맷팅된 결과물(pdf)을 생성하는 파이썬 스크립트를 작성해봤습니다.

github: create_AB1toPDF.py

예전에는 ABI3730에서 나오는 ab1파일을 핸들링 할 수 있는 별도의 파이썬 라이브러리가 있었던 것으로 기억하는데 지금은 Biopython내의 SeqIO 라이브러리를 사용해서 ab1 파일에 접근 할 수 있었습니다.

일단 ab1 파일안에 샘플 이름과 Run 정보들이 포함되어 있기에 있는 정보를 보여주도록 했고, 염기서열과 각 염기서열의 peak를 각 페이지마다 3개씩 보이도록 했습니다. 

당연히 파이썬 코드내 height를 수정하면 1장 페이지 안에 염기서열 peak 정보를 2개만, 혹은 4단락이 보이도록 할 수 있으니 코드를 잘 수정하면됩니다.

이번에 생성한 결과 파일 

이전에 만들었을 떄는 각 염기서열의 품질 바를 표시 하지 않았는데 이번에는 LLM을 사용했기에 그냥 보여주도록 했습니다. :) (파란색 바)

기본적으로 코드가 복잡하지 않으니 필요하시면 잘 활용하시면 될 듯 합니다. :)

출처: @ye._.vely618