NCBI기반의 분류데이터를 손쉽게 다루는 방법

NCBI의 taxonomy 데이터는 드려다 보신 분들은 아시겠지만 환장의 도가니라고 할 수 있죠

그래서 보다 못한 호주의 어느 용자께서 NCBI의 taxonomy 데이터를 처리할 수 있는 스크립트를 개발하셔서 github에 올려주셨습니다. 물론 논문도 투고하셨고요

이름하여 ncbi-taxonomist, NCBI 분류학자라니.. Orz

Collecting and managing taxonomic data with NCBI-taxonomist

doi: https://doi.org/10.1093%2Fbioinformatics%2Fbtaa1027

여튼 재미있는 기능 중 하나가 NCBI의 nucleotide이든 protein이든 accession을 입력하면 이 accession의 taxonomy 정보를 알려준다는 것입니다.

물론 NCBI 분류학자답게 NCBI의 taxonomy ID과 종 이름(약간의 오타가 있어도, 그 오타가 NCBI에 등록되어 있다면)로도 검색할 수 있습죠.

accession 정보를 이용하여 taxonomy 정보를 파악하는게 생각보다 번거로운 작업인데 ncbi-taxonomist에서 명령어 한번 때려주면 호로록 검색해서 결과를 알려줍니다.

여튼 오늘은 간단한 기능을 보여주는 tool을 소개하였는데
밤새 태풍에 무탈하시기 바랍니다. :)

출처: @ye._.vely618