CUTADAPT 사용설명서

cutadapt는 현재 1.9.1이 최신판으로

cutadapt guide에 설치에서부터 사용법
A to Z까지 너무나도 자세히 잘  소개되어 있습니다.
2011년에 논문도 있고

여튼..

cutadapt --help하시면 잘나오고
이 URL을 보시면 옵션에 따라 어느 위치의 adapter를 제거해주는지
어떤 방식으로 제거해 주는지 잘 나와있습니다.

-a,-g,-b 옵션이 adapter를 확인하고 remove하는 위치를 선정하는 중요한 옵션입니다.

single-end인 경우에는 cutadapt 사용시 큰 문제는 없지만
paired-end인 경우 cutadapt 사용시 다음과 같이 사용해야 합니다.

$cutadapt -a adapt_seq -A adapt_seq -o out_1.fq -p out_2.fq in_1.fq in_2.fq
-g, -b를 paired-end에서 사용하려면 -g -G, -b -B를 사용하시면됩니다.
-u는 일정한 길이로 cutting하는 옵션인데 second에서도 적용되게 하려면 -U를 사용하시면된다고 합니다.