간만에 RNAseq 분석 해보기 -Align-

이번 글은 Align하는 명령어 편! 되겠습니다.

HISAT2

$ ~/hisat2/hisat2 -p num_thread -x /path/to/reference_index --known-splicesite-infile /path/to/splicesite_file --tmo -1 /path/to/pair_1.fastq.gz -2 /path/to/pair_2.fastq.gz | samtools view -Sb - | samtools sort -m memory -@ num_thread - output.sortByCoord
혹은
$~/hisat2/hisat2 -p num_thread -x /path/to/reference_index --known-splicesite-infile /path/to/splicesite_file --dta
-1 /path/to/pair_1.fastq.gz -2 /path/to/pair_2.fastq.gz | samtools view -Sb - | samtools sort -m memory -@ num_thread - output.sortByCoord
혹은
$~/hisat2/hisat2 -p num_thread -x /path/to/reference_index --known-splicesite-infile /path/to/splicesite_file --dta-cufflinks -1 /path/to/pair_1.fastq.gz -2 /path/to/pair_2.fastq.gz | samtools view -Sb - | samtools sort -m memory -@ num_thread - output.sortByCoord

--tmo : Known transcript에 대해서만...

--dta : StringTie를 사용할 경우...

--dta-cufflinks : cufflinks를 사용할 경우...
인것같은 설명이 되어 있는 옵션입니다.

자세한 설명은 메뉴얼 사이트로... (일단 3가지 다 돌리는 걸로)

STAR

$ ~/STAR/STAR --runMode alignReads --genomeDir /path/to/reference_idx --runThreadN num_thread --outSAMtype BAM SortedByCoordinate --outWigType wiggle read1_5p --sjdbGTFfile /path/to/gtf --outBAMsortingThreadN num_thread --readFilesCommand gunzip -c --readFilesIn /path/to/pair_1.fq.gz /path/to/pair_2.fq.gz --outFileNamePrefix /path/to/output/prefix_ --quantMode TranscriptomeSAM --limitBAMsortRAM num_memory

자세한 설명을 원하시면 이곳으로!!

Kallisto

~/kallisto/kallisto quant -i reference_idx -o /path/to/output_dir --bias -t num_thread /path/to/pair_1.fq.gz /path/to/pair_2.fq.gz

Kallisto 메뉴얼은 여기로...


Salmon

~/salmon/salmon quant -i reference_idx -p num_thread -l A -o /path/to/output_dir --validateMappings --seqBias -1 /path/to/pair_1.fq.gz -2 /path/to/pair_2.fq.gz

보다 자세한 설명은 그곳으로..

Align에 필요한 명령어는 이정도면....  현재 명령어에는 각 tools에서 strand specific reads에 대한 옵션은 생략되어 있으니 library를 strand specific으로 했으면 해당 옵션을 활성화 하면됩니다. :) 저는 strand specific한 데이터가 아니라서... ㅎㅎ

출처: JYP