그럼 qiime2가 무엇이냐 우리 롭 훃님께서 만든 microbiome분석 파이프라인,
아니 파이프라인을 뛰어넘어 토탈 분석 패키지(?)이라고 할 수 있는 툴입죠.
*토탈패키지라고까지 얘기하는 이유는 qiime1을 사용해보신 분이라면 감동의 눈물이.. ㅋ
Core Concepts는...
qiime2는 qza, qzv와 같은 독자적인 파일 형식을 지원하고 있네요
qiime1에서는 듣도보지도 못한.. 개념이라서 처음에 artifacts라는 단어를 보고
artifacts는 제거해야 제맛아니겠슴까 했는데.. ( ' ')
일단 간단히 qiime2는 qiime1과 달리 지저분하게 파일을 만들지 않고 qza, qzv 두개의 파일로 관리를 시도 하고 있습니다.
qza는 텍스트 파일을 조금더 관리가 용이하도록 json이나 table 형식으로 만든것 같고
qzv는 시각화 파일로 plot이나 그래프를 나름에 규격에 맞게 qza파일과 같이 구조화된 형식으로 만들어놓고 시각화하기 편리하도록 구현해 놓았다고 보면 될것 같습니다.
https://view.qiime2.org라는 사이트를 운영해서 qzv파일만 있으면 언제든지 확인 할 수 있도록 만든것 보면 예상 가능하죠. 어느 멍청한 놈이 만들어도 우리 사이트에 qzv파일 올리면 내용 볼수 있게 우리가 만들었어 라고 하고 있죠.
그래서 qiime2 처음 나왔을때 상용화하려고 하려나 하는 생각을 했음죠
예전에는 그냥 순수 bio업자들에게 친숙하지 않은 plain txt파일이나 csv파일만
디립다 생성하고 있는데 파일 내용을 굳이 보여주지 않지만
웹페이지에 파일 가져다 놓으면 이쁜 그림이 뙇!!
두번째로 공식적으로 plugin을 사용하여 확장성을... (이것 또한 상용화의 냄새가...)
잡았다고 얘기하고 싶겠지만... 일단 제가 qiime2를 한번도 안써봐서
모 내머리에서 번뜩 생각나는 것들인 이미 plugin으로 만들어놨을듯한..
어차피 루틴하게 쓸만한 plugin은 이미 다 있을테니 가져다가 사용하면 될듯 합니다.
plugin개발하고 싶으시면 >> 여기로 (전 너님이 개발하면 유용하게 쓰겠습니다. ㅎㅎ )
모 처음으로 qiime2 첫 페이지를 읽어 보았습니다.
다음에는 install qiime2를 해보고 싶은데..
사용할수 있는 서버가 닫혀있어서...
테스트를 해볼 수가 없네요 ㅎㅎ :)
여튼 사적으로 접근 가능한 서버가 열리면 한번 테스트해서 자세한 리뷰한번 해보는걸로 :)
ps. 이제 고대 유물이 된 qiime1 base로 만든 파이프라인은 어디에 팔아먹나...
 |
| 출처: SM |
