Ubuntu에서 cummeRbund 설치시 주의 사항

Ubuntu에서 RNAseq 분석 후 비주얼라이제이션 관련해서
(저는 사용하고 있습니다. ㅋ) 사용하고 있으신
cummeRbund 패키지를 설치하실라 치면 XML 에러가 생기는 것을 확인 하실 수 있습니다.

XML관련 라이브러리가 Ubuntu에 없어서 그렇다고 하네요.. ㅎㅎ

Ubuntu 10대에서 사용하던 방법인데 13에서도 먹힘니다. :)

참고 사이트 R-help

또한 XML과 함께 RCurl설치시 에러가 생기는 경우도 비슷합니다. :)
다음과 같이 라이브러리를 설치하시면 아름다운 설치 결과를 보실  수 있으십니다. ㅎㅎ

> sudo apt-get install libxml2-dev

> sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

잠시 헤매고 있었는데...
구글에 검색하니.... 해결 방법이 뙁~!!!

JGI Project List

DOE산하 JGI의 프로젝트 페이지를 가보면
헐... 이라고 보일수도 있습니다만...
2014년에 새 프로젝트 레폿 시스템을 구축중에 있다니깐.. ㅎㅎ

제가 오늘 포스팅할 내용은
JGI에서 진행하고 있는 프로젝트들은 어떤게 있는지..
걍 한번 R로 그래프 그려봤습니다.
좀더 이쁜 그래프들을 많이 그릴수 있을것 같은데..
실력이 미천한지라.. ㅎㅎ

음.. 잘 보일지는 모르겠지만...
(JGI에서 export된 파일을 받아보면 아시겠지만 공란이 은근 많습니다.)
DOE산하 연구소답게 동물보다는 확실히 미생물이나 곰팡이/식물 프로젝트를
많이 진행하고 있는듯 합니다.
(archaea의 오타는... ㅋ 데이터가 원래 저러다 보니.. ㅋ)
곰팡이가 좀 증가한것처럼 보이는데..
저건 아마도 F1000의 영향인것 같네요..

위의 그래프는 JGI 프로젝트들 중 곰팡이 관련 프로젝트가  현재 어떤 상태로
있는지 보여주는 그래프 입니다. 예전에 시작했던 프로젝트들은 역시나 완료되어있습니다.(중간에 살짝 미확인 결과도 있긴 합니다만....)

다음에는 좀더 이쁘게 그래프를 그릴수 있기를 기대하며... :)

RStudio IDE Server 설치기

RStudio IDE (Server)

잘 알려지고 널리 쓰여지고 있는 통계프로그램인 R을 
좀더 편리하게 사용할 수 있게 해주는 IDE 프로그램입니다.
오늘 말하려는것은 Desktop용이 아닌 Server용

처음에 이해한건 고성능 서버에 RStudio Server를 설치하고
데스크탑에는 RStudio Desktop라는 Client를 설치해서 사용하는 줄 알았는데..
하.... 그게 아니었더군요..;;;

걍 Desktop은 내 컴퓨터의 있는 R을 인식해서 좀더 사용하기 편하게
IDE로 보여주는 것으로 역할이 끝!!
-괜히 깔았어.... ㅎㅎ

여하튼...
R과 RStudio를 설치하면서...
좀 삽질을 하는 관계로..
R을 설치하는데 libR.so가 없어서 고생을..
그것도 개고생을... 별것도 아닌것이...

그래서 어쩔수 없이 현재 최신버전인 R-2.15.2는 사용못하고
rpm버전으로 제공되는 R-2.14.1을 사용해서 해결했다죠..
나중에 시간되면 R-2.15.2로 업그레이드 작업도 한번 할 예정입니다. ㅎㅎ

역시 설치할때 메뉴얼 숙지는 필수인데
저처럼 친절하지 않습니다. :)

R과 RStudio를 다운로드 받은 rpm으로  설치를 잘 마무리하고
실행시키는데 /usr/include 폴더 밑에 R 헤더파일이 없다고 투덜투덜투덜..

그래서 R 소스파일을 대충 컴파일해서 거기서 나오는 헤더파일을
해당 폴더에 샤샤샥 복사~ (컴파일한 파일은 제거~)

그리고 서버와 세션 설정 파일을 작성한후 구동시키면 끝~ :)
(example파일로 설정 파일을 제공하는 줄 알았는데;; 헐.... 걍 관리자가 파일 만들어서 하면 된다는... 이건 모.. ㅎㅎ)

아.. RStudio Server의 경우 웹서버를 구동하기 때문에
기존에 80포트를 사용하거나 추후에 웹서버를 운영할 게획이 있으신 분께서는
포트 변경해서 RStudio를 구동  시키시면 됩니다. :)

이렇게 위의 일련의 작업들을 정상적으로 잘 마무리하시고
URL란에 http://<server-ip>:<port>와 같이 입력하시고
엔터를 치시면 다음과 같은 화면을 웹브라우저를 통해서 확인하실 수 있습니다. :)

아.. user id와 passwd는 system account을 그대로 사용합니다. :)

RStudio (Server)의 장점은
고성능 서버의 자원을 사용해서
내 컴퓨터(모바일기기를 포함해서 웹브라우저가 되는 기기면)에서 작업하기 어려운
대규모(혹은 간단한) 통계작업이나 분석 작업을 진행할수 있다는 점~
그리고 plot, graph도 볼 수 있다는 점이라고 말씀드릴 수 있겠습니다. 고갱님~ :)

Linux에서 R Library 설치

Windows가 아닌 Linux에 ssh로 접속해서
R 라이브러리를 설치하거나 업데이트 하는 경우


>packageStatus()
--원하는 CRAN mirror를 선택한다
  개인적으로 Thukuba를 선호한다.
  근래 Beijing이나 Guangzhou도 선호한다.
>update.packages(ask=FALSE)
-패키지 설치시 확인을 안한다., 이거 언제 'y' 누르고 있어..;;

Bioconductor 설치 및 업데이트
>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
>biocLite() //biocLite(groupName="all")
>update.packages(repos=biocinstallRepos(),ask=FALSE)

Monograph 설치 및 업데이트
[Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor] 의 예제를 하기위해 필요한 Library를 한번에 설치 할 수 있음.
>source("http://bioconductor.org/getMonograph.R")
>getMonograph()

Sequence Analysis 관련 설치
>source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
>biocLite("ShortRead")

High Throughput Assays 관련 설치
>source("http://bioconductor.org/getMonograph.R")
>biocLite("flowCore")

RAN-seq 분석 관련 설치
>source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
>biocLite("DESeq")

일반 패키지 설치시 명령어
>install.packages("packages name")
-패키지 설치시 필요한 패키지가 더 있으면 알아서 설치

R에서 Seq Logo 사용

출처: Manual 사이트

여기저기 기웃기웃거리면서 pdf 보던중

R에서 Seq Logo를 그릴 수 있어서 끄적끄적... ㅎㅎ

library(seqLogo)

#seqLogo란 라이브러리 설치는 해주시고..

pwm <- PWM(DNAStringSet(c("GGT","GGT","GCA","GGA")))

seqLogo(t(t(pwm)*1/colSums(pwm)))

그러면 seqLogo가 이뿌게 나옵니다. ㅎㅎ