오늘은 간단히 MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis) 사용법 중
Multi Fasta Sequence가지고 Alignment하고 Phylogenetic tree를 그리는 것에 대해서
간단히 알아보도록 하자. :)
MEGA 사이트에서 알아서 개인정보를 팔아서 다운로드를 받던지 주위에 이미 받아논
지인에게 달라고 해서 얻기를 바란다.
일단 설치 후 실행 시키면 다음과 같은 화면을 접할 수 있다.
Alignment하고 싶은 파일을 Open하도록 하자.
위의 [Open A File/Session ...]을 클릭하게 되면 다음과 창이 뜨게되며 알맞은 파일을 선택하면 된다.
알맞은 파일을 선택 한 후 [열기]를 선택하면 다음과 같은 창이 뜨게 되는데 당황하지 말고 걍 [Align] 버튼을 클릭하면된다. :)
[Align]버튼을 클릭하면 다음과 같이 보여지게 된다.
이제 Align을 해보도록 하자. Alignment 프로그램 중에 Clustalw를 사용하도록 하자.
다음과 같은 [Alignment] -> [Align by ClustalW]를 클릭하면 된다.
만약 서열들을 선택해주지 않았다면 다음과 같은 경고창이 보이게 된다. 이때에는 [OK] 버튼을 클릭하면 된다.
이제 ClustalW를 실행시키기 위한 Parameter를 설정하게 되는데 사실 건드릴 일이 그렇게 있을까? 필요하면 기호에 맞게 수정해서 사용하시길...
Protein Weight Matrix만 잘 사용하면 크게 문제가 없을 것으로 보인다.
Parameter설정 후 [OK] 버튼을 클릭하면 다음과 같이 Alignment를 수행하게 된다.
단, 서열이 많을 수록 소요 시간은 기하급수적으로 늘어난다는 점만 주의하시길..
MEGA에서는 MEGA만의 저장 format를 지원하는데 Alignment된 결과를 포함하여 저장하기 때문에 naming rule을 잘 정의해서 사용하면 동일한작업을 두번 할 필요가 없게 된다.
아래 그림은 Alignment 결과를 저장하는 MEGA Aln 포맷은 mas로 저장하는 그림이다.
Alignment를 하였다면 대게 Phylogenetic tree까지 그리고자 할 것이다.
그리기 위해서는 mas파일이 아닌 MEGA Format 파일이 필요하다. 이것은 Alignment를 수행 한 창에서 [Data] -> [Export Alignment] -> [MEGA Format]를 클릭하면 MEGA 포맷으로 저장할 수 있다.
드디어 Phylogenetic tree그리는 시간이다. :)
MEGA Main 화면에서 [Analysis] -> [Phylogeny] 선택 후 기호에 맞는, 상황에 맞는 방법을 선택하여 Tree를 생성하면된다. :)
위의 순서대로 Method를 선택 한 후 MEGA format의 파일을 열면 다음과 같은 Parameter 설정 창이 보이게 되된다. 여기서도 본인 분석에 맞게 설정하여 작업하면 트리가 나오게 된다.
그럼,
Good Luck. :)
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