Bowtie index 생성이 잘 안된다면..

오랜만에 글씁니다.

요즘 NGS다 모다 때문에
Bowtie이 BWA이 모 이상한 aligner?mapping tool 많이 쓰시고 있죠?
(예, BLAST나 BLAT하나면 다 되던 때가 저도 그립긴 합니다. ㅋ)

근데 요녀석을 하려면 BLAST처럼 db같은거 index를 만들어 줘야합니다.
왜냐고요? 아 몰랑 검색하시면 다 나옵니다.

근데 요녀석들이 그냥
명령어 치면 다 만들면 괜찮은데
가끔씩 말 안들을 때 있습니다.

그럴땐 어떻게 해야 하나..
(서버 때려봐야 내 발만 아프고 여차하면 수천 깨집니다. 보스한테 쫓겨날수도 있고요 ㅋ)

bowtie-0.X.X인 경우 debug 프로그램이 없는듯한데
bowtie-1.X.X인 경우 bowtie-build-[l/s]-debug가 있습니다.
이거 돌려보시면 index가 정상적으로 생성되지 않는 이유를 알 수 있습니다.

그럼 그냥 늦은 밤 간만에 글 써봤습니다. :)

BSMAP 2.xx 설치시 error

BSMAP: whole genome bisulfite sequence MAPping program


간만에 BSMAP설치하는데 다음과 같은 에러가 딱!!
(예전에 설치할때는 에러 없었는데.. ㅠㅜ.)

param.cpp: In constructor ‘Param::Param()’:

param.cpp:8:20: error: ‘_SC_NPROCESSORS_ONLN’ was not declared in this scope  num_procs=sysconf(_SC_NPROCESSORS_ONLN);

param.cpp:8:40: error: ‘sysconf’ was not declared in this scope

  num_procs=sysconf(_SC_NPROCESSORS_ONLN);

구글링한결과

해결글


param.cpp파일에  "#include<unistd.h>" 추가해주면 되는 것였음

참 쉽죠~
내가 겪은일 해결방법 공유하면 다른 누군가는 개이득~ :)

메리크리스마스

모 언젠가부터 크리스마스 시즌이 된다고해서
설레이는 기대하는것이 없어지긴 했지만

그럼에도 불구하고
모두들 따뜻한 크리스마스 보내시길 바랍니다. :)

Cufflinks 사이트 리뉴얼??

cufflinks Hompage

오오오오오
아예 새롭게 업데이트 한줄 알았는데 그건 아니고
github로 옮기시면서 내용도 업데이트 했는지
프로토콜 클릭 했는데...

프로토콜은 자연 규칙/규약으로 슈슝~  orz
그래 잘 나와있긴 하다만... 그렇다고...
그래 내가 프로토콜 만들건 아니니 넘어가쟈~ ㅎㅎ

그냥 간만에 cufflinks때문에 머리 싸메고 있어서
뒤적거리고 있는 참에 trapnell님의 cufflinks 사이트가 이뻐진듯해서
간만에 글쓰는중.. ㅋㅋ

Thank you for your interest in the TGI databases.

>TGI database<

아... 안타까운 소식...

database하나가 펀딩이 끝나서 운영이 중단되었다는(맞나??) 소식이 있습니다.

2010년에 끝났는데 금년까지는 운영하다가 걍 다 내리고
ftp만 운영한다는... 아름다운(?) 소식을 전합니다.

석사시절 뻔질나게 드나들었고
석사 논문에서 Key point중 하나를 제공해준 사이트였는데
역사속으로 사라진다니 좀 아쉽네요..