건강한 음식은 장에서 끝나지 않습니다.

오늘은 기존에 제가 올렸던 내용에서는 살짝 벗어난 후성 유전체학 얘기를 잠깐 하려고합니다.

이 논문은 20년도에 나온 논문이고 제목은 Nutritional Epigenomics and Age-Related Disease 입니다. 

DOI는 10.1093/cdn/nzaa097 입니다.

내용은 식단(좀더 정확하게는 영양소)에 따라 우리 몸속의 genome의 DNA methylation의 패턴이 변화하는데 이 methylation 변화가 영양소마다 특징이 있었고 나이(노화)와 관련된 질병과 관계있으니 건강한 노후 생활을 제공하고 공중 보건 정책에  긍정적인 영향을 미칠 수 있으면 좋겠다 정도로 요약할 수 있을 듯합니다.

좀더 자세하고 읽기 쉬운 내용은 clova-x와 chatGPT에 맡겨보았습니다. 이제 chatGPT에 URL 대신에 file을 업로드 할 수 있으니 헛소리를 덜하게 되어서 좋은것 같더라구요 ㅎㅎ 

clova-x

제목: 식단과 DNA methylation의 관계

최근 연구에 따르면, 식단이 DNA methylation에 영향을 미칠 수 있다는 사실이 밝혀졌습니다. DNA methylation은 유전자의 발현을 조절하는 중요한 역할을 하며, 암, 당뇨병, 심혈관 질환 등 다양한 질병과 관련이 있습니다.

엽산, 비타민 B12, 비타민 D, 오메가-3 지방산, 식이섬유 등의 영양소는 DNA methylation에 영향을 미치는 것으로 알려져 있습니다. 이러한 영양소가 부족하면 DNA methylation에 변화가 생겨 암 발생 위험이 증가할 수 있습니다.

식단을 통해 DNA methylation을 조절하는 것은 암이나 노화를 예방하는 데 도움이 될 수 있습니다. 예를 들어, 엽산이 풍부한 시금치, 브로콜리, 아보카도 등을 섭취하거나, 비타민 D가 풍부한 연어, 참치, 계란 등을 섭취하는 것이 좋습니다.

식단을 조절하는 것은 쉽지 않은 일입니다. 개인의 체질과 건강 상태에 따라 적절한 식단을 구성해야 합니다. 전문가의 조언을 듣는 것이 중요합니다.

DNA methylation의 변화를 모니터링하여 질병의 예방 및 치료에 활용할 수 있습니다. 예를 들어, DNA methylation 검사를 통해 암 발생 위험을 예측하거나, DNA methylation을 조절하는 약물을 개발하는 것이 가능합니다.

식단과 DNA methylation의 관계는 아직까지 많은 연구가 필요한 분야입니다. 앞으로 더 많은 연구가 진행되어, 더욱 정확한 정보가 제공될 것으로 기대됩니다.

chatGPT

## 식단과 DNA 메틸화: 건강을 위한 맞춤형 영양

현대 과학은 우리의 식단이 단순히 영양 공급을 넘어 유전자 발현에도 영향을 미칠 수 있음을 밝혀냈습니다. 특히, 식단을 통해 조절할 수 있는 **DNA 메틸화**는 유전자 발현을 조절하는 중요한 메커니즘으로, 암이나 노화와 같은 질병 예방에 중요한 역할을 합니다. 이번 글에서는 DNA 메틸화와 식단의 관계, 그리고 이를 통해 건강을 유지하고 질병을 예방하는 방법에 대해 알아보겠습니다.

## DNA 메틸화란?

DNA 메틸화는 DNA 분자 내 시토신 염기에 메틸기가 붙는 과정입니다. 이 과정은 유전자의 발현을 조절하며, 정상적인 세포 기능 유지와 발달에 중요한 역할을 합니다. 메틸화 패턴의 변화는 암, 노화, 심혈관 질환 등 다양한 질병과 연관이 있습니다.

## 식단과 DNA 메틸화

다양한 연구에 따르면, 특정 영양소는 DNA 메틸화 패턴에 영향을 미칠 수 있습니다. 다음은 DNA 메틸화를 조절하는 주요 영양소들입니다:

1. **엽산 (Folate)**: 엽산은 DNA 메틸화에 필요한 메틸기를 제공하는 중요한 영양소입니다. 엽산이 풍부한 식단은 정상적인 메틸화 패턴을 유지하는 데 도움을 줍니다.

   - **음식 소스**: 녹색 잎 채소, 콩류, 감귤류 과일, 곡물.

2. **비타민 B-12**: 비타민 B-12는 메티오닌 생성에 필요한 보조 인자로, DNA 메틸화에 직접적인 영향을 미칩니다.

   - **음식 소스**: 육류, 생선, 유제품, 강화 시리얼.

3. **비타민 B-6**: 이 비타민은 1-탄소 대사 경로에서 중요한 역할을 하며, 메틸기 전환에 관여합니다.

   - **음식 소스**: 닭고기, 생선, 감자, 병아리콩, 바나나.

4. **메티오닌**: 메티오닌은 필수 아미노산으로, S-아데노실메티오닌(SAM)의 전구체입니다. SAM은 주요 메틸 기부체로 작용합니다.

   - **음식 소스**: 육류, 생선, 유제품, 콩류, 견과류.

5. **콜린**: 콜린은 세포막 구조와 신경전달물질 합성에 중요한 역할을 하며, 메틸기 공급원으로 작용합니다.

   - **음식 소스**: 계란, 육류, 생선, 견과류, 콩류.

6. **베타인**: 베타인은 호모시스테인을 메티오닌으로 전환하는 데 사용되는 메틸기 공급원입니다.

   - **음식 소스**: 밀기울, 시금치, 비트, 퀴노아.

## 실질적인 식단 권장 사항

- **다양한 식품 섭취**: 균형 잡힌 식단을 통해 다양한 영양소를 충분히 섭취하는 것이 중요합니다.

- **가공 식품 피하기**: 가공 식품은 영양소가 부족할 수 있으므로 신선한 채소, 과일, 견과류, 육류 등을 섭취하세요.

- **영양 보충제**: 특정 영양소의 결핍이 우려되는 경우, 의사와 상담 후 보충제를 섭취할 수 있습니다.

## 결론

식단을 통해 특정 영양소를 충분히 섭취하면 DNA 메틸화를 조절하여 암, 노화, 심혈관 질환 등의 예방에 도움을 줄 수 있습니다. 균형 잡힌 식단이 건강 유지와 질병 예방에 핵심적인 역할을 하므로, 우리의 식단을 다시 한번 점검해 볼 필요가 있습니다.

## 참고 문헌

- 논문: "Nutritional Epigenomics and Age-Related Disease"

- 기타 관련 자료

이 글이 도움이 되셨다면, 댓글로 여러분의 생각을 공유해주세요! 건강한 식단으로 더 나은 미래를 함께 만들어 봅시다.

chatGPT는 claude처럼 진짜 누군가가 작성하는 것 같아보입니다.

그리고 블로그에 올릴 글을 작성해줘 라고 하니 자연스럽게 제목도 함께 제시해주고 있네요 ㅎㅎ  

출처: @ye._.vely618

식단과 신체활동이 진짜 메틸레이션에 변화에 효과가 있을까

오늘은 메틸레이션에 관련된 내용을 한번 들고와봤습니다. 제목은 Impact of a diet and activity health promotion intervention on regional patterns of DNA methylation 으로 2019년에 출판된 논문입니다.

DOI: 10.1186/s13148-019-0707-0 입니다.

일루미나의 EPIC 850K 어레이를 이용해서 DNA 메틸화 수준을 확인하였고, Make Better Choices 2 라는 프로그램에 등록된 340명의 사람들 대상으로 식단과 신체활동 전후에 따라 differentially methylated regions (DMR) 즉 메틸화 차이가 보이는 영역들을 확인했다고 합니다.

이 DMR에는 세포주기 조절, 발암 관련된 유전자들이 포함되어있었다고하니!!! 먹는것도 중요한듯합니다

오늘은 clova-x, claude와 chatGPT-3.5에 "파일 내용을 바탕으로 블로그에 게시할 내용의 글을 A4 2장 분량으로 작성해주세요" 라고 요청했습니다. :)

clova-x

이 연구는 건강한 식단과 신체 활동이 DNA methylation에 미치는 영향을 조사했다.

건강한 식단과 신체 활동은 만성 질환의 위험을 감소시키며, DNA methylation과 같은 유전적 메커니즘이 질병의 위험에 영향을 미친다. 신체 활동 중재는 생리적 효과를 포함하며, reduced DNA methylation은 inflammation, oxidative stress, immune function에 영향을 준다.

MBC2 연구는 combined physical activity와 dietary intervention의 영향을 조사한 첫 번째 연구이다. MBC2 다이어트와 신체 활동 중재는 세포 주기 조절과 암 발생에 관련된 유전자 영역의 DNA 메틸레이션 패턴에 영향을 미쳤다. DNA 메틸레이션을 바이오마커로 삼아 건강 행동 변화를 계획에 포함시켜 특정 인구가 혜택을 볼 수 있는지를 미래 연구에서 살펴볼 것이다.

이 연구는 DNA methylation에 대한 선행 연구를 바탕으로 신체 활동과 식이 요소를 포함하고 혈액 샘플에서 methylation을 측정했다. DNA methylation은 유전자 발현을 조절하는 중요한 역할을 하며, 암, 당뇨병, 심혈관 질환 등 다양한 질병과 관련이 있다.

DNA methylation은 세포 분화, 노화, 환경 요인 등 다양한 요인에 의해 영향을 받는다. 이 연구는 건강한 생활습관이 DNA methylation에 미치는 영향을 조사함으로써, 건강한 삶을 유지하기 위한 중요한 정보를 제공한다.

이 연구는 DNA methylation에 대한 이해를 높이고, 건강한 삶을 유지하기 위한 방법을 제시하는 데 큰 도움이 될 것이다. 앞으로 이 연구를 바탕으로 더 많은 연구가 진행되어, 건강한 삶을 위한 더 많은 정보가 제공될 것으로 기대된다.

건강한 삶을 유지하기 위해서는 건강한 식단과 신체 활동이 중요하다. 이 연구는 건강한 삶을 유지하기 위한 방법을 제시하는 데 큰 도움이 될 것이다. 우리는 이 연구를 바탕으로 건강한 삶을 위한 노력을 계속해야 한다.

claude

안녕하세요 독자 여러분,

오늘은 최근 연구 결과를 바탕으로 건강한 생활습관이 우리 몸의 DNA 메틸화에 미치는 영향에 대해 알아보겠습니다. DNA 메틸화는 유전자 발현을 조절하는 주요 후성유전적 메커니즘으로, 우리 몸의 다양한 기능과 질병 위험에 영향을 줄 수 있습니다.

Northwestern 대학의 연구팀은 '더 나은 선택하기 2(Make Better Choices 2, MBC2)' 프로그램에 참여한 성인 68명을 대상으로 식단과 신체활동 개선이 전체 게놈의 DNA 메틸화 패턴에 미치는 영향을 조사했습니다. 이 9개월 무작위 대조 시험에서 연구 참가자들은 과일/야채 섭취 증가, 포화 지방 섭취 감소, 신체활동 증가, 좌식행동 감소 등의 생활습관 개선에 참여했습니다.

연구팀은 Illumina EPIC 850k 배열칩을 사용하여 기저 시점, 3개월 시점, 9개월 시점에서 전체 게놈 메틸화 수준을 측정했습니다. 그 결과 대조군과 중재군 간에 154개(3개월)와 298개(9개월)의 차등적으로 메틸화된 유전체 영역(DMR)이 발견되었습니다.

특히 IRF2, DUSP5P1 등 면역 반응, 종양 억제, 노화 관련 유전자의 메틸화 변화가 관찰되었습니다. 경로 분석에서는 세포부착, PI3K/AKT, Wnt/베타-캐터닌, sonic hedgehog 등 세포 기능과 발암 관련 경로의 메틸화 변화가 확인되었습니다.

이 연구 결과는 건강한 식단과 운동 습관이 DNA 메틸화를 통해 면역, 대사, 발암 등 다양한 생물학적 메커니즘에 영향을 미칠 수 있음을 보여줍니다. 이는 만성 질환 예방을 위한 정밀 의학적 접근에서 DNA 메틸화가 중요한 생체지표로 활용될 수 있음을 시사합니다.

하지만 이 연구는 비교적 작은 샘플 크기를 가지고 있어 일반화에 제한이 있습니다. 또한 백인과 아프리카계 미국인만을 대상으로 했기 때문에 인종별 차이를 고려하지 못했습니다. 추가 연구를 통해 더 큰 샘플과 다양한 인구 집단에서 유사한 결과가 재현되는지 확인할 필요가 있겠습니다.

DNA 메틸화에는 식단과 운동 외에도 나이, 환경오염, 스트레스, 질병 등 다양한 요인들이 영향을 미칩니다. 따라서 건강한 생활 습관과 함께 전반적인 생활 환경 개선을 통해 DNA 메틸화를 포함한 에피지놈을 긍정적으로 조절할 수 있을 것입니다.

오늘 소개한 연구 결과는 우리가 얼마나 건강한 삶을 영위하는지에 따라 DNA 메틸화를 통해 유전자 발현과 질병 위험이 변화할 수 있음을 보여줍니다. 앞으로 건강한 식단과 운동 습관을 실천하고, 전반적인 생활 환경을 개선하는 것이 만성 질환 예방을 위해 중요할 것입니다. 여러분 모두 건강한 하루 되시기 바랍니다.

chatGTP 3.5

타이 치 연습과 DNA 메틸화: 건강에 미치는 영향

최근 연구에 따르면, 우리의 식습관과 생활 방식은 우리의 유전자를 조절하는데 영향을 줄 수 있다고 합니다. 특히, 타이 치와 같은 신체 활동이 DNA 메틸화라는 생물학적 메커니즘을 통해 우리의 유전자 발현에 영향을 줄 수 있다는 것이 최근 연구 결과입니다.

chatGPT는 그만 알아봅니다. Orz

clova-x와 claude는 논문파일을 직접 업로드하였기에 내용을 정확하게 이해하였는데 chatGPT같은 경우 파일업로드 대신 url을 제공하여서 제대로 내용을 인지 못한 것으로 생각됩니다.

claude는 역시 믿고 쓰면 되겠습니다.

출처: @ye._.vely618

ONT, cfDNA 그리고 Methylation

나노포어를 이용해서 cell-free DNA의 메틸레이션 패턴을 분석한 논문이 있어서 한번 가져와봤습니다.

이름하여 "Detecting cell-of-origin and cancer-specific methylation features of cell-free DNA from Nanopore sequencing"

DOI는 10.1186/s13059-022-02710-1 입니다.


일단 당연히 clova-x에게 물어보았고,

이번에는 제목은 어떻게 쓰면 좋을지 한번 물어보았습니다.

제목 답변

해당 연구의 제목은 "Detecting cell-of-origin and cancer-specific methylation features of cell-free DNA from Nanopore sequencing"입니다. 이 제목은 세포유리 DNA의 메틸화 패턴을 분석하여 암세포에서 유래한 세포유리 DNA를 식별하는 방법을 개발한 연구라는 것을 나타내고 있습니다. 이 연구는 생명공학 분야에서 매우 중요한 연구 중 하나이며, 세포유리 DNA의 메틸화 패턴을 분석하는 기술은 암 진단과 치료에 큰 도움을 줄 수 있습니다.

"세포유리 DNA의 메틸화 패턴을 이용한 암 진단 연구"와 같은 제목을 사용할 수 있습니다. 이 글에서는 연구의 목적과 방법, 결과 등을 소개하고, 세포유리 DNA의 메틸화 패턴이 암 진단에 어떻게 활용될 수 있는 지에 대해 설명할 수 있습니다.

내용 요약

이 연구는 세포유리 DNA의 메틸화 패턴을 분석하여 암을 진단하고 모니터링하는 방법을 개발하는 것을 목적으로 합니다. 암은 우리 주변에서 매우 흔하게 발생하는 질병 중 하나이며, 암을 조기에 발견하고 치료하는 것은 매우 중요합니다. 세포유리 DNA의 메틸화 패턴을 분석하는 기술은 암을 조기에 발견하고 치료하는 데 큰 도움을 줄 수 있습니다.

세포유리 DNA는 혈액 내에 존재하는 DNA 조각으로, 암세포에서 유래한 것일 수 있습니다. 이 연구에서는 세포유리 DNA의 메틸화 패턴을 분석하여 암세포에서 유래한 세포유리 DNA를 식별하는 방법을 개발하였습니다. 이를 위해 Nanopore sequencing 기술을 사용하여 세포유리 DNA의 염기서열을 분석하고, DNA methylation 분석을 수행하였습니다.

연구 결과, 세포유리 DNA의 메틸화 패턴은 암세포에서 유래한 세포유리 DNA와 건강한 세포에서 유래한 세포유리 DNA에서 차이가 있음을 확인하였습니다. 이는 세포유리 DNA의 메틸화 패턴을 분석하여 암을 진단할 수 있는 가능성을 보여줍니다. 또한, 이 연구는 세포유리 DNA의 메틸화 패턴이 시간에 따라 변화한다는 것을 발견하였습니다. 이는 암의 진행 상황을 모니터링하는 데 유용한 정보를 제공할 수 있습니다.

이 연구는 세포유리 DNA의 메틸화 패턴을 분석하여 암을 진단하고 모니터링하는 데 새로운 가능성을 제시한 것으로 평가됩니다. 이 연구 결과를 바탕으로, 세포유리 DNA의 메틸화 패턴을 분석하는 기술이 발전하면 암 진단과 치료에 더욱 효과적인 방법이 개발될 것으로 기대됩니다.

이 연구는 생명공학 분야에서 매우 중요한 연구 중 하나입니다. 세포유리 DNA의 메틸화 패턴을 분석하는 기술은 암 진단과 치료에 큰 도움을 줄 수 있으며, 미래에는 더욱 발전하여 다양한 질병을 진단하고 치료하는 데 활용될 수 있을 것입니다. 또한 미래의 건강과 의료 산업에 큰 영향을 미칠 것이며, 우리의 삶을 더욱 건강하고 안전하게 만들어줄 것입니다.

요약해줘 하니깐, 그래 이 연구는 중요해, 중요하니깐 중요해만 반복적으로 답변하는 느낌은 어쩔 수 없는듯합니다. 디테일 한 연구 내용을 확인하려면 질문을 계속 해서 확인해야 할 듯 합니다.

다시 잠깐 더 살펴보자면 단순히 ONT로 실험한 것이 아니고 기존의 표준실험 방법인 WGBS(Whole Genome Bisulfite Sequencing)와 비교한 데이터로 ONT로 연구해도 cfDNA의 메틸레이션을 확인 할 수 있다라고 주장하고 있는데... 생각해보면 cfDNA는 long read 시퀀서의 대명사인 ONT를 사용할 매력이 반감되기는 하나 native한 methylation을 볼 수 있다는 또 다른 압도적인 장점이 존재하다 보니..

그러나 보통 cfDNA가 150bp 이내의 짧은 것들만 생각하나 di나 tri-nucleosome도 함께 확인 할 수 있기 때문에... di나 tir nucleosome은 300~400bp 이상의 길이가 있기 때문에, 꼭 ONT의 매력이 반감되지는 않을 듯 합니다.

근데 di-, tri-nucleosome이 왜 중요한지는 제가 공부를 아직 안 해서 잘 모르겠습니다.

나중에 공부하게 되면 다시 글을 하나 써보는 걸로 :)

출처: @ye._.vely618

WGS 데이터를 활용하여 어떤 방법이 환자에게 보다 효과적인지 확인해보자

바다 건너 영국에서 진행하고 있는 WGS를 활용한 암환자들에 대한 치료 기회에 대한 내용에 대한 논문을 한번 bar..아니 gemini에게 물어봤습니다.

논문 제목은 "Insights for precision oncology from the integration of genomic and clinical data of 13,880 tumors from the 100,000 Genomes Cancer Programme"

doi: 10.1038/s41591-023-02682-0

입니다.

이번 프롬프트는 간결하게 "https://www.nature.com/articles/s41591-023-02682-0 이 연구를 하게 된 이유와 연구에 사용된 분석 방법, 그리고 결과에 대한 내용에 대해서 블로그에 게시할 수 있도록 정리해서 작성해줘" 라고 넣어봤습니다.

제목: 암 치료를 위한 개인화된 접근 방식

요약:

암은 전 세계적으로 사망 원인 1위입니다. 암 치료는 종종 화학 요법, 방사선 요법 및 수술을 포함하는 복잡한 과정입니다. 그러나 이러한 치료법은 모든 환자에게 효과적이지 않으며 종종 부작용을 유발할 수 있습니다.

연구 배경:

최근 몇 년 동안 암 치료에 대한 개인화된 접근 방식에 대한 관심이 높아졌습니다. 개인화된 치료는 환자의 특정 유전적 특성에 맞게 조정된 치료법입니다.

연구 방법:

이 연구는 100,000 게놈 프로젝트의 암 프로그램의 데이터를 사용했습니다. 이 프로젝트는 암 환자의 전체 게놈을 시퀀싱하는 것을 목표로 합니다. 연구원들은 33가지 암 유형의 13,880개 종양을 분석했습니다. 그들은 이 데이터를 실제 치료 및 결과 데이터와 연결했습니다.

연구 결과:

연구 결과는 WGS가 많은 암 유형에서 유용한 도구가 될 수 있음을 보여줍니다. WGS는 환자의 치료 반응에 영향을 미칠 수 있는 유전적 변화를 식별하는 데 사용할 수 있습니다. 이 정보는 더 개인화된 암 치료법을 개발하는 데 사용될 수 있습니다.

연구 결론:

이 연구는 WGS가 암 치료를 위한 개인화된 접근 방식을 개발하는 데 중요한 도구가 될 수 있음을 보여줍니다. WGS는 환자의 치료 반응을 예측하고 더 효과적이고 안전한 치료법을 개발하는 데 도움이 될 수 있습니다.

이 연구가 암 치료에 미치는 잠재적 영향:
- WGS는 암 치료의 성공률을 높이고 부작용을 줄이는 데 도움이 될 수 있습니다.
- WGS는 암 환자에게 더 나은 치료 옵션을 제공할 수 있습니다.
- WGS는 암 치료의 비용을 절감하는 데 도움이 될 수 있습니다.

이 연구의 한계:
이 연구는 100,000 게놈 프로젝트의 데이터를 사용했습니다. 이 데이터는 영국과 미국의 환자를 대상으로 합니다. 다른 국가의 환자에게도 WGS가 유용한 도구가 될지는 확실하지 않습니다.
이 연구는 WGS가 암 치료에 미치는 잠재적 영향을 평가했습니다. 그러나 WGS가 실제로 암 치료의 성공률을 높이고 부작용을 줄이는 데 도움이 되는지 여부는 더 많은 연구가 필요합니다.

 

개별 암종별 변이 종류에 따른 설명이 많이 생략되어 있긴하지만, 프롬프트를 잘 작성하면 필요에 맞는 내용을 잘 요약해서 정리해 줄 것으로 생각되고, 결국 깨작깨작 패널대신 걍 WGS를 하고 더불어 methylation, proteomics, RNAseq 등의 정보들도 조합하면 우리가 꿈꾸는 예후 예측이나 더 나은 환자의 치료를 제공할 수 있지 않겠냐고 잘 마무리하고 있는 논문 되겠습니다.

그리고 물론 위에 것을 하려면 아직 돈은 많이 든다. 언젠가 그렇듯이 이 또한 해결 할 수 있는 그 날이 오면 좋겠다. 라고 합니다. 

그럼 설 연휴 잘 마무리하는 걸로 :)

출처: @ye._.vely618

Long Read Sequencing을 전적으로 믿으셔야 합니다.

항상 느끼는것이지만 사람들은 익숙한것에 익숙하다는...
물론 이 글을 쓰는 본인도 별반 차이 없다는게 현실
그럼에도 불구하고 세상에는 익숙한것을 거부하고 한 걸음 나아가는 분들이 있어서 발전한다는...

오늘은 유전체분야에서 다들 익숙한 짧은길이의 시퀀싱 플랫폼 대신 Long read 시퀀싱 플랫폼을 왜 써야하는지 보여주는 논문이 있어 들고와봤습니다.

The blooming of long-read sequencing reforms biomedical research

DOI: 10.1186/s13059-022-02604-2


Long read 시퀀싱의 대표주자인 PacBio와 Nanopore가 나온지도 꽤 된것 같으나, 아직 주류 시퀀싱 플랫폼으로서는 자리매김을 하지 못한... 조명받지 못하고 있지만.. 그 진가를 하나둘씩 알게되고 안쓸수 없지 않을까 합니다.

물론 이 Long read 플랫폼을 안 쓸수 없지만 PacBio/Nanopore 플랫폼을 이용해서 진단 키트를 개발하여 돈을 벌 수 있게 된다는 것은 아닙니다. 오해 없으시기 바랍니다. Long read 플랫폼에서 기존 NGS 시스템에서 해온 것 같이 하려고 하면 개인적인 생각으로는 그냥 하지 마세요 라고 말하고 싶네요. 그런 생각이라면..

여튼 Long read 플랫폼은 genome assembly과 transcriptome 분야에서 활약을 하고 있다고 하는데 이는 기존 NGS의 짧은 read로 인한 한계를 극복하였기 때문에 가능한 당연한 결과였을 듯 합니다.

genome assembly를 설명하면서 이런 저런 설명을 하였는데 사실 T2T genome이 세상에 나왔는데 무슨 설명이 더 필요할지... 물론 다배체면서, repeat 서열이 엄청 긴 식물과 같은 다양한 생물의 유전체 연구에서는 아직 할일이 많이 남아있을듯 합니다.

그리고 더불어 transcriptome, 전사체에서도 두각을 나타내고 있다고 합니다. 이전에 PcaBio사에서 나온 Iso-Seq이라는 플랫폼이 있었는데 기존 숏리드 플랫폼으로는 할 수 없었던 full-length 유전자 서열을 확인하여, 다양한 gene의 isoform 을 확인 할 수 있었는데, 이제는 이는 당연한것이고, read count를 활용하여 정확한 발현 측정까지도.. 가능하다고 합니다. 또한 이 논문에서 처음 보았는데 exitron이라는 것도 확인하였다고 하네요.

더불어 당연히 암연구에서도 long-read 플랫폼이 중요한 역할을 하고 있는데, 시퀀싱을 위해 dna나 rna가닥을 증폭시키지 않은 특징 때문에 가능 응용법이긴하죠. 특히 nanopre 플랫폼을 사용하여 급성 골수성 백혈병 (AML) 환자의 RNA변이와 fusion gene 구조를 확인하기도 하였고, 대장암 세포주에서 5mC 위치와 양을 정량하여 각각 AML와 대장암 연구에 도움이 되고 있다고 합니다.

이렇듯 Long Read Seq 플랫폼은 이제 쓰지 않을 이유가 없는 플랫폼으로 우리 곁에 생각보다 가깝게 다가왔으나 생각에는 Long이든 Short든 정확하게 내 병의 이유를 빠르고 "싸게" 알아낼 수 있으면 모두 행복한 것 아니겠습니까?

그럴 수 있는 방법이 어딘가에 있겠죠, 없으면, 언제나 그러했듯이 우리는 또 해답을 찾아내겠죠. :)

출처: @ye._.vely618

딥러닝을 이용해서 CRISPR/Cas9의 Off-Target Cleavage의 정확도를 보장할 수 있을까?

간만에 CRISPR/Cas9 off target 예측 툴하나 훑어보겠습니다.

biorxiv에 21년도에 오픈된 논문인데, 지금쯤이면 어디 안착했을거라고 생각했던 논문인데 아직 biorxiv에 있네요..

제목은 "piCRISPR: Physically Informed Deep Learning Models for CRISPR/Cas9 Off-Target Cleavage Prediction"

doi : https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2021.11.16.468799v3

github florianst/picrispr

유전자 편집에서 CRISPR/Cas9은 언급을 하지 않을 수 없는 기술이 됐죠

CRISPR/Cas9의 경우 기존 1,2세대 유전자 가위와 달리 target 서열을 인식하는 guide RNA만 있으면 어렵지 않게 유전자 편집을 할 수 있죠.

그러나 그와 함께 편집하고자 하는 위치를 정확히 하고자 하면 guide RNA의 길이가 길어질 수 밖에 없는데 guide RNA의 specific을 확보하기 위해 길이를 무한정 늘릴 수 없는 노릇이고, 사람 genome안에 흔하디 흔한 서열을 guide RNA 서열을 사용하게 되면 불필요한 곳을 편집하게 되니 guide RNA 서열을 잘 디자인 하는 것과 디자인한 guide RNA 서열이 off-target 없이 잘 작동하는지 미리 검토하는 작업이 필요하게 되었습니다.

그래서 유행하는 Deep Learning을 사용하여 CRISPR/Cas9의 off-target cleavage 정확도를 예측하는 툴을 만들었다고 합니다.

결론적으로,

동일한 guide RNA 서열이더라도 환경, 같은 사람이더라도 피부조직의 환경에서의 genome 또는 다양한 암(폐, 대장, 간...) 세포 내에서의 genome의 상황은 서로 다를 것이므로 이런 정보들을 잘 활용하여 CRISPR/Cas9 Off-Target의 cleavage의 예측 정확도를 향상 시켰고, 기존의 단순한 서열 기반의 off-target cleavage 예측 시스템과 다른 정확도를 보여줬다고 합니다.

모델은 6x23 모델과, 16x23 모델 2가지를 사용하였고,

서열정보와 더불어 GC Content, Nucleotide BDM, NuPoP Affinity, CRISPoff Free Energy 정보들을 활용하여 기존의 CRISPR/Cas9의 off-target 예측 툴 들과 비교하여 월등(?)한 결과를 보여줬다고 합니다.

그리고 Deep Learning종류 중 CNN(Convolutional Neural Network)와 RNN(Recurrent Neural Network) 방법이 있는데 결과를 비교 하다 보면 어떤 경우에는 CNN 방법이, 다른 경우에는 RNN 방법이 우수한 경우가 있었습니다. 이는 CNN과 RNN간의 우열이 있기 보다는 학습 방법의 특장점을 잘 활용해야 하는 것으로 보였고, 데이터의 특징에 따라 학습 모델을 잘 활용하면 조금 더 나은 결과를 확인 할 수 있지 않을까 합니다.

다음에 또 좋은 내용을 가지고 찾아오도록 하겠습니다. :)

@ye._.vely618