건강한 음식은 장에서 끝나지 않습니다.

오늘은 기존에 제가 올렸던 내용에서는 살짝 벗어난 후성 유전체학 얘기를 잠깐 하려고합니다.

이 논문은 20년도에 나온 논문이고 제목은 Nutritional Epigenomics and Age-Related Disease 입니다. 

DOI는 10.1093/cdn/nzaa097 입니다.

내용은 식단(좀더 정확하게는 영양소)에 따라 우리 몸속의 genome의 DNA methylation의 패턴이 변화하는데 이 methylation 변화가 영양소마다 특징이 있었고 나이(노화)와 관련된 질병과 관계있으니 건강한 노후 생활을 제공하고 공중 보건 정책에  긍정적인 영향을 미칠 수 있으면 좋겠다 정도로 요약할 수 있을 듯합니다.

좀더 자세하고 읽기 쉬운 내용은 clova-x와 chatGPT에 맡겨보았습니다. 이제 chatGPT에 URL 대신에 file을 업로드 할 수 있으니 헛소리를 덜하게 되어서 좋은것 같더라구요 ㅎㅎ 

clova-x

제목: 식단과 DNA methylation의 관계

최근 연구에 따르면, 식단이 DNA methylation에 영향을 미칠 수 있다는 사실이 밝혀졌습니다. DNA methylation은 유전자의 발현을 조절하는 중요한 역할을 하며, 암, 당뇨병, 심혈관 질환 등 다양한 질병과 관련이 있습니다.

엽산, 비타민 B12, 비타민 D, 오메가-3 지방산, 식이섬유 등의 영양소는 DNA methylation에 영향을 미치는 것으로 알려져 있습니다. 이러한 영양소가 부족하면 DNA methylation에 변화가 생겨 암 발생 위험이 증가할 수 있습니다.

식단을 통해 DNA methylation을 조절하는 것은 암이나 노화를 예방하는 데 도움이 될 수 있습니다. 예를 들어, 엽산이 풍부한 시금치, 브로콜리, 아보카도 등을 섭취하거나, 비타민 D가 풍부한 연어, 참치, 계란 등을 섭취하는 것이 좋습니다.

식단을 조절하는 것은 쉽지 않은 일입니다. 개인의 체질과 건강 상태에 따라 적절한 식단을 구성해야 합니다. 전문가의 조언을 듣는 것이 중요합니다.

DNA methylation의 변화를 모니터링하여 질병의 예방 및 치료에 활용할 수 있습니다. 예를 들어, DNA methylation 검사를 통해 암 발생 위험을 예측하거나, DNA methylation을 조절하는 약물을 개발하는 것이 가능합니다.

식단과 DNA methylation의 관계는 아직까지 많은 연구가 필요한 분야입니다. 앞으로 더 많은 연구가 진행되어, 더욱 정확한 정보가 제공될 것으로 기대됩니다.

chatGPT

## 식단과 DNA 메틸화: 건강을 위한 맞춤형 영양

현대 과학은 우리의 식단이 단순히 영양 공급을 넘어 유전자 발현에도 영향을 미칠 수 있음을 밝혀냈습니다. 특히, 식단을 통해 조절할 수 있는 **DNA 메틸화**는 유전자 발현을 조절하는 중요한 메커니즘으로, 암이나 노화와 같은 질병 예방에 중요한 역할을 합니다. 이번 글에서는 DNA 메틸화와 식단의 관계, 그리고 이를 통해 건강을 유지하고 질병을 예방하는 방법에 대해 알아보겠습니다.

## DNA 메틸화란?

DNA 메틸화는 DNA 분자 내 시토신 염기에 메틸기가 붙는 과정입니다. 이 과정은 유전자의 발현을 조절하며, 정상적인 세포 기능 유지와 발달에 중요한 역할을 합니다. 메틸화 패턴의 변화는 암, 노화, 심혈관 질환 등 다양한 질병과 연관이 있습니다.

## 식단과 DNA 메틸화

다양한 연구에 따르면, 특정 영양소는 DNA 메틸화 패턴에 영향을 미칠 수 있습니다. 다음은 DNA 메틸화를 조절하는 주요 영양소들입니다:

1. **엽산 (Folate)**: 엽산은 DNA 메틸화에 필요한 메틸기를 제공하는 중요한 영양소입니다. 엽산이 풍부한 식단은 정상적인 메틸화 패턴을 유지하는 데 도움을 줍니다.

   - **음식 소스**: 녹색 잎 채소, 콩류, 감귤류 과일, 곡물.

2. **비타민 B-12**: 비타민 B-12는 메티오닌 생성에 필요한 보조 인자로, DNA 메틸화에 직접적인 영향을 미칩니다.

   - **음식 소스**: 육류, 생선, 유제품, 강화 시리얼.

3. **비타민 B-6**: 이 비타민은 1-탄소 대사 경로에서 중요한 역할을 하며, 메틸기 전환에 관여합니다.

   - **음식 소스**: 닭고기, 생선, 감자, 병아리콩, 바나나.

4. **메티오닌**: 메티오닌은 필수 아미노산으로, S-아데노실메티오닌(SAM)의 전구체입니다. SAM은 주요 메틸 기부체로 작용합니다.

   - **음식 소스**: 육류, 생선, 유제품, 콩류, 견과류.

5. **콜린**: 콜린은 세포막 구조와 신경전달물질 합성에 중요한 역할을 하며, 메틸기 공급원으로 작용합니다.

   - **음식 소스**: 계란, 육류, 생선, 견과류, 콩류.

6. **베타인**: 베타인은 호모시스테인을 메티오닌으로 전환하는 데 사용되는 메틸기 공급원입니다.

   - **음식 소스**: 밀기울, 시금치, 비트, 퀴노아.

## 실질적인 식단 권장 사항

- **다양한 식품 섭취**: 균형 잡힌 식단을 통해 다양한 영양소를 충분히 섭취하는 것이 중요합니다.

- **가공 식품 피하기**: 가공 식품은 영양소가 부족할 수 있으므로 신선한 채소, 과일, 견과류, 육류 등을 섭취하세요.

- **영양 보충제**: 특정 영양소의 결핍이 우려되는 경우, 의사와 상담 후 보충제를 섭취할 수 있습니다.

## 결론

식단을 통해 특정 영양소를 충분히 섭취하면 DNA 메틸화를 조절하여 암, 노화, 심혈관 질환 등의 예방에 도움을 줄 수 있습니다. 균형 잡힌 식단이 건강 유지와 질병 예방에 핵심적인 역할을 하므로, 우리의 식단을 다시 한번 점검해 볼 필요가 있습니다.

## 참고 문헌

- 논문: "Nutritional Epigenomics and Age-Related Disease"

- 기타 관련 자료

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chatGPT는 claude처럼 진짜 누군가가 작성하는 것 같아보입니다.

그리고 블로그에 올릴 글을 작성해줘 라고 하니 자연스럽게 제목도 함께 제시해주고 있네요 ㅎㅎ  

출처: @ye._.vely618

임상에서 변이 탐지는 조금은 달라야지

오늘 읽어본 논문은 임상에서 변이탐지을 위한 모범 사례에 대한 내용입니다.

Best practices for variant calling in clinical sequencing

DOI: 10.1186/s13073-020-00791-w 

사실 지난번 논문이 현장에서는 더 도움이 되는 논문이긴 하나 

임상 현장에서의 의견이 좀 더 녹아져 있을까 해서 읽어보았습니다.

그래봤자 이미 우리 모두 대략적으로 다 알고 있는 바로 그 얘기입니다.

업으로 하고 있으신 들이 보면 사실 새로운건 없어요. 그냥 레퍼런스에요

어떤 정렬 프로그램이 좋은지, 정렬 하고 나서 바로 변이 탐지를 해도 되는지, 아니면 전처리를 어떻게 하고 변이 탐지를 하면 좋은지, 어떤 변이 탐지 방법을 사용하는게 좋은지..

여기서는 GATK 모범 사례를 주로 들긴 했지만, 여러 변이 탐지 프로그램 사용해서 가급적 못잡는 변이를 최소화하고, 가끔 de-novo 변이가 있는데 그거는 나도 모르겠으니 IGV 키고 눈씻고 찾아봐라. CNV도 시중에 떠돌아 다니는 프로그램 사용하더라도 마지막에는 IGV켜서 확인해라.

인듯하네요.

그리고 다음 내용은 MS사의 Bing에게 "요약해줘"(균형있게) 치트키를 써서 나온 내용입니다.

이 논문은 유전 질환과 암과 같은 질병에 대한 임상 유전 검사에서 사용되는 차세대 시퀀싱 기술의 발전에 따라 정확한 변이 호출이 얼마나 중요한지를 설명합니다. 또한 현재 변이 호출에 대한 최선의 관행과 향후 개선 방향을 제시합니다.

답변 후 요약이 충분히 도움이 되었나요? 더 자세한 정보를 원하시면 말씀해달라고 해서, "아니오, 더 자세히 알고 싶어요" 해서 나온 내용은 아래와 같습니다.

논문은 다음과 같은 내용으로 구성되어 있습니다.

배경: 차세대 시퀀싱(NGS) 기술은 임상 유전 검사의 범위와 정확도를 크게 향상시켰습니다. 그러나 NGS 데이터에서 변이를 호출하는 과정은 여전히 복잡하고 오류가 발생하기 쉽습니다. 따라서 변이 호출에 대한 표준화된 가이드라인과 최적화된 파이프라인이 필요합니다.

본론: 논문에서는 NGS 데이터에서 변이를 호출하는 과정에 영향을 미치는 여러 요인들을 설명합니다. 예를 들어, 시퀀싱 플랫폼, 시료 준비 방법, 분석 소프트웨어 등입니다. 또한 현재 사용되고 있는 변이 호출 알고리즘과 도구들을 비교하고 평가합니다. 마지막으로 임상 유전 검사에서 변이 호출의 정확도와 신뢰도를 향상시키기 위한 권장 사항과 개선 방안을 제시합니다.

결론: NGS 기술은 임상 유전 검사의 혁신적인 도구입니다. 그러나 변이 호출은 여전히 어려운 문제입니다. 이 논문은 임상 유전 검사에서 변이 호출에 대한 최선의 관행과 향후 연구 방향을 제공합니다.

더 궁금하신 점이 있으신가요?🙋

다음은 chatGPT한테 요약해줘 한 내용

이 논문은 기존 유전체 연구를 보완하고, 유전체 변이를 활용하여 질병 진단과 치료 방법을 개선하는 것을 목적으로 하고 있다.

이 논문에서는 유전체 연구의 새로운 방법으로 'CRISPR-Cas9' 기술을 사용하여 질병 관련 유전자를 수정하는 방법을 제시한다.

chatGPT는 참 치명적으로 창의적인듯...

결론은 chatGPT한테 링크 알려주고 요약해줘하면 헛소리 작렬, MS Bing한테 링크 알려주고 요약해줘 하면 성심껏 알려주는 거기다가 답변도 창의적으로, 균형있게, 근거기반 세분화해서 알려주는게 포인트

@ye._.vely618