ncbi 횽아들은 어디까지 만들어 낼 것인가

이것저것 작업하면서

ncbi tool들을 다시 사용하고 있는데..

훗.. 역시 우리 ncbi 훃아들의 위대함을 다시 한번 느꼈다는...

NCBI BLAST에서 taxonomy로 제한 거는 기능을 당연히 stand-alone에서도 사용할 수 있는데 NCBI의 -taxid의 숨은 함정이 종 수준의 taxid만 제한 걸 수 있다는..

(근데 써보면 종 수준의 taxid만 제한이 걸리는지 갸우뚱 거리긴 함.. )

여튼 종 수준의 taxid만 제한할 수 있다는 것이 무엇이냐면..

종보다 상위 class의 taxid인 Enterobacterales의 taxid를 사용하면 정상적으로 작동을 안하게 된다는 말씀.

그러므로 NCBI BLAST 프로그램을 다운 받았을 때 함께 있는 get_species_taxids.sh를 활용하면 이 문제를 피해갈 수 있다고 합니다.

사실 최근까지 get_species_taxid.sh가 왜 있는지 관심은 없을 뿐더러
왜 쓰잘떼기 없는 shell script는 왜 넣어놨는지 했다는 ㅎㅎ 

여튼 언제나 NCBI 훃님들께 감사인사를... :)

참고 URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK569846/

출처: @ye._.vely618

Shell에서 Substring

Operator: #,##,%,%%

ㅇ네가지의 연산자로 문자열을 조작 가능

#: 구분자 앞쪽(왼쪽)의 문자열(단어)을 삭제
(풀이) 문자열 앞쪽에서부터 문자열을 하나씩 삭제하는데 첫번째 구분자 앞까지 삭제
$x = "This is my test string."
$echo ${x#* }
      is my test string.

##: 마지막 구분자 앞쪽(왼쪽)의 문자열(단어)을 삭제
(풀이) 문자열 앞쪽에서부터 문자열을 하나씩 삭제하는데 마지막 구분자 앞까지 삭제
$x = "This is my test string."
$echo ${x##* }
      string.

%: 마지막 구분자 뒤쪽(오른쪽)의 문자열(단어)을 삭제
(풀이) 문자열 뒤쪽에서부터 문자열을 하나씩 삭제하는데 첫번째 구분자 앞까지 삭제
$x = "This is my string."
$echo ${x% *}
      This is my test

%%: 구분자 뒤쪽(오른쪽)의 문자열(단어)을 삭제
(풀이) 문자열 두쪽에서부터 문자열을 하나씩 삭제하는데 마지막 구분자 앞까지 삭제
$x = "This is my test string."
$echo ${x%% *}
      This