ncbi 횽아들은 어디까지 만들어 낼 것인가

이것저것 작업하면서

ncbi tool들을 다시 사용하고 있는데..

훗.. 역시 우리 ncbi 훃아들의 위대함을 다시 한번 느꼈다는...

NCBI BLAST에서 taxonomy로 제한 거는 기능을 당연히 stand-alone에서도 사용할 수 있는데 NCBI의 -taxid의 숨은 함정이 종 수준의 taxid만 제한 걸 수 있다는..

(근데 써보면 종 수준의 taxid만 제한이 걸리는지 갸우뚱 거리긴 함.. )

여튼 종 수준의 taxid만 제한할 수 있다는 것이 무엇이냐면..

종보다 상위 class의 taxid인 Enterobacterales의 taxid를 사용하면 정상적으로 작동을 안하게 된다는 말씀.

그러므로 NCBI BLAST 프로그램을 다운 받았을 때 함께 있는 get_species_taxids.sh를 활용하면 이 문제를 피해갈 수 있다고 합니다.

사실 최근까지 get_species_taxid.sh가 왜 있는지 관심은 없을 뿐더러
왜 쓰잘떼기 없는 shell script는 왜 넣어놨는지 했다는 ㅎㅎ 

여튼 언제나 NCBI 훃님들께 감사인사를... :)

참고 URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK569846/

출처: @ye._.vely618

MySQL에서 LIMIT 속도 저하 피하기

출처: 아이군의 블로그


위의 블로그에서 LIMIT에 대해서 이해하기 쉽게 설명해 놓으셔서
스리슬적~ :)


Query 1.
SELECT * FROM TABLE LIMIT 10000000, 50000;
(Table에서 천만개 데이터 이후의 5만개 데이터를 가져오는 쿼리)

Query 2.
SELECT * FROM TABLE WHERE id > 10000000 LIMIT 50000;
(Table에서 id가 천만번보다 큰 행으로 이동 한 후 5만개를 가져오는 쿼리)

Query 1과 Query 2의 차이점은 index를 사용하는 것과 하지 않는 것!!
(query 문 앞에 explain을 추가하여 실행시키면 확인 할 수 있습니다.)

그래서 처리 속도에서 엄청난 차이가 났다는 것입죠
LIMIT를 사용하더라도 영리하게 사용하자는 내용이었습니다. :)

MySQL 안다뤄본지 오래돼서..... ;;