우한의 화난 시장, 그때 그곳에선 무슨 일이 있었나

오랜만에 COVID19에 대한 논문이 출판되어서 가지고 와봤습니다. 제목은  Genetic tracing of market wildlife and viruses at the epicenter of the COVID-19 pandemic 입니다.

DOI: 10.1016/j.cell.2024.08.010

우한의 화난 시장에서 수집된 샘플/시료를 가지고 COVID19가 어떻게 전파되었는 추적해보았다고 합니다. 어떻게 추적했는지 함께 읽어보시죠!!

chatGPT

### COVID-19 기원 연구: 야생 동물과 바이러스의 유전자 추적

COVID-19 팬데믹은 전 세계에 큰 영향을 미쳤습니다. 많은 사람들이 이 바이러스가 어디서, 어떻게 시작되었는지 궁금해합니다. 최근 연구에서는 COVID-19 바이러스가 처음으로 인간에게 전파된 장소로 중국 우한의 화난 수산시장이 주목받고 있습니다. 이번 연구는 그 시장에서 수집된 샘플을 통해 바이러스와 야생 동물 간의 연관성을 추적했습니다. 이 연구는 COVID-19의 기원을 좀 더 명확하게 이해하려는 목적에서 진행되었습니다.

### 연구 배경: 왜 이 연구가 중요한가?

COVID-19 바이러스가 어떻게 인간에게 전파되었는지에 대한 연구는 아직까지도 논란이 많습니다. 초기 COVID-19 사례 중 많은 사람들이 화난 수산시장과 관련이 있었지만, 구체적으로 어떤 동물이 바이러스를 옮겼는지 명확하지 않았습니다. 이 연구는 시장에서 바이러스가 인간에게 전파된 경로를 알아내기 위해, 2020년 초 시장에서 수집된 환경 샘플을 분석하여 야생 동물과 바이러스의 유전적 연관성을 확인하려 했습니다.

### 연구에 사용된 샘플과 재료

연구팀은 2020년 초 우한 화난 수산시장에서 다양한 환경 샘플을 수집했습니다. 이 샘플은 시장 내 동물 우리, 배수구, 매대 표면 등에서 채취되었으며, 바이러스와 동물 유전자를 포함한 다양한 물질이 포함되어 있었습니다. 특히, 사향 고양이, 너구리 개, 고슴도치 등 야생 동물들이 잠재적인 중간 숙주로 지목되었습니다.

### 연구 방법: 어떻게 실험하고 분석했을까?

연구팀은 수집된 샘플에서 SARS-CoV-2 바이러스와 야생 동물의 유전자를 동시에 분석했습니다. 먼저, PCR이라는 기법으로 샘플에서 바이러스의 존재를 확인했으며, 메타유전체 분석을 통해 어떤 동물들이 바이러스와 연관이 있는지를 알아냈습니다. 또한, 시장에 있었던 동물들이 어디에서 왔는지 확인하기 위해 이들의 유전 정보를 바탕으로 동물의 지리적 기원을 추적했습니다.

### 연구 결과: 무엇을 밝혀냈을까?

연구 결과, 화난 수산시장에서 너구리 개와 사향 고양이 같은 야생 동물들이 SARS-CoV-2 바이러스와 연관이 있는 것으로 밝혀졌습니다. 이 동물들의 유전자가 바이러스 양성 샘플에서 검출되었고, 이는 이 동물들이 바이러스를 보유하고 있을 가능성을 시사합니다. 특히, 너구리 개는 COVID-19 바이러스의 중간 숙주일 가능성이 크다고 판단되었습니다. 또한, 시장 내 여러 장소에서 SARS-CoV-2 외에도 다른 동물 바이러스들이 발견되었는데, 이는 야생 동물들이 바이러스의 전파에 중요한 역할을 할 수 있음을 보여줍니다.

### 연구 고찰 및 결론: 이 연구가 우리에게 주는 의미

이번 연구는 화난 시장이 COVID-19 바이러스가 인간에게 처음으로 전파된 장소일 가능성을 강하게 시사합니다. 특히, 시장에서 거래된 야생 동물들이 바이러스를 옮겼을 수 있다는 점은 바이러스가 동물에서 인간으로 전염되었다는 가설을 지지합니다. 연구팀은 이번 결과가 COVID-19 팬데믹의 기원을 더 잘 이해할 수 있는 중요한 단서를 제공한다고 밝혔습니다.

또한, 이 연구는 야생 동물과 인간 사이에서 발생할 수 있는 바이러스 전파의 위험성을 강조하며, 향후 동물 거래 및 시장에서의 방역 조치가 더욱 강화되어야 할 필요성을 시사합니다. 이를 통해 앞으로의 전염병을 예방하고, 더 나아가 바이러스의 기원을 추적하는 연구에 기여할 수 있을 것입니다.

NotebookLM

## COVID-19 팬데믹의 진원지: 화난 시장, 그곳에선 무슨 일이?

2019년 말, 전 세계를 뒤흔든 COVID-19 팬데믹, 기억하시죠? 우리 모두의 삶을 송두리째 바꿔놓은 이 팬데믹의 시작은 바로 중국 우한의 화난 수산물 도매 시장과 깊은 관련이 있다는 사실이 밝혀졌습니다. 오늘은 과학자들이 복잡한 유전자 분석을 통해 밝혀낸 COVID-19 팬데믹의 기원에 대한 흥미로운 연구 결과를 소개하려고 합니다.

### 연구의 배경

COVID-19 팬데믹 초기, 많은 과학자들은 바이러스의 근원을 찾기 위해 노력했습니다. 역학 조사 결과, 놀랍게도 초기 확진자들의 상당수가 화난 시장을 방문했거나 그곳에서 일했던 것으로 드러났습니다. 이는 화난 시장이 팬데믹의 시작점일 가능성을 강력하게 시사하는 것이었죠. 하지만 바이러스가 어떤 경로로 시장에 유입되었는지, 어떤 동물이 중간 숙주 역할을 했는지는 여전히 베일에 싸여 있었습니다.

### 과학자들의 탐험: 시장의 비밀을 밝히다

이번 연구에서 과학자들은 2020년 1월부터 3월까지 화난 시장 내 다양한 장소 (판매대, 하수구, 창고 등) 에서 수집된 환경 샘플을 분석했습니다. 샘플들을 분석하는 데 사용된 방법은 크게 두 가지입니다. 첫째, **PCR 검사**를 통해 샘플 내에 COVID-19 바이러스의 RNA가 존재하는지 확인했습니다. 둘째, **메타게놈 염기서열 분석(mNGS)**을 통해 샘플에 존재하는 모든 DNA 및 RNA 서열을 분석하여 어떤 생물의 흔적이 있는지 확인했습니다. 특히, 동물 종을 식별하기 위해 미토콘드리아 DNA를 분석했고, 바이러스 검출을 위해 바이러스 유전체 데이터베이스를 활용했습니다.

### 놀라운 발견: 퍼즐 조각을 맞추다

분석 결과, 흥미로운 사실들이 밝혀졌습니다. 먼저, 화난 시장에서 발견된 COVID-19 바이러스의 유전적 다양성은 팬데믹 초기의 바이러스와 매우 유사했습니다. 이는 화난 시장이 팬데믹의 진원지일 가능성을 뒷받침하는 중요한 증거입니다.

더욱 놀라운 사실은 **야생동물 판매대, 특히 ‘판매대 A’ 근처에서 COVID-19 양성률이 매우 높게 나타났다는 점**입니다. 더욱이, 이 판매대에서 수집된 모든 COVID-19 양성 샘플에서 사향고양이, 대나무쥐, 라쿤독 등 야생동물의 DNA가 검출되었습니다. 이 동물들은 이전 연구에서 COVID-19의 잠재적 중간 숙주로 지목된 바 있습니다. 

흥미롭게도, 해당 샘플에서는 인간의 DNA도 검출되었지만, 야생동물의 DNA 양이 훨씬 더 많았습니다. 이는 COVID-19 바이러스가 인간에게서 동물로 전파된 것이 아니라, 반대로 동물에서 인간에게 전파되었을 가능성을 시사합니다.

또한, 연구진은 화난 시장에서 라쿤독, 대나무쥐, 사향고양이를 감염시키는 동물 바이러스도 추가로 발견했습니다. 이는 살아있는 동물들이 시장에서 바이러스를 퍼뜨리고 있었음을 의미합니다. 

### 미스터리 해결의 실마리: 라쿤독의 기원

과학자들은 화난 시장에서 발견된 라쿤독의 미토콘드리아 유전형을 분석하여 이들이 중국 북부에서 사육되거나 판매되는 라쿤독과 유전적으로 다르다는 사실을 밝혀냈습니다. 즉, 화난 시장의 라쿤독은 중국 중남부 지역에서 유입되었을 가능성이 높다는 것입니다.

### COVID-19 기원, 아직 풀리지 않은 숙제들

이번 연구는 화난 시장이 COVID-19 팬데믹의 시작점일 가능성이 높다는 사실을 보여주는 여러 증거를 제시했습니다. 하지만 아직 풀리지 않은 숙제도 남아 있습니다. 

* **COVID-19 바이러스가 정확히 어떤 동물에서 유래했는지**는 아직 명확하게 밝혀지지 않았습니다. 예를 들어, 감염된 동물이나 동물의 분비물을 만진 사람이 바이러스를 퍼뜨렸을 가능성도 있습니다.

* 바이러스가 **어떤 경로를 통해 화난 시장에 유입되었는지**도 추가적인 조사가 필요합니다. 

### 팬데믹, 그리고 우리의 미래

이번 연구는 야생동물과의 접촉이 인간의 건강에 얼마나 큰 영향을 미칠 수 있는지 보여주는 중요한 사례입니다. COVID-19 팬데믹과 같은 비극을 막기 위해서는 야생동물 거래를 규제하고, 인간과 동물의 접촉을 최소화하는 노력이 필요합니다. 또한, 미래의 팬데믹 발생에 대비하여 야생동물, 가축, 그리고 인간 바이러스에 대한 감시 체계를 강화해야 합니다. 

오늘은 gemini나 clova-x 결과는 없습니다. gemini는 파일을 찾을 수 없다고 배를 쨌고, clova-x는 파일 용량이 커서 못하겠다고 하네요.

여튼 그래서 결국은 COVID19 팬데믹은 야생동물을 열씸히 잡수시는 분들로 인해서 야생동물과의 과도한 접촉으로 종간 경계를 잘 뛰어넘을 찬스를 제공한 결과네요. 최근 신종감염병의 발생 주기가 짧아졌었는데, 그래도 COVID19로 인해서 마스크 착용이나 개인 위생 관련 인식이 높아져서 이 발생 주기가 생각보다 짧지 않을 수도 있지 않을까 하는 개인적인 생각이 드네요 :)

벌써 24년도의 3분기를 마무리하는 시기인데 모두 좋은 결과들을 맺기를 바라겠습니다. :)

출처: @ye._.vely618

Wastewaters에서 병원균을 잡아보자

하수처리장에서 병원균을 이용한 탐지는 팬데믹을 지나온 우리로써는 이제 신기한 일은 아닐겁니다. 이런 연구 보고가 있었는데 사실 그때는 많은 관심을 가지지는 않았었지요.

팬데믹을 지나면서 저렴하면서도 정확한 검사방법을 개발하고, 고안해내고 있고, 감염을 창궐하기 전에 미리 예측, 모니터링 할 수 있는 방법이 없는지 고민하던 차에 시단위나 특정 지역 단위의 하수처리장을 검사하면 대략적으로 모니터링을 할 수 있는 장점이 있어서 미국에서도 폐수? 하수 시스템을 도입해서 운영하고 있지요.

원래 전세계에서 처음으로 하수를 이용해서 SARS-CoV-2를 탐지한 곳은 네달란드인지 어딘지 잘 기억이 안나지만, 오늘은 이탈리아의 로마와 밀리노 하수에서 COVID-19를 탐지한 논문이 있어서 한번 올려봅니다.

제목은 First detection of SARS-CoV-2 in untreated wastewaters in Italy 이고,

DOI: 10.1016/j.scitotenv.2020.139652 입니다.

gemini

## 하수로 질병을 잡는다?! 놀라운 하수 기반 역학의 세계

최근 코로나19 팬데믹으로 인해 우리는 바이러스와 세균에 대한 관심이 더욱 높아졌습니다. 하지만 이러한 병원균들을 직접 관찰하거나 검사하는 것은 쉽지 않고 위험하기도 합니다. 과연 우리는 어떻게 효과적으로 병원균을 추적하고 관리할 수 있을까요?

바로 **하수 기반 역학**이라는 놀라운 기술이 있습니다!

**하수 기반 역학**은 하수에서 바이러스, 세균, 기생충 등 다양한 병원균을 검출하여 공중 보건 위협을 추적하고 관리하는 방법입니다. 마치 우리 몸에서 나오는 노폐물을 통해 건강 상태를 파악하는 것과 비슷하다고 생각하면 됩니다.

**어떻게 하수에서 병원균을 찾을 수 있을까요?**

1. **하수 채취**: 연구원들은 도시 하수 처리 공장에서 정기적으로 하수 시료를 채취합니다.

2. **바이러스 추출**: 채취된 시료는 농축, 여과, 초음파 처리 과정을 거쳐 바이러스를 추출합니다.

3. **RT-PCR 분석**: 추출된 바이러스 RNA는 RT-PCR이라는 방법으로 검출됩니다. 이는 특정 바이러스 RNA를 증폭하는 기술입니다.

4. **분석 및 해석**: 검출된 바이러스 양, 종류 등을 분석하여 질병의 확산 추이를 파악하고 공중 보건 위협을 평가합니다.

**하수 기반 역학의 장점은 무엇일까요?**

* **비침습적**: 개인의 동의 없이도 진행 가능

* **민감도 높음**: 많은 사람들의 병원균을 포함하여 매우 민감하게 탐지

* **빠른 속도**: 질병 발생 초기 단계에서도 감지 가능

* **저렴한 비용**: 다른 방법에 비해 저렴

* **공중 보건 위협 예측**: 질병 확산 추이를 예측하고 예방 조치 마련 가능

**하지만 몇 가지 주의해야 할 점도 있습니다.**

* **모든 병원균을 탐지하지 못함**: 특정 병원균만 탐지 가능

* **정량화 어려움**: 검출된 병원균 수준이 실제 질병 발병률을 정확하게 반영하지 않을 수 있음

* **환경 영향**: 온도, 강수량, pH 등 환경 요인에 영향을 받을 수 있음

**하수 기반 역학**은 아직 초기 단계이지만, 다양한 질병을 관리하는 데 큰 잠재력을 지닌 기술입니다. 앞으로 더욱 발전된 기술과 더불어 정책적 지원이 이루어진다면, 우리는 더욱 건강하고 안전한 사회를 만들어갈 수 있을 것입니다.

**이 글이 여러분에게 생명공학 분야에 대한 새로운 시각을 제공하고, 하수 기반 역학이라는 흥미로운 기술에 대한 이해를 높이는 데 도움이 되었기를 바랍니다.**

**#하수기반역학 #바이러스 #세균 #공중보건 #생명공학 #코로나19**

clova-x

이탈리아에서는 2020년 2월부터 4월까지 SARS-CoV-2가 폐수처리장에서 검출되었습니다. 이는 SARS-CoV-2가 환경에서 검출될 수 있다는 것을 보여줍니다.

SARS-CoV-2는 COVID-19를 유발하는 바이러스로, 전 세계적으로 큰 유행병을 일으키고 있습니다. 이 바이러스는 사람들의 호흡기에서 분비되는 분비물을 통해 전파되며, 감염된 사람과의 접촉이나 호흡기 분비물이 묻은 물건을 만짐으로써 감염될 수 있습니다.

이탈리아에서 수행된 연구에서는 SARS-CoV-2가 폐수에서 검출되었으며, 이는 바이러스가 환경에서 생존할 수 있다는 것을 시사합니다. 이러한 결과는 환경 모니터링이 바이러스의 전파를 감시하는 데 유용한 도구가 될 수 있다는 것을 보여줍니다.

환경 모니터링은 바이러스가 언제 어디서 검출되었는지를 파악할 수 있으며, 이를 바탕으로 예방 조치를 취할 수 있습니다. 또한, 환경에서 바이러스가 검출되는 시기와 감염자 수와의 상관관계를 분석하여, 바이러스의 전파 양상을 파악할 수 있습니다.

하지만, 환경 모니터링만으로는 바이러스의 전파를 완전히 막을 수는 없습니다. 따라서, 환경 모니터링과 함께 개인 위생 수칙을 준수하고, 사회적 거리두기를 실천하는 것이 중요합니다.

또한, 바이러스가 검출된 지역에서는 적극적으로 검사를 실시하고, 확진자를 격리하여 추가적인 전파를 막는 것이 필요합니다. 이를 통해 COVID-19의 유행을 예방하고, 더 많은 사람들이 안전하게 생활할 수 있습니다.

환경 모니터링은 바이러스의 전파를 감시하는 데 유용한 도구이지만, 이를 활용할 때는 전문가의 조언을 듣고, 적절한 절차를 따라야 합니다. 또한, 환경 모니터링 결과를 바탕으로 적절한 조치를 취하는 것이 중요합니다.

따라서, 우리는 환경 모니터링과 함께 개인 위생 수칙을 준수하고, 사회적 거리두기를 실천하여 COVID-19의 유행을 예방하는 것이 중요합니다. 또한, 바이러스가 검출된 지역에서는 적극적으로 검사를 실시하고, 확진자를 격리하여 추가적인 전파를 막는 것이 필요합니다. 이를 통해 더 많은 사람들이 안전하게 생활할 수 있습니다.

또한, 생명공학 기술을 활용하여 바이러스를 예방하고 치료하는 방법을 개발하는 것도 중요합니다. 이를 통해 우리는 더 나은 미래를 만들어 나갈 수 있습니다.

chatgpt

### 하수로 병원균을 탐지한다고? 하수 기반 역학의 놀라운 가능성

최근 몇 년간 SARS-CoV-2, 즉 코로나바이러스가 전 세계를 강타하면서 병원균에 대한 관심이 급증했습니다. 많은 사람들이 바이러스의 전파와 감시에 대해 궁금해하는데, 그중에서도 하수에서 병원균을 탐지하는 '하수 기반 역학(WBE)'이란 개념이 주목받고 있습니다. 오늘은 이 하수 기반 역학이 무엇이며, 어떤 장점이 있는지 알아보겠습니다.

### 하수 기반 역학이란?

하수 기반 역학은 말 그대로 하수에서 병원균을 탐지하고 감시하는 방법입니다. 이 방법을 통해 연구자들은 특정 지역의 하수에서 바이러스나 세균, 기생충 등의 병원균을 찾아내고, 이를 통해 지역사회 내 유행병의 존재와 확산을 추적할 수 있습니다.

### 하수에서 어떤 병원균을 탐지할 수 있나요?

하수에서는 다양한 병원균을 탐지할 수 있습니다. 예를 들어, 바이러스 중에서는 폴리오바이러스, 노로바이러스, 아데노바이러스, 로타바이러스 등이 있고, 세균으로는 살모넬라, 시겔라, 대장균 등이 있습니다. 기생충으로는 지아르디아와 크립토스포리디움, 곰팡이로는 아스퍼질루스와 칸디다가 포함됩니다.

### 하수에서 SARS-CoV-2를 어떻게 검출하나요?

이탈리아에서 진행된 연구를 예로 들어보겠습니다. 연구팀은 밀라노와 로마의 하수처리장에서 수집한 샘플을 분석했습니다. 샘플은 수집 후 냉동 보관되었고, 분석을 위해 열처리와 여러 단계를 거친 후 바이러스 RNA를 추출했습니다. 이렇게 추출된 RNA는 RT-PCR과 실시간 qPCR 같은 분자 생물학적 기법을 통해 SARS-CoV-2의 존재를 확인할 수 있었습니다.

### 하수 기반 감시의 장점은?

#### 1. **조기 경고 시스템**

하수 기반 감시는 지역사회 내 병원균의 유행을 조기에 탐지할 수 있습니다. 이는 전통적인 임상 보고 시스템보다 빠르게 유행의 징후를 포착할 수 있다는 점에서 큰 이점이 있습니다.

#### 2. **비침습적 방법**

개별 검사를 수행할 필요 없이, 집단의 건강 상태를 평가할 수 있습니다. 이는 특히 큰 인구 집단에 대해 매우 유용합니다.

#### 3. **광범위한 적용 가능성**

하수는 다양한 병원균의 존재를 탐지할 수 있기 때문에, 다중 병원체 감시가 가능합니다.

#### 4. **비용 효율성**

대규모 인구를 대상으로 개별 검사를 수행하는 것보다 비용이 적게 들며, 지속적인 감시가 가능합니다.

#### 5. **보건 정책 지원**

하수 기반 감시 데이터는 보건 당국이 유행병의 유행을 모니터링하고, 이에 대한 대응 전략을 수립하는 데 중요한 정보를 제공합니다.

#### 6. **지역사회 건강 상태 평가**

특정 지역의 건강 상태를 평가하고, 공중 보건 개입의 효과를 모니터링할 수 있습니다.

### 결론

하수 기반 역학은 공중 보건 감시와 전염병 관리를 위한 강력한 도구입니다. 조기 경고, 비용 효율성, 비침습적 접근 등 많은 장점을 통해 다양한 병원균을 탐지하고, 지역사회 건강을 개선하는 데 큰 기여를 할 수 있습니다. 앞으로도 더 많은 연구와 적용을 통해, 우리의 일상 생활 속에서 건강과 안전을 지키는 데 중요한 역할을 할 것으로 기대됩니다.

여러분도 앞으로 하수 기반 역학에 대해 더 많은 관심을 가져보세요. 우리가 마시는 물, 사용하는 물이 단순히 버려지는 것이 아니라, 우리의 건강을 지키는 중요한 정보원이 될 수 있다는 사실을 잊지 말아야겠습니다!

claude

이 연구에서는 다음과 같은 방법으로 하수에서 SARS-CoV-2를 검출했습니다:

1. 밀라노와 로마의 하수처리장에서 원수 하수 샘플을 수집했습니다.

2. WHO의 폴리오바이러스 감시 프로토콜을 수정하여 바이러스를 농축했습니다. 

   - PEG/덱스트란 방법을 사용해 250ml 샘플에서 바이러스를 농축했습니다.

3. RNA를 추출하고 PCR 억제제를 제거했습니다.

4. 3가지 nested RT-PCR 분석법과 1가지 real-time qPCR 분석법을 사용해 SARS-CoV-2 RNA를 검출했습니다:

   - ORF1ab 영역을 표적으로 하는 새로운 프라이머 세트 설계

   - spike 유전자 영역을 표적으로 하는 기존 프라이머 사용

   - RdRp 유전자를 표적으로 하는 real-time RT-qPCR 사용

5. 양성 결과는 염기서열 분석으로 확인했습니다.

하수를 이용한 병원체 탐지의 장점:

1. 전체 인구 수준에서 바이러스 순환을 모니터링할 수 있습니다.

2. 무증상 및 경증 사례를 포함한 전체 감염 규모를 파악할 수 있습니다.

3. 임상 감시보다 더 빠르게 유행을 감지할 수 있습니다.

4. 유행이 끝난 후에도 바이러스의 재출현을 조기에 경고할 수 있습니다. 

5. 다양한 병원체(장 바이러스, 식중독 바이러스, 폴리오바이러스 등)에 적용 가능합니다.

6. 비용 효율적이고 비침습적인 방법입니다.

따라서 하수 기반 역학조사는 공중보건 감시의 중요한 도구가 될 수 있습니다.

오늘은 생각보다 clova-x가 짧기는 하지만 내용은 잘 들어있는 듯합니다. claude가 생각 외로 좀 대충 적은 느낌이 있고요. chatgpt와 gemini는 좀 주저리 주저리 내용 대비 사족이 좀 많았던거 같은데.. 아마 그건 "블로그에 올릴 글을 작성해줘" 라는 내용 전에 질문에 대한 잔상이 남아있어서 사족이 많아진것 같지 않나 싶습니다. :)

최근에 적당한 논문을 못찾아서(gemini,clova-x,chatgpt에 올릴수 있는) 6월의 마지막날 하나 찾아서 올리게 되었씁니다. ㅎㅎ 

7월들은 좀 더 부지런을 떨어서 한번 꾸준히 올려보도록 하겠습니다.

출처: @ye._.vely618

현재 SARS-CoV-2 Tree를 그리면 어떻게 나올까

2월 28일 기준 2월의 마지막 주말을 맞아 gisaid에 몇개나 업로드 됐는지 확인하러 들어 갔는데 200개가 넘었네??
(2020년 2월 29일 현재 234개임)

그래서 tree 그려보면 어떻게 나올까 궁금해서 한번 그려봤습니다.
근데 200여개 중에 full length로 보이는 거는 대략 164개 정도

그래서 164개 골라내고 SARS 4개 서열과 MERS 2개 서열을 함께 align하고 tree를 그냥 후딱 그려보았다.
(집에서 그냥 작업용으로 사용하는 PC가 i3에 그냥 서류작업에 샘플 테스트는 돌릴 수 있는 정도지 무엇인가 작업하기에는 어렵지 않겠습니까? 그래서 다음과 같이...
최소한의 부하가 걸리지 않는 옵션으로...)

Align: mafft in.fa > out.fa (정확도를 높이는 작업은 진행안했다. 집 컴퓨터로 하려니 안끝나서)
Phylogentic Tree: MEGA X (Maximum Likelihood, General Time Reversible model 사용 했고, 당연히 Bootstrap 100이도 해보려고 했는데 안끝나서 결국 컴터를 껐다는 Orz)

근데 서열중에 Pangolin이라는 단어에 2017이라는 숫자가 있어서 뭐지? 했는데
이게 바로 그 천산갑  ㄷㄷㄷ
천산갑을 벌써 시퀀싱해서 올렸나? 근데 샘플링날짜가 2017? 모지.. 여튼


여튼 그냥 집에서 대충 취미삼아 그려본거...
우리나라에서 올라온 서열들은 7개가 있는데 SNU01, KCDC12, KCDC03/05/06/07/24 3그룹으로 나눠지는 듯한.....

이거 가지고 알 수 있는것은 7명에서 얻은 샘플이 gisaid에 올라와 있고 다른 서열들과 비교해보니 이렇다더라 정도...

그냥 가볍게 보시면 될것 같습니다. :)

GISAID 164ea + Other

GISAID 164ea

ps. 음... 위의 이미지를 저도 한번 봐봤는데 잘 안보이네요..

그렇게 꼭 보고 싶으시면 메일 보내주시면 대단한것도 아니니 164개와 SARS/ MERS 서열 파일 보내드리겠습니다.

출처: @sana_twice.09