무균체액에는 얼마나 다양한 박테리아가 있을까? 그 10년의 기록

10년에 걸쳐 뇌척수액, 심낭액, 복막 및 흉막액 같은 체액(NSBF)에 어떤 박테리아들이 서식하는지 확인한 논문이 있어 한번 가져와봤습니다. 

제목은 Comparison of 16S Ribosomal RNA Targeted Sequencing and Culture for Bacterial Identification in Normally Sterile Body Fluid Samples: Report of a 10-Year Clinical Laboratory Review 이고, doi는 10.3343/alm.2020.40.1.63 입니다.

테스트한 샘플은 312개의 NSBF이고, 16S rRNA 분석과 배양 실험을 동시에 진행하여 비교해보았다고 합니다.

metagenome을 사용하는 이유가 시간도 오래 걸리고 번거로운 배양실험을 대체하기 위한 목적이 크다보니 비교실험을 통해 사용에 당위성을 확보하기도 합니다.

여튼 10년동안 모든 음성 샘플 277개와 양성 샘플 35개 중 277개의 음성 샘플을 정확히 구분해 냈으나 35개 샘플중 시퀀싱과 배양 방법을 통해서 확인된 양성 샘플은 10개 였습니다.

전체 312개 중 92%의 정확도? 라고 할 수 있으나, 이 10개 샘플은 16S rRNA와 배양 방법으로 모두 양성이라고 확인한 결과이고, 16S rRNA 방법으로, 배양 방법으로 확인한 결과는 35개 모두 다 잘 진단 하였습니다. 

그래서 논문에서도 기존의 배양방법으로만 하는 것보다 16S rRNA 시퀀싱 방법을 배양 방법과 함께 사용하면 체액 샘플에서 박테리아를 더 정확하게 식별할 수 있고, 항상제를 이미 처방받은 환자나 혐기성 감염이 의심되는 경우 배양 방법만으로는 한계가 존재하기 때문에 함께 사용하는것이 좋은것 같다는 의견이었습니다.

개인적으로는 16S rRNA 단독으로 사용하였을 때 앞도적인 차이로 더 잘 진단 할 줄 알았는데 꼭 제 마음같지는 않은듯 합니다. :)

음... 근데 안타깝게도 시퀀싱 데이터가 공개되어 있지 않은듯 한데.. 좀 더 자세히 뜯어보도록 하겠습니다. SRA 번호를 찾게되면 한번 분석 해보는 것으로 :)

그럼 다음에 또 흥미로운 논문으로 찾아뵙도록 하겠습니다.

출처: @ye._.vely618

NCBI에서 제공하는 ribosomal RNA Database

때는 바야흐로 2020년 초

NCBI에 Blog에 새로운 ribosomal RNA 데이터베이스가 출시되었다는 글이 하나 떴었네요...

사실 그 전부터 BLAST용 ribosomal RNA 서열은 제공하고 있었습니다.

다만 그 전까지는 NCBI에 수집된 nucleotide 서열을 모아놓은 수준이었던것 같은데,

2020년에 공개된 데이터는 단순히 모아놓는 부정확한 정보 수준이 아닌 각 서열을 정확하게 식별하고 분류할 수 있도록 엄선하였다고 하네요 

rRNA뿐만 아니라 ITS 서열까지.. 2020년즈음에는 microbiome에 이어 mycobiota도 관심이 증가하고 있었던 시기였던터라 이전에 ITS 서열을 제공하지 않았던것 같은데, 역시 NCBI 훃님들은 페달 밟으면 아주 시원하게 뽑아주는듯 합니다.

여튼 요즘에는 16S, 18S, ITS 서열들을 잘 정리해서 식별할 수 있도록 (aka taxonomy 정보가 잘 정리되어 있다는 것이겠죠) 제공하고 있습니다.

>여기< 에 우리가 알고 있는 nt db와 nr db 말고도 다양한 local용 blast database들이 제공되고 있으니 잘 다운로드 받아 잘 사용하면 좋을 것 같습니다. 

또 유익한 정보를 가지고 블로그에 글을 적어보도록 하겠습니다. 

출처: @ye._.vely618